ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Zea mays subsp. mays mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_007982	AATG	3	3789	3801	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_007982	TGGT	3	4624	4635	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_007982	ATAG	3	4756	4766	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_007982	AAGG	3	8360	8370	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_007982	TGAT	3	9488	9498	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	94502570
6	NC_007982	GGTT	3	10970	10981	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_007982	GAAG	3	14364	14375	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_007982	ACAG	3	16971	16983	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
9	NC_007982	TAGC	3	18609	18621	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	94502579
10	NC_007982	GAGT	3	24485	24497	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_007982	GTGG	3	24854	24865	12	0 %	25 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_007982	TTCT	3	27261	27273	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	94502667
13	NC_007982	CTTG	3	28983	28995	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
14	NC_007982	TCCA	3	30714	30726	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
15	NC_007982	TAGC	4	31390	31405	16	25 %	25 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
16	NC_007982	GAAA	3	33406	33417	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_007982	AAGT	3	33797	33807	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_007982	TCAA	3	34667	34678	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
19	NC_007982	TTTC	3	35438	35448	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
20	NC_007982	CCTT	3	42109	42120	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
21	NC_007982	GATC	3	42462	42473	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
22	NC_007982	CTTT	3	42602	42613	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
23	NC_007982	CGAA	3	42989	42999	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
24	NC_007982	GGAT	3	43026	43040	15	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
25	NC_007982	TTCG	3	43682	43693	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
26	NC_007982	TCTT	3	45718	45729	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
27	NC_007982	CTTG	3	45880	45890	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
28	NC_007982	AGGA	3	46168	46179	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_007982	CTCG	3	47455	47465	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
30	NC_007982	TCCA	3	48214	48225	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
31	NC_007982	ATTG	3	53147	53159	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	94502722
32	NC_007982	TAAG	3	53326	53337	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	94502722
33	NC_007982	AAAG	3	53428	53439	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	94502722
34	NC_007982	AAGA	3	53843	53853	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	94502722
35	NC_007982	AGTA	3	55429	55440	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	94502722
36	NC_007982	CTTT	3	56460	56470	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	94502722
37	NC_007982	AATA	3	56922	56933	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	94502722
38	NC_007982	TGGA	4	58127	58142	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	94502722
39	NC_007982	TCTA	3	58143	58154	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	94502722
40	NC_007982	TTTA	3	62223	62234	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	94502722
41	NC_007982	GTAA	3	62363	62375	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	94502722
42	NC_007982	TAAC	3	64961	64971	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	94502719
43	NC_007982	CTGA	3	65683	65694	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	94502719
44	NC_007982	GGAA	3	66539	66549	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	94502719
45	NC_007982	TTCT	3	73287	73298	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	94502719
46	NC_007982	CTTT	3	73320	73330	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	94502719
47	NC_007982	AATG	3	77460	77472	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	94502719
48	NC_007982	GTCC	3	78355	78365	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	94502719
49	NC_007982	GCTA	3	80112	80123	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	94502719
50	NC_007982	TTTG	3	81357	81368	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	94502719
51	NC_007982	AGAT	3	81526	81538	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	94502719
52	NC_007982	GCCC	3	81614	81624	11	0 %	0 %	25 %	75 %	9 %	94502719
53	NC_007982	AAAT	3	87802	87813	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	94502719
54	NC_007982	TATC	3	89580	89590	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	94502719
55	NC_007982	AAGT	3	90754	90765	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	94502719
56	NC_007982	AAGC	3	92175	92186	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	94502719
57	NC_007982	CTTT	3	95124	95135	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	94502719
58	NC_007982	AAGC	3	97261	97271	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	94502719
59	NC_007982	CTGG	3	97940	97950	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	94502719
60	NC_007982	GAAA	3	98312	98322	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	94502719
61	NC_007982	TTTA	3	98452	98462	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	94502719
62	NC_007982	TTCA	3	101152	101164	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	94502719
63	NC_007982	GGGA	3	103514	103525	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	94502719
64	NC_007982	GCTC	3	109787	109798	12	0 %	25 %	25 %	50 %	0 %	94502719
65	NC_007982	GAAA	3	112215	112225	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	94502719
66	NC_007982	AAGG	3	113159	113169	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	94502719
67	NC_007982	ATAG	3	114865	114876	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	94502719
68	NC_007982	ATCC	4	114877	114892	16	25 %	25 %	0 %	50 %	6 %	94502719
69	NC_007982	CTTA	3	116085	116096	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	94502719
