ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Gossypium hirsutum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_007944	AAGT	3	1131	1141	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	91208882
2	NC_007944	AT	7	1716	1728	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_007944	AAAT	3	2061	2072	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_007944	CAATA	3	4622	4637	16	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
5	NC_007944	ATCT	3	4720	4731	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
6	NC_007944	ATTTT	3	4865	4878	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_007944	ATT	5	4887	4901	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_007944	TTTTA	3	4939	4953	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
9	NC_007944	TGT	4	4954	4964	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_007944	TTCA	3	4985	4996	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
11	NC_007944	GTT	4	5051	5061	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_007944	GAATAA	3	5114	5132	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
13	NC_007944	A	13	5665	5677	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	91208884
14	NC_007944	AAAT	4	6504	6519	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
15	NC_007944	TAA	4	6677	6688	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_007944	AAT	4	6695	6706	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_007944	ATAG	3	8387	8398	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_007944	ATTT	3	8657	8668	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_007944	AATC	3	8745	8755	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
20	NC_007944	ATTT	4	8848	8862	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
21	NC_007944	CTTAT	3	9797	9812	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
22	NC_007944	ATTCT	3	9997	10010	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
23	NC_007944	TTTCT	3	12729	12742	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	91208888
24	NC_007944	TCTA	3	13526	13537	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
25	NC_007944	AAT	4	13578	13589	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007944	AAAT	3	14147	14158	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_007944	C	14	14703	14716	14	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007944	TTTA	4	14776	14790	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
29	NC_007944	A	12	14916	14927	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007944	CT	8	17100	17115	16	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
31	NC_007944	TTA	4	17246	17257	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_007944	ATG	7	18293	18313	21	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	91208892
33	NC_007944	T	15	19333	19347	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	91208892
34	NC_007944	TTTA	3	23456	23467	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	91208893
35	NC_007944	TAA	4	23994	24004	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	91208893
36	NC_007944	GTT	4	24426	24437	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	91208893
37	NC_007944	T	12	27047	27058	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	91208894
38	NC_007944	GATA	3	27290	27300	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	91208894
39	NC_007944	GAA	4	27877	27888	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_007944	AT	6	28115	28126	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_007944	TAT	4	28558	28568	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_007944	CTAA	3	29130	29141	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
43	NC_007944	TTTTA	3	30039	30053	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
44	NC_007944	TTTA	3	30311	30322	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_007944	GAAA	3	31518	31529	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_007944	ATCA	3	31713	31723	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
47	NC_007944	TTCA	4	32585	32600	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
48	NC_007944	TG	6	32711	32722	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_007944	TA	8	33014	33029	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
50	NC_007944	ATTTTG	3	33399	33415	17	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
51	NC_007944	AATA	3	33642	33653	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_007944	TCTT	3	33720	33732	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
53	NC_007944	GTTT	3	34058	34069	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_007944	GAAA	3	36058	36069	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	91208898
55	NC_007944	TTGC	3	36459	36469	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	91208898
56	NC_007944	TTA	4	37206	37217	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_007944	AG	6	37279	37289	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_007944	ATCT	3	37478	37489	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
59	NC_007944	TA	6	37491	37502	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_007944	AAAT	3	37542	37553	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_007944	TGAA	4	38098	38112	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
62	NC_007944	ATA	5	38329	38344	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
63	NC_007944	TAA	4	38413	38423	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_007944	TAAT	3	38431	38442	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_007944	AAAT	3	38461	38473	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_007944	GATC	3	39052	39062	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
67	NC_007944	AATG	3	42399	42410	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	91208902
68	NC_007944	TG	6	42841	42851	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	91208902
69	NC_007944	ATCT	4	44123	44138	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
70	NC_007944	AT	13	44510	44534	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_007944	TAATT	3	44791	44804	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
72	NC_007944	ATA	4	44906	44918	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_007944	TAG	4	46579	46589	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	91208903
74	NC_007944	AT	6	46857	46869	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	91208903
75	NC_007944	GTAA	3	46893	46903	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	91208903
76	NC_007944	TTTG	3	48408	48419	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_007944	AT	6	48454	48466	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_007944	AAT	4	48464	48474	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_007944	AAT	4	48486	48497	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_007944	AT	6	48530	48540	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_007944	TA	6	49155	49168	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_007944	TAA	4	49687	49699	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_007944	AAAG	3	49781	49792	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_007944	ATT	5	50379	50392	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_007944	TATTT	3	50616	50630	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
86	NC_007944	AGAAT	3	50709	50723	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_007944	AT	8	51078	51092	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
88	NC_007944	CATA	3	51135	51145	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
89	NC_007944	GTTTT	3	51231	51244	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_007944	ACAT	3	51429	51439	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
