ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Porphyra yezoensis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_007932	TATT	3	149	160	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_007932	GCAC	3	679	690	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	90994378
3	NC_007932	CTA	4	1797	1807	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	90994379
4	NC_007932	TAGA	3	1920	1930	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	90994379
5	NC_007932	AGC	4	2098	2108	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	90994379
6	NC_007932	TC	6	2597	2607	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	90994380
7	NC_007932	TTA	4	3435	3445	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	90994380
8	NC_007932	ATA	4	3587	3598	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	90994380
9	NC_007932	ATTC	3	3705	3715	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	90994380
10	NC_007932	TCT	4	3869	3879	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	90994380
11	NC_007932	ATA	4	4631	4641	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	90994382
12	NC_007932	TAAA	3	4844	4854	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	90994382
13	NC_007932	ATA	4	5330	5340	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	90994383
14	NC_007932	ATAA	3	5583	5594	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_007932	AT	6	5595	5605	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_007932	CTTATA	3	6517	6534	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	90994385
17	NC_007932	GTAT	3	7359	7371	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_007932	TCT	4	7645	7656	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	90994387
19	NC_007932	TA	7	8631	8644	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_007932	TAGTA	3	8695	8708	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_007932	ATGA	3	8912	8922	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_007932	TTTA	3	8976	8987	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_007932	TA	6	9737	9747	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	90994389
24	NC_007932	AT	6	10847	10857	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_007932	AATT	3	13752	13763	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	90994394
26	NC_007932	CAATTC	3	14992	15010	19	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	5 %	90994396
27	NC_007932	ATTG	3	15162	15172	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	90994396
28	NC_007932	AGC	4	16032	16043	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	90994397
29	NC_007932	TTAT	3	16262	16272	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_007932	ATA	4	16572	16582	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	90994399
31	NC_007932	ATA	4	18842	18853	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	90994402
32	NC_007932	TCT	4	20183	20194	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	90994403
33	NC_007932	CTG	7	20445	20465	21	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	4 %	90994403
34	NC_007932	AATT	3	21560	21572	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	90994405
35	NC_007932	AAAT	3	21952	21962	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	90994406
36	NC_007932	CCCG	3	23454	23466	13	0 %	0 %	25 %	75 %	7 %	Non-Coding
37	NC_007932	TCTG	3	24103	24113	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	90994409
38	NC_007932	TA	6	24278	24288	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_007932	AT	6	25515	25525	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_007932	AGTTA	3	26792	26806	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
41	NC_007932	ATA	4	26906	26917	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	90994411
42	NC_007932	TTTC	3	27052	27064	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	90994411
43	NC_007932	GCTT	3	27485	27496	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	90994412
44	NC_007932	AT	6	27545	27555	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	90994412
45	NC_007932	TAT	7	27572	27593	22	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	90994412
46	NC_007932	TTAT	3	28895	28906	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	90994416
47	NC_007932	TTCC	3	31134	31145	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	90994418
48	NC_007932	AGA	4	32348	32359	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	90994419
49	NC_007932	TAT	4	32643	32653	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_007932	CAAA	3	33719	33731	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
51	NC_007932	AAGA	3	34082	34092	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	90994422
52	NC_007932	TAT	4	34758	34770	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	90994423
53	NC_007932	AGAA	3	38326	38337	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	90994427
54	NC_007932	TTTA	3	38478	38488	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	90994428
55	NC_007932	CTTGT	3	38543	38557	15	0 %	60 %	20 %	20 %	6 %	90994428
56	NC_007932	AAGA	3	41168	41178	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	90994431
57	NC_007932	ATTT	3	42332	42342	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	90994431
58	NC_007932	TTAA	3	43304	43315	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	90994433
59	NC_007932	CT	6	43920	43930	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	90994433
60	NC_007932	TTTTA	3	44897	44911	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	90994434
61	NC_007932	CTT	4	46140	46151	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	90994436
62	NC_007932	TAGAA	3	47421	47434	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	90994438
63	NC_007932	TAAT	3	47947	47958	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_007932	AAT	4	48854	48865	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	90994440
65	NC_007932	TCT	4	49086	49097	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	90994440
66	NC_007932	TTA	4	51160	51171	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	90994441
67	NC_007932	TG	6	53867	53877	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	90994442
68	NC_007932	TTTA	3	58327	58337	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	90994443
