ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Solanum tuberosum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008096	TAT	4	198	209	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_008096	A	15	450	464	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
3	NC_008096	AAGT	3	1248	1258	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	108773110
4	NC_008096	TTA	4	2048	2059	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_008096	GATT	3	2582	2592	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	108773111
6	NC_008096	AAG	5	3022	3036	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	108773111
7	NC_008096	GAA	4	4445	4456	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_008096	GAAA	3	4491	4501	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_008096	A	18	4631	4648	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
10	NC_008096	AATA	3	4667	4677	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_008096	AATTT	3	4788	4802	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_008096	AATA	3	5980	5991	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108773112
13	NC_008096	TCTATA	3	6302	6320	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
14	NC_008096	AT	6	6430	6440	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_008096	T	13	6671	6683	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008096	GTTT	3	7371	7383	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_008096	TTCT	3	7813	7823	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	108773113
18	NC_008096	CAAG	3	8903	8913	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
19	NC_008096	CCTAT	3	9108	9122	15	20 %	40 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
20	NC_008096	AAAG	3	9519	9529	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_008096	TTA	4	10009	10020	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_008096	AT	7	10241	10254	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_008096	TTTCC	3	12359	12373	15	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	108773116
24	NC_008096	ATGA	3	12470	12482	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	108773116
25	NC_008096	TAAA	3	13281	13292	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_008096	GGGA	3	13482	13492	11	25 %	0 %	75 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_008096	ATTCA	3	14100	14113	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
28	NC_008096	TATT	4	14550	14564	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
29	NC_008096	GTAA	3	14910	14922	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
30	NC_008096	TATT	3	15941	15953	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
31	NC_008096	A	15	16717	16731	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
32	NC_008096	AAAC	3	18750	18760	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	108773120
33	NC_008096	T	12	18934	18945	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	108773120
34	NC_008096	GAAT	3	19338	19348	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	108773120
35	NC_008096	GTTT	3	23857	23868	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	108773121
36	NC_008096	ATT	4	24014	24026	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	108773121
37	NC_008096	ATTAG	3	27296	27309	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_008096	AATTG	3	27435	27449	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008096	AT	6	28042	28052	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_008096	TA	7	28173	28185	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
41	NC_008096	CAG	4	28692	28703	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
42	NC_008096	TTA	4	28862	28872	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_008096	TTA	4	29215	29226	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_008096	CTAT	3	30353	30364	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008096	TTAA	3	30482	30492	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773124
46	NC_008096	TTTA	3	30837	30848	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008096	TGTTT	3	31338	31352	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
48	NC_008096	TAG	4	32234	32245	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_008096	T	14	32245	32258	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008096	ATT	4	32344	32354	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_008096	ATTT	3	33051	33061	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_008096	TATT	3	33268	33279	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008096	TATC	3	34861	34872	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	108773126
54	NC_008096	TTC	4	36038	36049	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	108773126
55	NC_008096	CTTT	3	36240	36250	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
56	NC_008096	AG	6	36399	36409	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_008096	TA	6	36605	36616	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_008096	TC	6	37024	37034	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	108773127
59	NC_008096	TA	7	37266	37278	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_008096	TTTTTA	3	37407	37425	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
61	NC_008096	ATTG	3	39454	39464	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	108773129
62	NC_008096	AATG	3	41100	41111	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	108773130
63	NC_008096	TG	6	41542	41552	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	108773130
64	NC_008096	CTAT	3	42839	42850	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008096	TTTA	3	42855	42866	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_008096	TA	6	43138	43151	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_008096	TAAA	4	43411	43426	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
68	NC_008096	TTTC	4	44345	44360	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	108773131
69	NC_008096	TAG	4	45089	45099	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	108773131
70	NC_008096	GTA	4	45673	45683	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_008096	CTTTGA	3	46190	46206	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
72	NC_008096	AAT	4	46547	46558	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_008096	TATT	4	47391	47405	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
