ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Chara vulgaris chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008097	TAT	5	332	345	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_008097	AAT	5	556	571	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
3	NC_008097	TAT	4	1112	1122	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
4	NC_008097	ATT	4	1833	1843	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
5	NC_008097	ATT	4	1885	1897	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
6	NC_008097	ATT	4	3398	3410	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
7	NC_008097	ATA	4	3752	3763	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773279
8	NC_008097	AAT	4	3897	3907	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773279
9	NC_008097	ATA	4	4547	4557	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773279
10	NC_008097	ATT	4	4680	4694	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	108773279
11	NC_008097	ATT	4	4704	4716	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
12	NC_008097	TAT	4	5369	5379	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
13	NC_008097	TAT	4	6062	6072	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
14	NC_008097	TAT	4	6912	6923	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773279
15	NC_008097	TAA	5	7310	7324	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	108773279
16	NC_008097	ATT	4	7380	7391	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773279
17	NC_008097	TAT	5	7664	7677	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
18	NC_008097	TTC	4	8118	8128	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	108773279
19	NC_008097	TAT	5	8348	8362	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	108773279
20	NC_008097	ATA	7	8456	8474	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	108773279
21	NC_008097	AAT	4	8477	8489	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773279
22	NC_008097	AAT	4	9033	9044	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773279
23	NC_008097	AAT	4	9290	9302	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773279
24	NC_008097	AAT	4	9347	9357	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773279
25	NC_008097	ATT	4	10477	10487	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
26	NC_008097	AGA	4	10964	10976	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	108773279
27	NC_008097	TGA	4	13184	13194	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	108773279
28	NC_008097	ATA	4	19844	19855	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773279
29	NC_008097	ATA	5	20660	20674	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	108773279
30	NC_008097	AAT	4	21775	21786	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773279
31	NC_008097	TAT	4	21796	21808	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
32	NC_008097	ATA	4	22173	22183	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773279
33	NC_008097	ATA	8	22609	22631	23	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773279
34	NC_008097	ACT	4	24099	24109	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	108773279
35	NC_008097	TAA	4	24110	24122	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773279
36	NC_008097	TAA	4	24127	24139	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773279
37	NC_008097	ATT	4	24954	24966	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
38	NC_008097	CTG	4	25273	25284	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	108773279
39	NC_008097	TTA	4	26556	26568	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
40	NC_008097	TAG	4	28696	28707	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	108773279
41	NC_008097	AAT	4	29868	29878	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773279
42	NC_008097	TAT	7	30357	30378	22	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
43	NC_008097	TTA	4	30379	30389	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
44	NC_008097	TAG	4	31518	31528	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	108773279
45	NC_008097	TAT	5	38109	38122	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
46	NC_008097	TAT	4	38228	38238	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
47	NC_008097	ATT	7	38402	38422	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
48	NC_008097	TAT	4	39628	39638	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
49	NC_008097	ATT	4	41041	41052	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773279
50	NC_008097	AAG	4	41818	41829	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	108773279
51	NC_008097	AAT	4	44347	44358	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773279
52	NC_008097	ATT	8	44908	44931	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773279
53	NC_008097	AAG	4	45797	45807	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	108773279
54	NC_008097	AAT	4	46098	46110	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773279
55	NC_008097	TAT	4	47246	47256	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
56	NC_008097	ATT	4	48102	48116	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	108773279
57	NC_008097	ATT	4	48942	48952	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
58	NC_008097	TAA	4	49232	49243	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773279
59	NC_008097	ATT	4	55681	55692	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773279
60	NC_008097	ATA	4	57498	57508	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773279
61	NC_008097	ATA	4	59597	59609	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773279
62	NC_008097	TAT	5	59747	59761	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	108773279
63	NC_008097	AAT	5	59787	59802	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	108773279
64	NC_008097	ATA	4	59820	59833	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773279
65	NC_008097	ATA	4	59848	59858	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773279
66	NC_008097	CTT	4	62891	62901	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	108773279
67	NC_008097	ATA	4	65216	65228	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773279
68	NC_008097	TAT	4	66155	66166	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773279
69	NC_008097	TTA	4	66980	66990	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
70	NC_008097	AAT	4	69991	70002	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773279
71	NC_008097	AAT	4	70698	70708	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773279
72	NC_008097	TAT	4	70746	70757	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773279
73	NC_008097	ATA	5	71176	71189	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773279
74	NC_008097	AAT	4	72074	72084	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773279
75	NC_008097	CTT	4	72424	72435	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	108773279
76	NC_008097	AGC	4	73756	73767	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	108773279
77	NC_008097	TAT	5	74194	74208	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	108773279
78	NC_008097	TAT	6	77954	77970	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	108773279
79	NC_008097	GAT	4	82275	82286	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	108773279
80	NC_008097	ATA	4	83404	83415	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773279
81	NC_008097	AGA	4	84994	85004	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	108773279
82	NC_008097	TAA	4	85025	85037	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773279
83	NC_008097	TAT	4	86058	86069	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773279
84	NC_008097	TAA	4	87431	87442	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773279
85	NC_008097	AAT	4	88074	88084	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773279
86	NC_008097	TAT	4	88201	88213	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
87	NC_008097	ATT	4	90367	90378	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773279
88	NC_008097	AGG	4	90424	90435	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	108773279
89	NC_008097	GGA	4	90506	90517	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	108773279
90	NC_008097	TGT	4	90710	90720	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	108773279
91	NC_008097	CTT	4	91153	91164	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	108773279
92	NC_008097	TAA	4	92643	92655	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773279
93	NC_008097	ATA	4	94528	94538	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773279
94	NC_008097	CTT	4	95570	95580	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	108773279
95	NC_008097	TAA	5	97663	97677	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	108773279
96	NC_008097	TAA	4	98310	98320	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773279
97	NC_008097	TAA	5	98326	98339	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773279
98	NC_008097	TAA	4	99330	99342	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773279
99	NC_008097	TAT	4	99868	99879	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773279
100	NC_008097	ATG	4	99936	99947	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	108773279
101	NC_008097	TGT	4	101180	101190	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	108773279
102	NC_008097	TAA	4	101605	101616	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773279
103	NC_008097	CTT	4	101922	101933	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	108773279
104	NC_008097	CAG	4	102576	102587	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	108773279
105	NC_008097	ATA	5	103293	103308	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	108773279
106	NC_008097	ATT	4	103330	103342	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
107	NC_008097	TAT	4	103343	103355	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
108	NC_008097	ATA	4	105959	105969	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773279
109	NC_008097	TAT	4	106136	106148	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
110	NC_008097	TTA	4	106405	106415	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
111	NC_008097	TAA	4	106861	106872	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773279
112	NC_008097	CAA	4	107038	107048	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	108773279
113	NC_008097	TCG	4	107233	107243	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	108773279
114	NC_008097	CAA	4	107357	107367	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	108773279
115	NC_008097	ATT	4	107999	108011	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
116	NC_008097	TAT	4	108359	108371	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
117	NC_008097	ATA	4	109257	109267	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773279
118	NC_008097	TAT	4	111484	111494	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773205
119	NC_008097	TAT	5	111901	111915	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	108773205
120	NC_008097	TAT	5	111922	111936	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	108773205
121	NC_008097	TAA	4	111937	111948	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773205
122	NC_008097	TCC	4	112474	112484	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	108773205
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208	NC_008097	TAT	4	184346	184357	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
209	NC_008097	ATT	4	184433	184443	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Chara vulgaris chloroplast