69	NC_007932	TTTA	3	58666	58676	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	90994443
70	NC_007932	TGTC	3	58925	58936	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007932	AT	7	59471	59484	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	90994445
72	NC_007932	TATT	3	60108	60120	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_007932	TACT	3	60879	60891	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	90994448
74	NC_007932	CTTC	3	60938	60949	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	90994448
75	NC_007932	TTAA	3	61207	61217	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	90994448
76	NC_007932	ATA	4	61891	61902	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	90994448
77	NC_007932	ATT	4	62202	62212	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	90994448
78	NC_007932	TCA	5	62593	62607	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	90994448
79	NC_007932	ATT	4	62787	62798	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	90994448
80	NC_007932	ATCT	3	63135	63146	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
81	NC_007932	AATT	3	63815	63826	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_007932	TTAA	3	65393	65405	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	90994450
83	NC_007932	GCA	4	65792	65803	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	90994451
84	NC_007932	AGC	4	66256	66267	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	90994452
85	NC_007932	AATGCT	3	68757	68774	18	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	90994454
86	NC_007932	TC	6	69188	69198	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	90994454
87	NC_007932	GAAAA	3	70553	70566	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	90994455
88	NC_007932	ATT	4	70837	70848	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	90994455
89	NC_007932	TTA	4	70946	70956	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	90994455
90	NC_007932	TAA	4	73166	73177	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	90994457
91	NC_007932	ATT	4	74804	74816	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_007932	ATTT	3	75198	75208	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	90994460
93	NC_007932	CAAG	3	75596	75606	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	90994460
94	NC_007932	TA	6	76578	76590	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_007932	GATT	3	77555	77565	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	90994464
96	NC_007932	AT	6	78221	78232	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_007932	TTTA	3	78317	78329	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	90994465
98	NC_007932	ATA	4	78573	78583	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	90994465
99	NC_007932	TTAT	3	78621	78632	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	90994465
100	NC_007932	TTA	5	79219	79232	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
101	NC_007932	CATT	3	80646	80656	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	90994469
102	NC_007932	TA	6	82654	82664	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_007932	TA	6	82669	82679	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_007932	AGA	4	82778	82789	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	90994471
105	NC_007932	TAT	4	83619	83629	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_007932	TA	6	83680	83690	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_007932	TA	6	83999	84009	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_007932	TTA	4	84211	84222	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_007932	AAT	4	85044	85055	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_007932	TAAT	4	85403	85417	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
111	NC_007932	AAAG	3	85911	85921	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	90994473
112	NC_007932	TCA	4	87410	87421	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	90994474
113	NC_007932	TAC	4	90389	90401	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	90994475
114	NC_007932	CCT	4	94147	94157	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	90994481
115	NC_007932	ATAA	3	94391	94402	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
116	NC_007932	TA	6	94415	94425	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	90994482
117	NC_007932	TAA	4	95013	95023	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_007932	CTTT	3	95037	95047	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	90994483
119	NC_007932	CTT	4	95422	95433	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	90994483
120	NC_007932	AAAT	3	96036	96047	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	90994484
121	NC_007932	TTC	4	97665	97676	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	90994487
122	NC_007932	ATT	4	97697	97708	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	90994487
123	NC_007932	ATA	4	97877	97888	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	90994487
124	NC_007932	CCTT	3	98048	98058	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	90994487
125	NC_007932	TAATAT	3	98428	98444	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
126	NC_007932	TAAT	3	98986	98997	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_007932	TTTA	3	99182	99192	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	90994489
128	NC_007932	TGTC	3	99980	99991	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	90994491
129	NC_007932	TTAA	3	100590	100602	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	90994492
130	NC_007932	CTA	4	101852	101862	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	90994495
131	NC_007932	AGA	4	102113	102123	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	90994496
132	NC_007932	ATA	4	102598	102609	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	90994498
133	NC_007932	CAAT	3	102741	102751	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	90994498
134	NC_007932	ATA	4	103993	104003	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	90994500
135	NC_007932	TAA	4	104016	104026	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	90994501
136	NC_007932	CAC	4	104151	104162	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	90994501
137	NC_007932	CAC	4	105567	105578	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	90994503
