ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Perfect Repeats of Oryza sativa Indica Group mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007886	GACT	3	15556	15567	12	25 %	25 %	25 %	25 %	89280739
2	NC_007886	TAATT	3	19948	19962	15	40 %	60 %	0 %	0 %	89280739
3	NC_007886	GAAA	3	24054	24065	12	75 %	0 %	25 %	0 %	89280739
4	NC_007886	ACA	4	25478	25489	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	89280739
5	NC_007886	TAGG	3	26758	26769	12	25 %	25 %	50 %	0 %	89280739
6	NC_007886	AATA	3	31009	31020	12	75 %	25 %	0 %	0 %	89280739
7	NC_007886	GCTT	3	34121	34132	12	0 %	50 %	25 %	25 %	89280739
8	NC_007886	GTAG	3	37819	37830	12	25 %	25 %	50 %	0 %	89280739
9	NC_007886	ATA	4	40536	40547	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	89280739
10	NC_007886	AAT	4	54053	54064	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	89280739
11	NC_007886	CATC	3	65808	65819	12	25 %	25 %	0 %	50 %	89280739
12	NC_007886	TACT	3	71674	71685	12	25 %	50 %	0 %	25 %	89280739
13	NC_007886	ACGA	3	76481	76492	12	50 %	0 %	25 %	25 %	89280739
14	NC_007886	AGA	4	89478	89489	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	89280739
15	NC_007886	GCCG	3	90462	90473	12	0 %	0 %	50 %	50 %	89280739
16	NC_007886	CAGT	3	91579	91590	12	25 %	25 %	25 %	25 %	89280739
17	NC_007886	GAA	4	93497	93508	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	89280739
18	NC_007886	GACT	3	110616	110627	12	25 %	25 %	25 %	25 %	89280739
19	NC_007886	TAATT	3	115008	115022	15	40 %	60 %	0 %	0 %	89280739
20	NC_007886	GAAA	3	119114	119125	12	75 %	0 %	25 %	0 %	89280739
21	NC_007886	ACA	4	120538	120549	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	89280739
22	NC_007886	TAGG	3	121818	121829	12	25 %	25 %	50 %	0 %	89280739
23	NC_007886	AATA	3	126069	126080	12	75 %	25 %	0 %	0 %	89280739
24	NC_007886	GCTT	3	129181	129192	12	0 %	50 %	25 %	25 %	89280739
25	NC_007886	GTAG	3	132879	132890	12	25 %	25 %	50 %	0 %	89280739
26	NC_007886	ATA	4	135596	135607	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	89280739
27	NC_007886	CT	6	151034	151045	12	0 %	50 %	0 %	50 %	89280739
28	NC_007886	GAGC	3	156563	156574	12	25 %	0 %	50 %	25 %	89280739
29	NC_007886	ATAG	3	159228	159239	12	50 %	25 %	25 %	0 %	89280739
30	NC_007886	CATT	3	173965	173976	12	25 %	50 %	0 %	25 %	89280739
31	NC_007886	AAAG	3	178010	178021	12	75 %	0 %	25 %	0 %	89280739
32	NC_007886	CAATT	3	179903	179917	15	40 %	40 %	0 %	20 %	89280739
33	NC_007886	AAATAA	3	182901	182918	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	89280739
34	NC_007886	T	12	186158	186169	12	0 %	100 %	0 %	0 %	89280739
35	NC_007886	AGT	4	188543	188554	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	89280739
36	NC_007886	CTTG	3	189723	189734	12	0 %	50 %	25 %	25 %	89280739
37	NC_007886	GAAA	3	195473	195484	12	75 %	0 %	25 %	0 %	89280739
38	NC_007886	CTTC	3	196021	196032	12	0 %	50 %	0 %	50 %	89280739
39	NC_007886	AT	6	197600	197611	12	50 %	50 %	0 %	0 %	89280739
40	NC_007886	G	12	200489	200500	12	0 %	0 %	100 %	0 %	89280739
41	NC_007886	TCGC	3	215485	215496	12	0 %	25 %	25 %	50 %	89280739
42	NC_007886	AG	6	223603	223614	12	50 %	0 %	50 %	0 %	89280739
43	NC_007886	TC	6	223628	223639	12	0 %	50 %	0 %	50 %	89280739
44	NC_007886	AAGA	3	228178	228189	12	75 %	0 %	25 %	0 %	89280739
45	NC_007886	AGAA	3	228653	228664	12	75 %	0 %	25 %	0 %	89280739
46	NC_007886	CAA	4	228713	228724	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	89280739
47	NC_007886	TTTG	3	234923	234934	12	0 %	75 %	25 %	0 %	89280739
48	NC_007886	AAAGG	3	248604	248618	15	60 %	0 %	40 %	0 %	89280739
49	NC_007886	TAG	4	249367	249378	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	89280739
50	NC_007886	CTC	4	255907	255918	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	89280739
51	NC_007886	GACT	3	272245	272256	12	25 %	25 %	25 %	25 %	89280739
52	NC_007886	TTA	4	273431	273442	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	89280739
53	NC_007886	TCGC	3	274605	274616	12	0 %	25 %	25 %	50 %	89280739
54	NC_007886	AG	6	282723	282734	12	50 %	0 %	50 %	0 %	89280739
55	NC_007886	TC	6	282748	282759	12	0 %	50 %	0 %	50 %	89280739
56	NC_007886	ACTT	3	287678	287689	12	25 %	50 %	0 %	25 %	89280739
57	NC_007886	ATT	4	290401	290412	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	89280739
58	NC_007886	ATCCA	3	312976	312990	15	40 %	20 %	0 %	40 %	89280739
59	NC_007886	GGAA	3	313762	313773	12	50 %	0 %	50 %	0 %	89280739
60	NC_007886	AAAG	3	313778	313789	12	75 %	0 %	25 %	0 %	89280739
61	NC_007886	TCAT	3	316423	316434	12	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_007886	T	13	322413	322425	13	0 %	100 %	0 %	0 %	89280723
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65	NC_007886	TAT	4	349211	349222	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007886	GGAA	3	356573	356584	12	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007886	CGGGC	3	366534	366548	15	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
68	NC_007886	AAGA	3	372925	372936	12	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007886	AAG	4	390764	390775	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007886	GCCC	3	405788	405799	12	0 %	0 %	25 %	75 %	89280754
71	NC_007886	AG	6	413679	413690	12	50 %	0 %	50 %	0 %	89280754
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82	NC_007886	ATAG	3	482248	482259	12	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Perfect Repeats of Oryza sativa Indica Group mitochondrion