ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Penta-nucleotide Imperfect Repeats of Chara vulgaris chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008097	AATAT	5	288	312	25	60 %	40 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_008097	TAATA	4	314	333	20	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
3	NC_008097	AAAAG	3	2473	2487	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	108773279
4	NC_008097	AATAT	3	3512	3526	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	108773279
5	NC_008097	AAAAT	3	8944	8958	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	108773279
6	NC_008097	AAAGA	3	9047	9060	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	108773279
7	NC_008097	ATTTT	3	9113	9126	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	108773279
8	NC_008097	ATAAA	5	9990	10014	25	80 %	20 %	0 %	0 %	8 %	108773279
9	NC_008097	ATAAT	3	10080	10093	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	108773279
10	NC_008097	AAAAG	3	17926	17939	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	108773279
11	NC_008097	TTCTA	3	26423	26436	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	108773279
12	NC_008097	AGAAA	3	26982	26996	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	108773279
13	NC_008097	GTAAA	3	27998	28011	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	108773279
14	NC_008097	TTGAT	3	30444	30457	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	108773279
15	NC_008097	TTGTA	3	34222	34236	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	108773279
16	NC_008097	ATATA	7	34609	34642	34	60 %	40 %	0 %	0 %	8 %	108773279
17	NC_008097	TATAT	7	34727	34760	34	40 %	60 %	0 %	0 %	8 %	108773279
18	NC_008097	TATTA	3	35520	35533	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	108773279
19	NC_008097	ATATT	3	38087	38100	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	108773279
20	NC_008097	TTCTA	3	38268	38281	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	108773279
21	NC_008097	ATTAT	5	38307	38329	23	40 %	60 %	0 %	0 %	8 %	108773279
22	NC_008097	AGATT	3	39792	39805	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	108773279
23	NC_008097	TGAAA	3	49848	49861	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	108773279
24	NC_008097	AAATA	3	56182	56197	16	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	108773279
25	NC_008097	AATAT	4	62419	62439	21	60 %	40 %	0 %	0 %	9 %	108773279
26	NC_008097	GCCAA	3	67309	67322	14	40 %	0 %	20 %	40 %	7 %	108773279
27	NC_008097	AATAA	3	69141	69155	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	108773279
28	NC_008097	TTATA	3	74765	74780	16	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	108773279
29	NC_008097	TAATA	3	77654	77667	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	108773279
30	NC_008097	ATTAT	3	77788	77802	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	108773279
31	NC_008097	TAGAA	3	77995	78009	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	108773279
32	NC_008097	CTATT	3	79731	79745	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	108773279
33	NC_008097	GAATA	3	79788	79801	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	108773279
34	NC_008097	AATTC	3	84764	84777	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	108773279
35	NC_008097	AATAT	3	86314	86327	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	108773279
36	NC_008097	ATATT	3	94234	94247	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	108773279
37	NC_008097	CATTA	4	98242	98260	19	40 %	40 %	0 %	20 %	10 %	108773279
38	NC_008097	AAAAT	3	105427	105440	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	108773279
39	NC_008097	TAGGT	3	113845	113858	14	20 %	40 %	40 %	0 %	7 %	108773241
40	NC_008097	TAATA	3	118074	118088	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008097	ATTAT	4	119522	119541	20	40 %	60 %	0 %	0 %	10 %	108773300
42	NC_008097	ATATA	8	119707	119747	41	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	108773300
43	NC_008097	TTTTA	3	123188	123202	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
44	NC_008097	AATTT	3	124975	124988	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_008097	AATAT	4	126847	126871	25	60 %	40 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_008097	AATAT	4	128833	128851	19	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
47	NC_008097	TTACA	3	131063	131076	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	108773249
48	NC_008097	AGAAT	4	132953	132973	21	60 %	20 %	20 %	0 %	9 %	108773249
49	NC_008097	TTATT	4	134648	134667	20	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
50	NC_008097	ATGAT	3	135481	135496	16	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
51	NC_008097	ATATA	3	135993	136007	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
52	NC_008097	TTCAA	3	137631	137644	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
53	NC_008097	TATAT	4	148535	148554	20	40 %	60 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
54	NC_008097	ATAAG	3	149466	149480	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
55	NC_008097	ATATT	7	153511	153544	34	40 %	60 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_008097	ATTAT	3	153585	153599	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
57	NC_008097	TCATT	3	156745	156759	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
58	NC_008097	AATAA	3	160822	160836	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	108773218
59	NC_008097	TTTAA	3	161010	161024	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	108773218
60	NC_008097	ATTAA	3	170731	170745	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	108773273
61	NC_008097	AATTC	3	176628	176641	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Penta-nucleotide Imperfect Repeats of Chara vulgaris chloroplast