ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Chara vulgaris chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008097	TA	6	75	85	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_008097	AATAT	5	288	312	25	60 %	40 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_008097	TAATA	4	314	333	20	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
4	NC_008097	TAT	5	332	345	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_008097	AT	6	451	462	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_008097	AAT	5	556	571	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_008097	TAT	4	1112	1122	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
8	NC_008097	ATT	4	1833	1843	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
9	NC_008097	ATTA	3	1861	1871	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773279
10	NC_008097	ATT	4	1885	1897	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
11	NC_008097	AAAAG	3	2473	2487	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	108773279
12	NC_008097	T	15	3106	3120	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	108773279
13	NC_008097	AT	6	3246	3257	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108773279
14	NC_008097	AT	6	3353	3363	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773279
15	NC_008097	ATT	4	3398	3410	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
16	NC_008097	AATAT	3	3512	3526	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	108773279
17	NC_008097	AATA	7	3527	3552	26	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	108773279
18	NC_008097	TA	6	3655	3665	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773279
19	NC_008097	ATA	4	3752	3763	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773279
20	NC_008097	TA	6	3811	3821	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773279
21	NC_008097	AAT	4	3897	3907	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773279
22	NC_008097	AT	7	3996	4010	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	108773279
23	NC_008097	AT	6	4014	4025	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108773279
24	NC_008097	AG	11	4024	4047	24	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	108773279
25	NC_008097	ATA	4	4547	4557	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773279
26	NC_008097	ATT	4	4680	4694	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	108773279
27	NC_008097	ATT	4	4704	4716	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
28	NC_008097	TCTT	3	4847	4858	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	108773279
29	NC_008097	TTTA	3	5023	5033	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108773279
30	NC_008097	AGTT	3	5313	5324	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	108773279
31	NC_008097	TTTA	3	5335	5346	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	108773279
32	NC_008097	TAT	4	5369	5379	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
33	NC_008097	TTTA	3	5551	5561	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108773279
34	NC_008097	TAAT	3	5687	5698	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108773279
35	NC_008097	TATT	3	5823	5834	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108773279
36	NC_008097	TA	6	6013	6023	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773279
37	NC_008097	TAT	4	6062	6072	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
38	NC_008097	TA	6	6362	6372	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773279
39	NC_008097	TTAT	3	6421	6432	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108773279
40	NC_008097	ATAAAT	3	6495	6512	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	108773279
41	NC_008097	TAAATA	3	6518	6535	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	108773279
42	NC_008097	TAT	4	6912	6923	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773279
43	NC_008097	AT	7	7232	7244	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	108773279
44	NC_008097	AT	8	7298	7312	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	108773279
45	NC_008097	TAA	5	7310	7324	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	108773279
46	NC_008097	ATT	4	7380	7391	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773279
47	NC_008097	TA	6	7576	7586	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773279
48	NC_008097	TAT	5	7664	7677	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
49	NC_008097	TATT	3	7686	7697	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	108773279
50	NC_008097	TTTA	3	7864	7874	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108773279
51	NC_008097	TTC	4	8118	8128	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	108773279
52	NC_008097	AAATCA	3	8214	8232	19	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	10 %	108773279
53	NC_008097	ACTT	3	8264	8275	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	108773279
54	NC_008097	TAT	5	8348	8362	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	108773279
55	NC_008097	ATA	7	8456	8474	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	108773279
56	NC_008097	AAT	4	8477	8489	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773279
57	NC_008097	ATATAA	3	8546	8563	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	108773279
58	NC_008097	AAAAT	3	8944	8958	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	108773279
59	NC_008097	AAT	4	9033	9044	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773279
60	NC_008097	AAAGA	3	9047	9060	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	108773279
61	NC_008097	ATTTT	3	9113	9126	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	108773279
62	NC_008097	AAT	4	9290	9302	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773279
63	NC_008097	AAT	4	9347	9357	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773279
64	NC_008097	TA	6	9396	9406	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773279
65	NC_008097	TA	6	9412	9424	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	108773279
