ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Helianthus annuus chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_007977	AAGT	3	1163	1173	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	94502471
2	NC_007977	TAAA	3	1819	1830	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_007977	TAC	4	1950	1962	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
4	NC_007977	AT	6	2016	2027	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_007977	T	12	2032	2043	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007977	TTC	4	2173	2184	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	94502472
7	NC_007977	GAAA	3	4497	4507	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_007977	GATA	3	5082	5093	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_007977	TCTCT	3	5368	5381	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	94502473
10	NC_007977	T	13	5692	5704	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	94502473
11	NC_007977	TAA	4	7399	7410	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_007977	TTCT	3	7865	7875	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	94502474
13	NC_007977	ATCT	3	8271	8281	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
14	NC_007977	TTAT	3	10097	10107	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_007977	ATTA	3	10620	10630	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_007977	AAT	4	11127	11137	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_007977	TTCT	3	11266	11278	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
18	NC_007977	AAG	4	12582	12594	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_007977	CGTTAA	3	12623	12639	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
20	NC_007977	T	15	12984	12998	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007977	A	12	13667	13678	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	94502478
22	NC_007977	ATTC	3	17156	17166	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	270039756
23	NC_007977	TTTC	3	17359	17370	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	270039756
24	NC_007977	GGA	4	17681	17692	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	270039756
25	NC_007977	GAA	4	17728	17738	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	270039756
26	NC_007977	A	13	18734	18746	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	270039756
27	NC_007977	TA	6	18957	18968	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	270039756
28	NC_007977	AT	6	19958	19969	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	94502480
29	NC_007977	AACA	3	23978	23988	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	94502481
30	NC_007977	ACTT	3	24650	24660	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	94502482
31	NC_007977	GTT	5	25134	25148	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	94502482
32	NC_007977	TA	6	26983	26994	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_007977	TAA	5	27788	27803	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	94502484
34	NC_007977	T	16	28373	28388	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007977	TGT	4	28624	28635	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	94502485
36	NC_007977	A	13	30166	30178	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
37	NC_007977	ACAAA	3	30755	30769	15	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
38	NC_007977	TAAA	3	30987	30999	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_007977	TA	6	31105	31115	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_007977	TAA	4	32277	32289	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
41	NC_007977	GAAA	3	33957	33968	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	94502487
42	NC_007977	GAG	4	34077	34087	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	94502487
43	NC_007977	TTC	4	34807	34818	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94502487
44	NC_007977	AG	6	35175	35185	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_007977	A	23	35398	35420	23	100 %	0 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
46	NC_007977	TGTA	3	35515	35525	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_007977	TC	6	35775	35785	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	94502488
48	NC_007977	AGATT	3	35911	35925	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
49	NC_007977	CTT	4	35941	35952	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
50	NC_007977	AT	8	36045	36059	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
51	NC_007977	TAAAAT	3	36217	36235	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
52	NC_007977	GATC	3	36567	36577	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
53	NC_007977	AATT	3	38265	38275	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	94502490
54	NC_007977	ATG	4	38419	38429	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	94502490
55	NC_007977	AATG	3	39912	39923	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	94502491
56	NC_007977	GCA	4	40317	40328	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	94502491
57	NC_007977	A	33	42004	42036	33	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
58	NC_007977	TTTAT	3	42634	42649	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	94502492
59	NC_007977	TTTCT	3	43030	43043	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	94502492
60	NC_007977	CTTT	3	43130	43140	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	94502492
61	NC_007977	ATTT	3	44008	44019	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	94502492
62	NC_007977	AGA	4	44798	44809	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_007977	TATT	3	46082	46093	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_007977	A	18	46721	46738	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
65	NC_007977	ATAG	3	46878	46888	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_007977	TTTTA	3	47577	47590	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_007977	ATTTT	3	48068	48082	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
68	NC_007977	TA	6	50257	50267	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_007977	AAATGA	3	50719	50737	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