74	NC_008096	TA	7	47552	47564	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_008096	AAGG	3	47617	47627	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_008096	A	13	47683	47695	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_008096	TA	7	48047	48059	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_008096	TAT	4	52333	52343	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_008096	ATT	5	52345	52360	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
80	NC_008096	AGA	4	52427	52438	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_008096	AGGTA	3	52470	52483	14	40 %	20 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_008096	TTA	4	52747	52758	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008096	ATA	4	55716	55729	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108773137
84	NC_008096	A	12	56283	56294	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008096	TGAT	3	56394	56405	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_008096	TTA	5	58362	58377	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_008096	TTTA	3	58444	58455	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_008096	TAA	4	58540	58550	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_008096	TTA	4	60685	60696	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_008096	AT	6	63827	63837	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773143
91	NC_008096	ACAAA	3	65299	65312	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
92	NC_008096	AATA	4	65395	65409	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
93	NC_008096	CAAA	3	65745	65756	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008096	TTTC	3	66790	66800	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
95	NC_008096	GTT	4	66933	66943	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_008096	TTAAA	3	67092	67107	16	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
97	NC_008096	AAAT	3	68591	68602	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_008096	T	12	68669	68680	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_008096	CTTTA	3	69272	69287	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
100	NC_008096	TA	6	69666	69676	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_008096	AAAT	3	69691	69702	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_008096	AAAC	3	69786	69797	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008096	GAAA	3	70213	70224	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_008096	TGAA	3	70721	70732	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_008096	T	13	73792	73804	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	108773194
106	NC_008096	GGTT	3	75193	75204	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	108773194
107	NC_008096	TCT	4	75564	75575	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	108773194
108	NC_008096	AT	6	78147	78157	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773194
109	NC_008096	AGA	4	78611	78621	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	108773194
110	NC_008096	TA	6	78863	78873	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773194
111	NC_008096	T	17	79907	79923	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	108773194
112	NC_008096	CTTT	3	81677	81688	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	108773194
113	NC_008096	TTTA	3	82189	82200	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108773194
114	NC_008096	A	14	82710	82723	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	108773194
115	NC_008096	A	17	82735	82751	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	108773194
116	NC_008096	AT	6	83342	83353	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108773194
117	NC_008096	ACTT	3	83724	83734	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	108773194
118	NC_008096	TC	6	83960	83971	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	108773194
119	NC_008096	TA	6	84075	84085	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108773194
120	NC_008096	CAAT	3	84437	84447	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	108773194
121	NC_008096	TTA	4	85519	85530	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108773194
122	NC_008096	T	12	85820	85831	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	108773194
123	NC_008096	CTT	4	85926	85937	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	108773194
124	NC_008096	GAT	4	86393	86403	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	108773194
125	NC_008096	GAT	4	87767	87777	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	108773194
126	NC_008096	GAAA	3	89591	89603	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	108773194
127	NC_008096	TGA	4	92521	92532	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	108773194
128	NC_008096	AATA	3	93377	93389	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	108773194
129	NC_008096	TTTCG	3	98476	98489	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	108773194
130	NC_008096	TTC	4	100266	100277	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	108773195
131	NC_008096	ATTAGT	4	100823	100844	22	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	9 %	108773195
132	NC_008096	ATCC	3	103899	103910	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	108773195
133	NC_008096	AAGG	3	104207	104217	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	108773195
134	NC_008096	GAGG	3	106933	106944	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	108773195
135	NC_008096	AGGT	3	107145	107156	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	108773195
136	NC_008096	TAAG	3	108265	108275	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	108773195
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166	NC_008096	CTTA	3	132759	132769	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	108773195
167	NC_008096	CCTT	3	136817	136827	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	108773195
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172	NC_008096	TATT	3	147645	147657	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	108773191
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176	NC_008096	ATC	4	154631	154641	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	108773193
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178	NC_008096	A	12	155205	155216	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Solanum tuberosum chloroplast