ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Chara vulgaris chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008097	ATTA	3	1861	1871	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773279
2	NC_008097	AATA	7	3527	3552	26	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	108773279
3	NC_008097	TCTT	3	4847	4858	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	108773279
4	NC_008097	TTTA	3	5023	5033	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108773279
5	NC_008097	AGTT	3	5313	5324	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	108773279
6	NC_008097	TTTA	3	5335	5346	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	108773279
7	NC_008097	TTTA	3	5551	5561	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108773279
8	NC_008097	TAAT	3	5687	5698	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108773279
9	NC_008097	TATT	3	5823	5834	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108773279
10	NC_008097	TTAT	3	6421	6432	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108773279
11	NC_008097	TATT	3	7686	7697	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	108773279
12	NC_008097	TTTA	3	7864	7874	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108773279
13	NC_008097	ACTT	3	8264	8275	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	108773279
14	NC_008097	TATT	4	9466	9480	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	108773279
15	NC_008097	AAGA	3	14409	14420	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	108773279
16	NC_008097	CAAT	3	16155	16166	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	108773279
17	NC_008097	TACT	3	16287	16297	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	108773279
18	NC_008097	AGTA	3	17453	17463	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	108773279
19	NC_008097	AAAT	3	20962	20973	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108773279
20	NC_008097	TTCT	3	23864	23874	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	108773279
21	NC_008097	AAAG	3	23883	23893	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	108773279
22	NC_008097	GATA	3	24334	24345	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	108773279
23	NC_008097	TATT	3	24363	24374	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108773279
24	NC_008097	AAAT	3	25770	25780	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108773279
25	NC_008097	ACAT	3	28390	28401	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	108773279
26	NC_008097	AATT	3	28525	28535	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773279
27	NC_008097	TATT	3	31589	31600	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	108773279
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30	NC_008097	AATC	3	32506	32517	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	108773279
31	NC_008097	TATT	3	34493	34504	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108773279
32	NC_008097	TATT	3	35713	35725	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	108773279
33	NC_008097	CAAA	3	35917	35927	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	108773279
34	NC_008097	TTAA	3	38478	38489	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108773279
35	NC_008097	TATT	5	39723	39743	21	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108773279
36	NC_008097	TTTA	4	39760	39776	17	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	108773279
37	NC_008097	TCAA	3	39964	39975	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	108773279
38	NC_008097	ACAG	3	43359	43369	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	108773279
39	NC_008097	TAAA	3	44543	44555	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	108773279
40	NC_008097	ATCA	3	44778	44788	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	108773279
41	NC_008097	AAAG	3	45407	45417	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	108773279
42	NC_008097	TCAT	3	45433	45443	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	108773279
43	NC_008097	AATA	3	46234	46245	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108773279
44	NC_008097	TTTC	3	46599	46611	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	108773279
45	NC_008097	CTTT	3	46680	46691	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	108773279
46	NC_008097	TTAA	3	46920	46932	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	108773279
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48	NC_008097	TTCT	3	48727	48737	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	108773279
49	NC_008097	CAAA	3	49103	49113	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	108773279
50	NC_008097	AATG	3	53353	53364	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	108773279
51	NC_008097	TTAT	3	56949	56959	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108773279
52	NC_008097	GATA	3	57284	57296	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	108773279
53	NC_008097	ATTT	3	59454	59464	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108773279
54	NC_008097	ATAA	4	59615	59630	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	108773279
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58	NC_008097	TATT	6	64511	64534	24	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108773279
59	NC_008097	AAAT	3	65084	65095	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	108773279
60	NC_008097	AATA	3	66003	66014	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108773279
61	NC_008097	ATTT	3	66964	66975	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108773279
62	NC_008097	TAAA	3	67577	67588	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108773279
63	NC_008097	ATAG	3	68357	68369	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	108773279
64	NC_008097	TAGC	3	68751	68762	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	108773279
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67	NC_008097	AATT	3	70336	70347	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108773279
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113	NC_008097	TAAT	3	110219	110229	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_008097	TTTA	3	113471	113483	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	108773241
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119	NC_008097	TAAT	3	120111	120122	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
120	NC_008097	AAAT	3	120434	120445	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_008097	AATA	4	120456	120471	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
122	NC_008097	TAAA	5	122534	122552	19	75 %	25 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
123	NC_008097	ATTC	3	123829	123839	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
124	NC_008097	AAAG	3	124165	124176	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_008097	TAAA	3	125200	125210	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_008097	ATTA	3	126314	126324	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773253
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129	NC_008097	TTAT	3	129444	129455	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108773278
130	NC_008097	AATT	3	133347	133358	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108773249
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Chara vulgaris chloroplast