66	NC_008097	TATT	4	9466	9480	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	108773279
67	NC_008097	ATAAA	5	9990	10014	25	80 %	20 %	0 %	0 %	8 %	108773279
68	NC_008097	ATAAT	3	10080	10093	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	108773279
69	NC_008097	ATT	4	10477	10487	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
70	NC_008097	AGA	4	10964	10976	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	108773279
71	NC_008097	TGA	4	13184	13194	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	108773279
72	NC_008097	AT	6	13501	13511	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773279
73	NC_008097	AT	7	13514	13526	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	108773279
74	NC_008097	AT	7	13554	13566	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	108773279
75	NC_008097	AAGA	3	14409	14420	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	108773279
76	NC_008097	CAAT	3	16155	16166	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	108773279
77	NC_008097	TACT	3	16287	16297	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	108773279
78	NC_008097	AGTA	3	17453	17463	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	108773279
79	NC_008097	A	15	17861	17875	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	108773279
80	NC_008097	AAAAG	3	17926	17939	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	108773279
81	NC_008097	ATA	4	19844	19855	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773279
82	NC_008097	ATA	5	20660	20674	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	108773279
83	NC_008097	TACTAT	4	20701	20725	25	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	4 %	108773279
84	NC_008097	TA	9	20740	20756	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	108773279
85	NC_008097	TA	7	20760	20772	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	108773279
86	NC_008097	AAAT	3	20962	20973	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108773279
87	NC_008097	AAT	4	21775	21786	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773279
88	NC_008097	TAT	4	21796	21808	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
89	NC_008097	TA	6	22139	22149	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773279
90	NC_008097	ATA	4	22173	22183	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773279
91	NC_008097	AT	7	22433	22446	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	108773279
92	NC_008097	ATA	8	22609	22631	23	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108773279
93	NC_008097	AT	6	22636	22646	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773279
94	NC_008097	TTCT	3	23864	23874	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	108773279
95	NC_008097	AAAG	3	23883	23893	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	108773279
96	NC_008097	TA	7	23937	23949	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	108773279
97	NC_008097	ACT	4	24099	24109	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	108773279
98	NC_008097	TAA	4	24110	24122	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773279
99	NC_008097	TAA	4	24127	24139	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773279
100	NC_008097	TA	7	24141	24153	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	108773279
101	NC_008097	AT	7	24319	24332	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	108773279
102	NC_008097	GATA	3	24334	24345	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	108773279
103	NC_008097	TATT	3	24363	24374	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108773279
104	NC_008097	CATATA	3	24389	24406	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	108773279
105	NC_008097	AT	7	24409	24424	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	108773279
106	NC_008097	TA	7	24425	24440	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	108773279
107	NC_008097	AT	6	24865	24875	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773279
108	NC_008097	ATT	4	24954	24966	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
109	NC_008097	CTG	4	25273	25284	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	108773279
110	NC_008097	AAAT	3	25770	25780	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108773279
111	NC_008097	AT	9	25996	26013	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	108773279
112	NC_008097	TATTTA	3	26030	26048	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	108773279
113	NC_008097	TTCTA	3	26423	26436	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	108773279
114	NC_008097	TTA	4	26556	26568	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773279
115	NC_008097	AGAAA	3	26982	26996	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	108773279
116	NC_008097	TA	6	27358	27368	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773279
117	NC_008097	GTAAA	3	27998	28011	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	108773279
118	NC_008097	ACAT	3	28390	28401	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	108773279
119	NC_008097	AATT	3	28525	28535	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773279
120	NC_008097	TAG	4	28696	28707	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	108773279
121	NC_008097	AAT	4	29868	29878	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	108773279
122	NC_008097	TA	6	30099	30110	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108773279
123	NC_008097	TAT	7	30357	30378	22	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
124	NC_008097	TTA	4	30379	30389	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	108773279
125	NC_008097	TTGAT	3	30444	30457	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	108773279
126	NC_008097	TTATAT	3	30500	30516	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	108773279
127	NC_008097	TAG	4	31518	31528	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	108773279
128	NC_008097	TATT	3	31589	31600	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	108773279
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Chara vulgaris chloroplast