70	NC_007982	AAAG	3	116550	116560	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	94502719
71	NC_007982	ACTT	3	117581	117592	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	94502719
72	NC_007982	TACT	3	119681	119692	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	94502719
73	NC_007982	GAAA	3	123626	123636	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	94502719
74	NC_007982	AGAA	3	123637	123648	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	94502719
75	NC_007982	GCGA	3	125554	125564	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	94502719
76	NC_007982	TCCT	3	126841	126852	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	94502719
77	NC_007982	AGCA	3	127128	127138	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	94502719
78	NC_007982	CGAA	3	129327	129338	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	94502719
79	NC_007982	CATC	3	129979	129990	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	94502719
80	NC_007982	AAAG	3	132735	132745	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	94502719
81	NC_007982	GATT	3	138337	138348	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	94502719
82	NC_007982	AGCC	3	138478	138488	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	94502719
83	NC_007982	ACCC	3	138589	138599	11	25 %	0 %	0 %	75 %	9 %	94502719
84	NC_007982	GAAT	3	140563	140574	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	94502719
85	NC_007982	TTGC	3	142073	142084	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	94502719
86	NC_007982	AAGG	3	144550	144560	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	94502719
87	NC_007982	CTAT	3	147079	147090	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	94502719
88	NC_007982	CATA	3	148705	148716	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	94502719
89	NC_007982	TTGA	3	149281	149291	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	94502719
90	NC_007982	CTTT	3	151088	151099	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	94502719
91	NC_007982	GGCT	3	153213	153223	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	94502719
92	NC_007982	CAGT	3	153251	153263	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	94502719
93	NC_007982	AGAA	3	154811	154822	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	94502719
94	NC_007982	ACTA	3	156409	156419	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	94502719
95	NC_007982	TCGA	3	158265	158277	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	94502719
96	NC_007982	CCTA	3	161651	161663	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	94502719
97	NC_007982	CTTC	3	161990	162001	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	94502719
98	NC_007982	AATG	3	162603	162614	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	94502719
99	NC_007982	AAGC	3	163562	163572	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	94502722
100	NC_007982	TAAC	3	165581	165591	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	94502722
101	NC_007982	CTGA	3	166303	166314	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	94502722
102	NC_007982	GGAA	3	167159	167169	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	94502722
103	NC_007982	TTCT	3	173907	173918	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	94502722
104	NC_007982	CTTT	3	173940	173950	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	94502722
105	NC_007982	CATA	3	175714	175725	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	94502722
106	NC_007982	AAAG	3	176200	176210	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	94502722
107	NC_007982	GCTA	3	176573	176585	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	94502722
108	NC_007982	AGAT	3	177208	177220	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	94502722
109	NC_007982	GATT	3	180882	180893	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	94502722
110	NC_007982	CTAT	3	181992	182004	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	94502722
111	NC_007982	CAAC	3	183200	183210	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	94502722
112	NC_007982	TAAG	3	183647	183658	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	94502722
113	NC_007982	TGAA	3	184814	184826	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	94502722
114	NC_007982	TCTT	3	185570	185581	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	94502722
115	NC_007982	TATT	4	185781	185796	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	94502722
116	NC_007982	CAAT	3	187242	187252	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	94502722
117	NC_007982	GAAA	3	187931	187941	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	94502722
118	NC_007982	ATGA	3	188036	188047	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	94502722
119	NC_007982	AGGA	3	189901	189911	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	94502722
120	NC_007982	CAAC	3	189994	190005	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	94502722
121	NC_007982	AGAA	3	191152	191163	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	94502722
122	NC_007982	GAAG	3	191838	191848	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	94502722
123	NC_007982	GACT	3	196294	196305	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	94502722
124	NC_007982	TTAT	3	200764	200775	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	94502722
125	NC_007982	CTTT	3	202414	202425	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	94502722
126	NC_007982	GAAA	4	207745	207760	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	94502722
127	NC_007982	TCTT	3	208156	208166	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	94502722
128	NC_007982	GAAG	3	210481	210491	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	94502722
129	NC_007982	GTGA	3	214046	214056	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	94502722
130	NC_007982	GCAA	3	216738	216749	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	94502722
131	NC_007982	ACTT	3	218984	218995	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	94502722
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133	NC_007982	GCAA	3	221114	221125	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	94502722
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Zea mays subsp. mays mitochondrion