91	NC_007944	TTATT	3	51477	51490	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_007944	CAAA	3	52568	52579	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	91208906
93	NC_007944	A	12	52702	52713	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007944	GTCT	3	53179	53190	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	91208905
95	NC_007944	TTA	4	53406	53417	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_007944	CAA	4	53911	53921	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
97	NC_007944	GTTT	3	53944	53956	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_007944	GATT	3	53982	53993	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_007944	ATTTCG	3	54026	54042	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
100	NC_007944	TA	6	54089	54101	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
101	NC_007944	ATTCT	3	54236	54249	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
102	NC_007944	ATTT	3	54289	54299	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_007944	AATC	5	54317	54335	19	50 %	25 %	0 %	25 %	10 %	Non-Coding
104	NC_007944	TTAAT	4	54638	54656	19	40 %	60 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
105	NC_007944	AGAA	3	54871	54882	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_007944	TTTCA	3	58114	58129	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
107	NC_007944	AAAG	3	60677	60687	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_007944	ATTT	3	62398	62409	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_007944	TAGT	3	62422	62433	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007944	ATT	5	62520	62534	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
111	NC_007944	TTTA	3	62923	62935	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
112	NC_007944	TCTA	3	63462	63473	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
113	NC_007944	TTTTC	4	64564	64583	20	0 %	80 %	0 %	20 %	10 %	Non-Coding
114	NC_007944	CTT	4	65604	65615	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	91208914
115	NC_007944	T	12	66027	66038	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007944	T	17	67286	67302	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
117	NC_007944	G	15	67324	67338	15	0 %	0 %	100 %	0 %	6 %	Non-Coding
118	NC_007944	AAT	4	67560	67571	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_007944	ATA	4	67677	67687	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_007944	TCT	4	69213	69225	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
121	NC_007944	T	12	69454	69465	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_007944	AAAATA	3	69517	69534	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
123	NC_007944	A	12	69528	69539	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_007944	T	12	70358	70369	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_007944	T	15	71309	71323	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_007944	CTTATT	3	71544	71561	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_007944	TAAA	3	71923	71934	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	91208923
128	NC_007944	AT	6	72086	72097	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
129	NC_007944	ATA	5	72122	72135	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
130	NC_007944	TCAT	3	73457	73468	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
131	NC_007944	GAAC	3	73800	73811	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
132	NC_007944	TTTA	3	74733	74744	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	91208947
133	NC_007944	A	14	74989	75002	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	91208947
134	NC_007944	TGAA	3	76543	76553	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	91208947
135	NC_007944	CTT	4	78172	78182	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	91208947
136	NC_007944	TTATA	3	79457	79470	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	91208947
137	NC_007944	G	12	80038	80049	12	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	91208947
138	NC_007944	A	13	80810	80822	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	91208947
139	NC_007944	TTGA	3	81594	81606	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	91208947
140	NC_007944	A	12	82176	82187	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	91208947
141	NC_007944	TTTC	3	82529	82539	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	91208947
142	NC_007944	CACTT	3	84247	84260	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	91208947
143	NC_007944	CTTT	3	84468	84478	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	91208947
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148	NC_007944	AT	6	86987	86997	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	91208947
149	NC_007944	ATTT	3	87197	87208	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	91208947
150	NC_007944	AATT	3	87697	87707	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	91208947
151	NC_007944	TTAT	3	87834	87845	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	91208947
152	NC_007944	AATT	3	88476	88487	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	91208947
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164	NC_007944	AATA	3	96425	96437	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	91208947
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223	NC_007944	CTTA	3	136719	136729	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	91208960
224	NC_007944	CCTT	3	140796	140806	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	91208960
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228	NC_007944	ACTAAT	4	144644	144666	23	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	4 %	91208960
229	NC_007944	AATACT	3	144669	144685	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	91208960
230	NC_007944	AATAG	4	144699	144717	19	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	91208960
231	NC_007944	A	16	145226	145241	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	91208960
232	NC_007944	AATA	4	145274	145289	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	91208960
233	NC_007944	GAA	4	145295	145306	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	91208960
234	NC_007944	ACCGG	3	149715	149729	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
235	NC_007944	TTTC	3	149902	149913	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
236	NC_007944	CTTTC	3	150582	150597	16	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
237	NC_007944	CATAC	3	150992	151005	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
238	NC_007944	CTCCTT	3	151868	151885	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	91208964
239	NC_007944	ATCA	3	153585	153597	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	91208964
240	NC_007944	TGAT	3	153680	153692	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	91208964
241	NC_007944	ACC	4	153789	153799	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	91208964
242	NC_007944	TTC	4	154588	154598	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	91208964
243	NC_007944	AAAG	3	155421	155431	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	91208964
244	NC_007944	CGAT	3	155848	155860	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	91208964
245	NC_007944	TATT	3	156480	156491	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	91208964
246	NC_007944	ATC	4	158308	158318	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
247	NC_007944	ATC	4	159700	159710	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	91208966
248	NC_007944	GAA	5	160170	160184	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	91208966

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Gossypium hirsutum chloroplast