ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Solanum bulbocastanum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_007943	CCGC	3	73	84	12	0 %	0 %	25 %	75 %	8 %	Non-Coding
2	NC_007943	TAT	4	170	181	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_007943	AGAAA	3	420	433	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_007943	AAGT	3	1216	1226	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	91208968
5	NC_007943	TTA	4	2016	2027	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_007943	GATT	3	2539	2549	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	91208969
7	NC_007943	AAG	5	2979	2993	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	91208969
8	NC_007943	GAA	4	4366	4377	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_007943	GAAA	3	4412	4422	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_007943	A	18	4552	4569	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
11	NC_007943	AATA	3	4588	4598	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_007943	AATA	3	5903	5914	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	91208970
13	NC_007943	AT	6	6373	6383	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_007943	GTTT	3	7302	7314	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_007943	TTCT	3	7735	7745	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	91208971
16	NC_007943	TGAATT	4	8748	8771	24	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_007943	CAAG	3	8825	8835	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
18	NC_007943	CCTAT	3	9019	9033	15	20 %	40 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
19	NC_007943	AAAG	3	9430	9440	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_007943	TTA	4	9919	9930	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_007943	T	12	9984	9995	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007943	AT	7	10122	10135	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_007943	TTTCC	3	12240	12254	15	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	91208974
24	NC_007943	ATGA	3	12351	12363	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	91208974
25	NC_007943	GGGA	3	13363	13373	11	25 %	0 %	75 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_007943	ATTCA	3	13981	13994	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
27	NC_007943	TATT	4	14434	14448	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
28	NC_007943	GTAA	3	14795	14807	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_007943	TATT	3	15826	15838	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
30	NC_007943	AAAC	3	18638	18648	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	91208978
31	NC_007943	T	12	18822	18833	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	91208978
32	NC_007943	GAAT	3	19226	19236	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	91208978
33	NC_007943	GTTT	3	23745	23756	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	91208979
34	NC_007943	ATT	4	23902	23914	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	91208979
35	NC_007943	ATTAG	3	27184	27197	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_007943	AATTG	3	27323	27337	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007943	AT	6	27930	27940	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_007943	TA	7	28061	28073	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_007943	CAG	4	28582	28593	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
40	NC_007943	TTA	4	28752	28762	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_007943	TTA	4	29105	29116	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_007943	CTAT	3	30234	30245	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007943	TTAA	3	30363	30373	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	91208982
44	NC_007943	TTTA	3	30718	30729	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007943	TGTTT	3	31219	31233	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
46	NC_007943	TCAA	3	32003	32013	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
47	NC_007943	TAG	4	32113	32124	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_007943	T	17	32124	32140	17	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007943	ATT	4	32226	32236	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_007943	T	14	32769	32782	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_007943	ATTT	3	32934	32944	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_007943	TATT	3	33151	33162	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007943	TATC	3	34744	34755	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	91208984
54	NC_007943	TTC	4	35921	35932	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	91208984
55	NC_007943	CTTT	3	36123	36133	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
56	NC_007943	AG	6	36280	36290	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_007943	TA	6	36486	36497	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_007943	TC	6	36905	36915	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	91208985
59	NC_007943	TA	7	37147	37159	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_007943	TTTTTA	3	37288	37306	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
61	NC_007943	ATTG	3	39335	39345	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	91208987
62	NC_007943	AATG	3	40981	40992	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	91208988
63	NC_007943	TG	6	41423	41433	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	91208988
64	NC_007943	CTAT	3	42720	42731	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007943	TTTA	3	42736	42747	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_007943	TA	6	43019	43032	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_007943	TAAA	4	43292	43307	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
68	NC_007943	TTTC	4	44226	44241	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	91208989
69	NC_007943	TAG	4	44970	44980	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	91208989
70	NC_007943	A	16	45195	45210	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	91208989
71	NC_007943	GTA	4	45557	45567	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_007943	CTTTGA	3	46041	46057	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
