ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza sativa Indica Group mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_007886	ACTT	3	151	161	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
2	NC_007886	CGAT	3	5772	5783	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
3	NC_007886	AAAG	3	6160	6171	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_007886	CCTT	4	6969	6983	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
5	NC_007886	AAAG	3	8836	8846	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_007886	AAGC	3	13517	13527	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	89280739
7	NC_007886	CCTT	3	13588	13598	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	89280739
8	NC_007886	GTTC	3	13638	13649	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	89280739
9	NC_007886	CTTT	3	14523	14533	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	89280739
10	NC_007886	TGGG	3	14954	14964	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	89280739
11	NC_007886	GACT	3	15556	15567	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	89280739
12	NC_007886	GAAA	4	24050	24065	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	89280739
13	NC_007886	TCTT	3	24463	24473	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	89280739
14	NC_007886	TAGG	4	26758	26773	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	89280739
15	NC_007886	AATT	3	28681	28692	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	89280739
16	NC_007886	AATA	4	31004	31020	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	89280739
17	NC_007886	CATT	3	32852	32862	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	89280739
18	NC_007886	GCTT	3	34121	34132	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	89280739
19	NC_007886	TAAA	3	34930	34941	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	89280739
20	NC_007886	GAAT	3	34943	34953	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	89280739
21	NC_007886	GTAG	3	37819	37830	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	89280739
22	NC_007886	TACG	3	39267	39278	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	89280739
23	NC_007886	TTCC	3	42725	42736	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	89280739
24	NC_007886	AAGT	3	43598	43610	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	89280739
25	NC_007886	ACTT	3	44004	44014	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	89280739
26	NC_007886	ATGA	3	47071	47082	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	89280739
27	NC_007886	TCCA	3	50691	50702	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	89280739
28	NC_007886	TTAC	3	51893	51903	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	89280739
29	NC_007886	AAAG	3	60810	60820	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	89280739
30	NC_007886	ATAA	3	61643	61654	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	89280739
31	NC_007886	ATTC	3	64051	64062	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	89280739
32	NC_007886	CGAA	3	65170	65181	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	89280739
33	NC_007886	CATC	3	65808	65819	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	89280739
34	NC_007886	GATC	3	66455	66466	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	89280739
35	NC_007886	CTTC	3	67903	67914	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	89280739
36	NC_007886	CATT	3	67922	67934	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	89280739
37	NC_007886	CTTT	3	68501	68513	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	89280739
38	NC_007886	TTTC	3	68692	68703	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	89280739
39	NC_007886	ATCC	3	69127	69138	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	89280739
40	NC_007886	GTAT	3	69253	69263	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	89280739
41	NC_007886	CTAC	3	70748	70758	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	89280739
42	NC_007886	AAAC	3	71646	71657	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	89280739
43	NC_007886	TACT	3	71674	71685	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	89280739
44	NC_007886	ACGA	3	76481	76492	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	89280739
45	NC_007886	TCGA	3	76507	76518	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	89280739
46	NC_007886	TAGC	3	77495	77507	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	89280739
47	NC_007886	AAAT	3	81225	81237	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	89280739
48	NC_007886	ACTA	3	82268	82279	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	89280739
49	NC_007886	GCCA	3	87020	87030	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	89280739
50	NC_007886	CAGT	3	91579	91590	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	89280739
51	NC_007886	AGTC	3	92905	92916	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	89280739
52	NC_007886	ACCT	3	93366	93376	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	89280739
53	NC_007886	ACTT	3	95211	95221	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	89280739
54	NC_007886	CGAT	3	100832	100843	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	89280739
55	NC_007886	AAAG	3	101220	101231	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	89280739
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57	NC_007886	AAAG	3	103896	103906	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	89280739
58	NC_007886	AAGC	3	108577	108587	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	89280739
59	NC_007886	CCTT	3	108648	108658	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	89280739
60	NC_007886	GTTC	3	108698	108709	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	89280739
61	NC_007886	CTTT	3	109583	109593	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	89280739
62	NC_007886	TGGG	3	110014	110024	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	89280739
63	NC_007886	GACT	3	110616	110627	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	89280739
64	NC_007886	GAAA	4	119110	119125	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	89280739
65	NC_007886	TCTT	3	119523	119533	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	89280739
66	NC_007886	TAGG	4	121818	121833	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	89280739
67	NC_007886	AATT	3	123741	123752	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	89280739
68	NC_007886	AATA	4	126064	126080	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	89280739
69	NC_007886	CATT	3	127912	127922	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	89280739
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73	NC_007886	GTAG	3	132879	132890	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	89280739
74	NC_007886	TACG	3	134327	134338	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	89280739
75	NC_007886	TTCC	3	137785	137796	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	89280739
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83	NC_007886	ACTT	3	152388	152398	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	89280739
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91	NC_007886	TCGA	3	174151	174163	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	89280739
92	NC_007886	AGCA	3	177474	177484	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	89280739
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99	NC_007886	CTAG	3	188342	188353	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	89280739
100	NC_007886	CTTG	3	189723	189734	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	89280739
101	NC_007886	TTCA	3	190892	190903	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	89280739
102	NC_007886	TTTG	3	193271	193282	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	89280739
103	NC_007886	AGTA	3	195124	195135	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	89280739
104	NC_007886	GAAA	3	195473	195484	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	89280739
105	NC_007886	CCTA	3	195813	195825	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	89280739
106	NC_007886	CTTC	3	196021	196032	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	89280739
107	NC_007886	GGGC	3	202842	202852	11	0 %	0 %	75 %	25 %	9 %	89280739
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109	NC_007886	GAAA	3	204149	204161	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	89280739
110	NC_007886	GGAC	3	206098	206108	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	89280739
111	NC_007886	GGCA	3	206298	206308	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	89280739
112	NC_007886	CATT	3	206999	207011	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	89280739
113	NC_007886	TTCG	3	208602	208612	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	89280739
114	NC_007886	GGAA	3	209870	209881	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	89280739
115	NC_007886	TTGC	3	212662	212672	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	89280739
116	NC_007886	AAGG	3	213100	213111	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	89280739
117	NC_007886	ACTA	3	214915	214926	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	89280739
118	NC_007886	TCGC	3	215485	215496	12	0 %	25 %	25 %	50 %	0 %	89280739
119	NC_007886	CTTA	3	217818	217830	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	89280739
120	NC_007886	ACTC	3	218924	218935	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	89280739
121	NC_007886	AAGA	3	221401	221412	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	89280739
122	NC_007886	AAAT	3	221756	221767	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	89280739
123	NC_007886	TTAT	3	222350	222360	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	89280739
124	NC_007886	AAGA	3	228178	228189	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	89280739
125	NC_007886	AGAA	3	228653	228664	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	89280739
126	NC_007886	TCTG	3	229295	229306	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	89280739
127	NC_007886	ATGG	3	233084	233096	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	89280739
128	NC_007886	CTTT	4	233197	233212	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	89280739
129	NC_007886	TTTG	3	234923	234934	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	89280739
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233	NC_007886	ATAG	4	482248	482263	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
234	NC_007886	CTTT	3	485187	485198	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza sativa Indica Group mitochondrion