ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Oryza sativa Indica Group mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_007886	ACT	4	116	126	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
2	NC_007886	TAA	4	126	137	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_007886	ACTT	3	151	161	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
4	NC_007886	CTT	5	253	267	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
5	NC_007886	GTA	4	1009	1020	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_007886	AGA	4	1212	1222	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_007886	CGAT	3	5772	5783	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
8	NC_007886	AAAG	3	6160	6171	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_007886	CT	7	6320	6332	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
10	NC_007886	CCTT	4	6969	6983	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
11	NC_007886	AG	6	7325	7335	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_007886	AAAG	3	8836	8846	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_007886	GCCTA	3	11830	11844	15	20 %	20 %	20 %	40 %	6 %	89280739
14	NC_007886	CGT	4	12561	12571	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	89280739
15	NC_007886	GAT	4	12695	12705	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	89280739
16	NC_007886	AAGC	3	13517	13527	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	89280739
17	NC_007886	CCTT	3	13588	13598	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	89280739
18	NC_007886	GTTC	3	13638	13649	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	89280739
19	NC_007886	CTTT	3	14523	14533	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	89280739
20	NC_007886	TGGG	3	14954	14964	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	89280739
21	NC_007886	TTTCTT	3	15432	15450	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	89280739
22	NC_007886	GACT	3	15556	15567	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	89280739
23	NC_007886	TAT	4	17002	17012	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	89280739
24	NC_007886	CTA	5	18318	18331	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	89280739
25	NC_007886	TTA	4	19610	19620	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	89280739
26	NC_007886	TAATT	3	19948	19962	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	89280739
27	NC_007886	GA	6	20857	20867	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	89280739
28	NC_007886	GAAA	4	24050	24065	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	89280739
29	NC_007886	TCTT	3	24463	24473	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	89280739
30	NC_007886	ACA	4	25478	25489	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	0 %	89280739
31	NC_007886	TAGG	4	26758	26773	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	89280739
32	NC_007886	AATT	3	28681	28692	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	89280739
33	NC_007886	AATA	4	31004	31020	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	89280739
34	NC_007886	CATT	3	32852	32862	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	89280739
35	NC_007886	ATTCT	3	32863	32876	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	89280739
36	NC_007886	GCTT	3	34121	34132	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	89280739
37	NC_007886	TAAA	3	34930	34941	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	89280739
38	NC_007886	GAAT	3	34943	34953	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	89280739
39	NC_007886	AT	6	35229	35240	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	89280739
40	NC_007886	GTAG	3	37819	37830	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	89280739
41	NC_007886	TACG	3	39267	39278	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	89280739
42	NC_007886	TA	6	40497	40507	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	89280739
43	NC_007886	ATA	4	40536	40547	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	89280739
44	NC_007886	GAA	4	41554	41565	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	89280739
45	NC_007886	CTT	4	42342	42353	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	89280739
46	NC_007886	TTCC	3	42725	42736	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	89280739
47	NC_007886	TAT	4	43541	43551	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	89280739
48	NC_007886	AAGT	3	43598	43610	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	89280739
49	NC_007886	ACTT	3	44004	44014	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	89280739
50	NC_007886	GGGAGA	3	45767	45785	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10 %	89280739
51	NC_007886	ATGA	3	47071	47082	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	89280739
52	NC_007886	CAG	4	50305	50315	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	89280739
53	NC_007886	TCCA	3	50691	50702	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	89280739
54	NC_007886	TC	6	51801	51811	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	89280739
55	NC_007886	TTAC	3	51893	51903	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	89280739
56	NC_007886	ATA	4	54054	54065	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	89280739
57	NC_007886	CAAGA	3	55380	55393	14	60 %	0 %	20 %	20 %	7 %	89280739
58	NC_007886	CT	6	55710	55720	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	89280739
59	NC_007886	AAT	4	57737	57748	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	89280739
60	NC_007886	AAAG	3	60810	60820	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	89280739
61	NC_007886	ATAA	3	61643	61654	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	89280739
62	NC_007886	ATT	4	63962	63972	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	89280739
63	NC_007886	ATTC	3	64051	64062	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	89280739
64	NC_007886	TC	6	64441	64451	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	89280739
65	NC_007886	CGAA	3	65170	65181	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	89280739
66	NC_007886	AAAAG	3	65317	65331	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	89280739