70	NC_007977	TTA	4	50847	50858	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_007977	TTC	4	51307	51317	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
72	NC_007977	TAG	4	53763	53774	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	94502498
73	NC_007977	ATA	4	53791	53801	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_007977	T	27	54160	54186	27	0 %	100 %	0 %	0 %	3 %	Non-Coding
75	NC_007977	A	19	54313	54331	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
76	NC_007977	TTG	4	54507	54517	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_007977	GGATAA	4	55977	56000	24	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	8 %	94502499
78	NC_007977	TA	6	56112	56123	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_007977	AAAT	3	56133	56143	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_007977	ATT	4	56355	56367	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_007977	TAA	4	58587	58599	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_007977	TA	6	58642	58652	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_007977	AT	6	58655	58667	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
84	NC_007977	ATA	4	58680	58691	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_007977	ATA	4	59963	59973	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_007977	AATA	3	60482	60492	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_007977	ATTG	3	61126	61136	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	94502503
88	NC_007977	AT	6	61588	61598	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	94502504
89	NC_007977	TTC	4	62386	62397	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	94502504
90	NC_007977	T	26	62681	62706	26	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_007977	AATT	3	63054	63064	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_007977	TTTG	3	63635	63646	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	94502506
93	NC_007977	ATCT	3	64482	64493	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
94	NC_007977	A	27	64939	64965	27	100 %	0 %	0 %	0 %	3 %	Non-Coding
95	NC_007977	T	19	65713	65731	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
96	NC_007977	AAGA	3	65969	65980	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_007977	ATA	4	66244	66255	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_007977	TATTTG	3	66820	66838	19	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
99	NC_007977	ATCT	3	66850	66861	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
100	NC_007977	TAAA	3	67195	67206	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	94502512
101	NC_007977	TA	7	67258	67270	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_007977	TATT	3	67320	67331	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007977	AAGAA	3	67799	67812	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
104	NC_007977	TGAA	3	68338	68349	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_007977	TTTC	3	68372	68384	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
106	NC_007977	TTTC	3	68495	68506	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
107	NC_007977	GATAA	3	69573	69587	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	94502470
108	NC_007977	AAGA	3	69650	69661	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	94502470
109	NC_007977	A	18	70545	70562	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	94502470
110	NC_007977	A	13	70701	70713	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	94502470
111	NC_007977	ATTG	3	70742	70753	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	94502470
112	NC_007977	CATAGT	3	71704	71720	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	94502470
113	NC_007977	CTTT	3	71751	71761	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	94502470
114	NC_007977	GGTT	3	72789	72800	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	94502470
115	NC_007977	TCT	4	73160	73171	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	94502470
116	NC_007977	TTTA	3	73358	73368	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	94502470
117	NC_007977	TAAA	3	73592	73602	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	94502470
118	NC_007977	AGAATT	4	74458	74482	25	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	8 %	94502470
119	NC_007977	TTTC	3	74491	74501	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	94502470
120	NC_007977	AAGT	3	74912	74922	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	94502470
121	NC_007977	A	12	77234	77245	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	94502470
122	NC_007977	T	17	77478	77494	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	94502470
123	NC_007977	AATC	4	77596	77611	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	94502470
124	NC_007977	CTG	4	78200	78212	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	94502470
125	NC_007977	ATA	4	78269	78280	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	94502470
126	NC_007977	T	28	79926	79953	28	0 %	100 %	0 %	0 %	3 %	94502470
127	NC_007977	TATGAA	3	79965	79982	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	94502470
128	NC_007977	T	32	80456	80487	32	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	94502470
129	NC_007977	ATCA	3	81463	81474	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	94502470
130	NC_007977	AT	6	81860	81870	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	94502470
131	NC_007977	AGAAA	4	82098	82116	19	80 %	0 %	20 %	0 %	10 %	94502470
132	NC_007977	CAAT	3	82245	82255	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	94502470
133	NC_007977	TAT	4	83317	83329	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	94502470
134	NC_007977	GAT	4	85577	85587	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	94502470
135	NC_007977	GAAA	3	86962	86974	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	94502470
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191	NC_007977	TATT	3	143905	143917	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	94502554
192	NC_007977	TGAT	3	144913	144925	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	94502554

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Helianthus annuus chloroplast