73	NC_007943	AAT	4	46398	46409	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_007943	TATT	4	47242	47256	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
75	NC_007943	TA	7	47403	47415	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_007943	AAGG	3	47468	47478	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_007943	A	13	47534	47546	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_007943	TATAT	3	47898	47912	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
79	NC_007943	TA	6	47913	47924	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_007943	TAT	4	52197	52207	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_007943	AGA	4	52273	52284	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_007943	AGGTA	3	52316	52329	14	40 %	20 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_007943	TTA	4	52834	52845	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007943	ATA	4	55803	55816	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	91208995
85	NC_007943	A	12	56370	56381	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007943	TGAT	3	56481	56492	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_007943	TTG	4	56572	56582	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_007943	TTA	5	58449	58464	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
89	NC_007943	T	15	58525	58539	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
90	NC_007943	TAA	4	58629	58639	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_007943	TTA	4	60773	60784	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_007943	T	12	62494	62505	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_007943	AT	6	63880	63890	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	91209001
94	NC_007943	ACAAA	3	65352	65365	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
95	NC_007943	AATA	4	65448	65462	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
96	NC_007943	CAAA	3	65788	65799	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007943	TTTC	3	66840	66850	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
98	NC_007943	GTT	4	66983	66993	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_007943	TTAAA	3	67141	67156	16	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
100	NC_007943	AAAT	3	68630	68641	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_007943	CTTTA	3	69310	69325	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
102	NC_007943	TA	6	69704	69714	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_007943	AAAT	3	69729	69740	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_007943	AAAC	3	69824	69835	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007943	GAAA	3	70235	70246	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_007943	TGAA	3	70743	70754	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_007943	T	12	71427	71438	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007943	A	13	72534	72546	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	91209035
109	NC_007943	GGTT	3	75265	75276	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	91209035
110	NC_007943	TCT	4	75636	75647	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	91209035
111	NC_007943	AT	6	78205	78215	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	91209035
112	NC_007943	AGA	4	78669	78679	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	91209035
113	NC_007943	TA	6	78921	78931	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	91209035
114	NC_007943	T	17	79958	79974	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	91209035
115	NC_007943	CTTT	3	81728	81739	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	91209035
116	NC_007943	TTTA	3	82240	82251	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	91209035
117	NC_007943	AT	6	83388	83399	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	91209035
118	NC_007943	ACTT	3	83770	83780	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	91209035
119	NC_007943	TC	6	84006	84017	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	91209035
120	NC_007943	TA	6	84121	84131	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	91209035
121	NC_007943	T	13	84365	84377	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	91209035
122	NC_007943	CAAT	3	84484	84494	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	91209035
123	NC_007943	TTA	4	85566	85577	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	91209035
124	NC_007943	T	12	85867	85878	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	91209035
125	NC_007943	CTT	4	85973	85984	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	91209035
126	NC_007943	GAT	4	86440	86450	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	91209035
127	NC_007943	GAT	4	87814	87824	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	91209035
128	NC_007943	GAAA	3	89638	89650	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	91209035
129	NC_007943	TGA	4	92568	92579	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	91209035
130	NC_007943	AATA	3	93424	93436	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	91209035
131	NC_007943	TTTCG	3	98523	98536	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	91209035
132	NC_007943	TTC	4	100313	100324	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	91209048
133	NC_007943	ATTAGT	4	100870	100891	22	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	9 %	91209048
134	NC_007943	ATCC	3	103946	103957	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	91209048
135	NC_007943	AAGG	3	104254	104264	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	91209048
136	NC_007943	GAGG	3	106980	106991	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	91209048
137	NC_007943	AGGT	3	107192	107203	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	91209048
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169	NC_007943	CCTT	3	136864	136874	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	91209048
170	NC_007943	GGAT	3	137171	137182	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	91209048
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178	NC_007943	ATC	4	154678	154688	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	91209054
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180	NC_007943	A	12	155252	155263	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Solanum bulbocastanum chloroplast