67	NC_007886	CATC	3	65808	65819	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	89280739
68	NC_007886	GATC	3	66455	66466	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	89280739
69	NC_007886	CT	7	66567	66580	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	89280739
70	NC_007886	CTTC	3	67903	67914	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	89280739
71	NC_007886	CATT	3	67922	67934	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	89280739
72	NC_007886	CTTT	3	68501	68513	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	89280739
73	NC_007886	TTTC	3	68692	68703	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	89280739
74	NC_007886	TAG	4	68719	68729	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	89280739
75	NC_007886	TA	8	68730	68744	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	89280739
76	NC_007886	ATCC	3	69127	69138	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	89280739
77	NC_007886	GTAT	3	69253	69263	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	89280739
78	NC_007886	CT	7	69437	69449	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	89280739
79	NC_007886	AAG	4	70441	70451	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	89280739
80	NC_007886	CTT	4	70488	70498	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	89280739
81	NC_007886	CTAC	3	70748	70758	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	89280739
82	NC_007886	GCA	4	71386	71396	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	89280739
83	NC_007886	AAAC	3	71646	71657	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	89280739
84	NC_007886	TACT	3	71674	71685	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	89280739
85	NC_007886	GCT	4	71733	71743	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	89280739
86	NC_007886	GTGGT	3	73079	73092	14	0 %	40 %	60 %	0 %	7 %	89280739
87	NC_007886	CT	6	73384	73394	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	89280739
88	NC_007886	GAA	4	73851	73862	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	89280739
89	NC_007886	ACGA	3	76481	76492	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	89280739
90	NC_007886	TCGA	3	76507	76518	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	89280739
91	NC_007886	TAGC	3	77495	77507	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	89280739
92	NC_007886	AT	6	78423	78433	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	89280739
93	NC_007886	TTG	4	79189	79200	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	89280739
94	NC_007886	A	15	80402	80416	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	89280739
95	NC_007886	CTA	4	80522	80533	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	89280739
96	NC_007886	AAAT	3	81225	81237	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	89280739
97	NC_007886	TC	6	81828	81839	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	89280739
98	NC_007886	ACTA	3	82268	82279	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	89280739
99	NC_007886	CCTAT	3	83315	83328	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	89280739
100	NC_007886	A	14	84603	84616	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	89280739
101	NC_007886	AAT	4	86609	86620	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	89280739
102	NC_007886	GCCA	3	87020	87030	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	89280739
103	NC_007886	AGA	5	89478	89491	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	89280739
104	NC_007886	CAGT	3	91579	91590	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	89280739
105	NC_007886	CAG	4	91648	91659	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	89280739
106	NC_007886	TCC	4	91912	91923	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	89280739
107	NC_007886	AGTC	3	92905	92916	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	89280739
108	NC_007886	AT	6	92934	92945	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	89280739
109	NC_007886	ACCT	3	93366	93376	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	89280739
110	NC_007886	GAA	4	93497	93508	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	89280739
111	NC_007886	TCA	4	93631	93642	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	89280739
112	NC_007886	ACT	4	95176	95186	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	89280739
113	NC_007886	TAA	4	95186	95197	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	89280739
114	NC_007886	ACTT	3	95211	95221	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	89280739
115	NC_007886	CTT	5	95313	95327	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	89280739
116	NC_007886	GTA	4	96069	96080	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	89280739
117	NC_007886	AGA	4	96272	96282	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	89280739
118	NC_007886	CGAT	3	100832	100843	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	89280739
119	NC_007886	AAAG	3	101220	101231	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	89280739
120	NC_007886	CT	7	101380	101392	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	89280739
121	NC_007886	CCTT	4	102029	102043	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	89280739
122	NC_007886	AG	6	102385	102395	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	89280739
123	NC_007886	AAAG	3	103896	103906	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	89280739
124	NC_007886	GCCTA	3	106890	106904	15	20 %	20 %	20 %	40 %	6 %	89280739
125	NC_007886	CGT	4	107621	107631	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	89280739
126	NC_007886	GAT	4	107755	107765	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	89280739
127	NC_007886	AAGC	3	108577	108587	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	89280739
128	NC_007886	CCTT	3	108648	108658	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	89280739
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130	NC_007886	CTTT	3	109583	109593	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	89280739
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597	NC_007886	CTT	4	490896	490907	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Oryza sativa Indica Group mitochondrion