138	NC_007932	TTACT	3	105704	105718	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	90994503
139	NC_007932	AAAG	3	108552	108562	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	90994506
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141	NC_007932	GCAA	3	109710	109720	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	90994508
142	NC_007932	TTTA	3	110446	110457	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
143	NC_007932	CTT	4	110734	110745	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	90994511
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145	NC_007932	GAAA	3	110943	110954	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	90994512
146	NC_007932	ATT	5	111925	111938	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	90994513
147	NC_007932	TTAA	3	114174	114184	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
148	NC_007932	ATT	4	114728	114738	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
149	NC_007932	AG	6	114808	114818	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
150	NC_007932	TAAA	3	115073	115084	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_007932	CTAA	3	116244	116255	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	90994519
152	NC_007932	TAAG	3	116791	116802	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	90994519
153	NC_007932	AT	11	117281	117302	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
154	NC_007932	ATT	4	118436	118448	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	90994520
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156	NC_007932	TCA	4	119168	119178	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	90994521
157	NC_007932	ATTT	3	119831	119841	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	90994522
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159	NC_007932	ATT	4	121560	121571	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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164	NC_007932	TGTT	3	126299	126310	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	90994525
165	NC_007932	TTGAT	3	126757	126771	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	90994526
166	NC_007932	ATTT	3	127332	127342	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
167	NC_007932	TC	6	127451	127462	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
168	NC_007932	GTAA	3	129251	129261	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
169	NC_007932	AACA	3	129631	129642	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	90994528
170	NC_007932	AATA	3	132148	132158	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	90994532
171	NC_007932	TTTA	3	132366	132377	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	90994533
172	NC_007932	TAA	5	132577	132591	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	90994533
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174	NC_007932	TTAT	3	133895	133906	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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179	NC_007932	TTAA	3	141497	141508	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	90994540
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182	NC_007932	AATT	4	142359	142375	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	90994541
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190	NC_007932	TTTAC	3	147327	147341	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
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194	NC_007932	TAAA	3	150078	150089	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
195	NC_007932	TAAA	3	151932	151942	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
196	NC_007932	AGGT	3	151965	151976	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
197	NC_007932	AAACA	3	153921	153935	15	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	90994551
198	NC_007932	TTG	4	154502	154513	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
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209	NC_007932	TTAA	3	159525	159535	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
210	NC_007932	TAC	4	160696	160707	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	90994559
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212	NC_007932	CAATA	3	163352	163365	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	90994562
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214	NC_007932	TATT	3	170614	170625	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
215	NC_007932	TGTA	3	170921	170932	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
216	NC_007932	TGATC	3	172994	173007	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	90994570
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219	NC_007932	TAAA	3	174193	174203	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	90994571
220	NC_007932	AAAT	3	174949	174960	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	90994572
221	NC_007932	TTTA	3	177093	177105	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	90994572
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223	NC_007932	AT	6	178559	178569	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	90994574
224	NC_007932	ATA	4	180020	180031	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	90994576
225	NC_007932	TATAC	3	180960	180973	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
226	NC_007932	TA	6	181324	181334	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
227	NC_007932	TAA	4	182189	182201	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
228	NC_007932	AAAT	3	183829	183839	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	90994583
229	NC_007932	TAAG	3	185238	185249	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
230	NC_007932	TTGT	3	186479	186490	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	90994585
231	NC_007932	AAAT	3	187063	187073	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
232	NC_007932	TTAA	4	187109	187124	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
233	NC_007932	TAAA	3	188651	188662	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
234	NC_007932	TAAA	3	190505	190515	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
235	NC_007932	AGGT	3	190538	190549	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Porphyra yezoensis chloroplast