Team
Contact

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Back To Genome Repeat Summary

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza sativa Indica Group mitochondrion

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly
S.No.Genome IDMotifIterationsStartEndTract LengthA%T%G%C% Imperfection %Protein ID
1NC_007886ACT41161261133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %Non-Coding
2NC_007886TAA41261371266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
3NC_007886CTT5253267150 %66.67 %0 %33.33 %6 %Non-Coding
4NC_007886GTA4100910201233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
5NC_007886AGA4121212221166.67 %0 %33.33 %0 %9 %Non-Coding
6NC_007886CGT41256112571110 %33.33 %33.33 %33.33 %9 %89280739
7NC_007886GAT412695127051133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %89280739
8NC_007886TAT417002170121133.33 %66.67 %0 %0 %9 %89280739
9NC_007886CTA518318183311433.33 %33.33 %0 %33.33 %7 %89280739
10NC_007886TTA419610196201133.33 %66.67 %0 %0 %9 %89280739
11NC_007886ACA425478254891266.67 %0 %0 %33.33 %0 %89280739
12NC_007886ATA440536405471266.67 %33.33 %0 %0 %0 %89280739
13NC_007886GAA441554415651266.67 %0 %33.33 %0 %8 %89280739
14NC_007886CTT44234242353120 %66.67 %0 %33.33 %8 %89280739
15NC_007886TAT443541435511133.33 %66.67 %0 %0 %9 %89280739
16NC_007886CAG450305503151133.33 %0 %33.33 %33.33 %9 %89280739
17NC_007886ATA454054540651266.67 %33.33 %0 %0 %8 %89280739
18NC_007886AAT457737577481266.67 %33.33 %0 %0 %8 %89280739
19NC_007886ATT463962639721133.33 %66.67 %0 %0 %9 %89280739
20NC_007886TAG468719687291133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %89280739
21NC_007886AAG470441704511166.67 %0 %33.33 %0 %9 %89280739
22NC_007886CTT47048870498110 %66.67 %0 %33.33 %9 %89280739
23NC_007886GCA471386713961133.33 %0 %33.33 %33.33 %9 %89280739
24NC_007886GCT47173371743110 %33.33 %33.33 %33.33 %9 %89280739
25NC_007886GAA473851738621266.67 %0 %33.33 %0 %8 %89280739
26NC_007886TTG47918979200120 %66.67 %33.33 %0 %8 %89280739
27NC_007886CTA480522805331233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %89280739
28NC_007886AAT486609866201266.67 %33.33 %0 %0 %8 %89280739
29NC_007886AGA589478894911466.67 %0 %33.33 %0 %7 %89280739
30NC_007886CAG491648916591233.33 %0 %33.33 %33.33 %8 %89280739
31NC_007886TCC49191291923120 %33.33 %0 %66.67 %8 %89280739
32NC_007886GAA493497935081266.67 %0 %33.33 %0 %0 %89280739
33NC_007886TCA493631936421233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %89280739
34NC_007886ACT495176951861133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %89280739
35NC_007886TAA495186951971266.67 %33.33 %0 %0 %8 %89280739
36NC_007886CTT59531395327150 %66.67 %0 %33.33 %6 %89280739
37NC_007886GTA496069960801233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %89280739
38NC_007886AGA496272962821166.67 %0 %33.33 %0 %9 %89280739
39NC_007886CGT4107621107631110 %33.33 %33.33 %33.33 %9 %89280739
40NC_007886GAT41077551077651133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %89280739
41NC_007886TAT41120621120721133.33 %66.67 %0 %0 %9 %89280739
42NC_007886CTA51133781133911433.33 %33.33 %0 %33.33 %7 %89280739
43NC_007886TTA41146701146801133.33 %66.67 %0 %0 %9 %89280739
44NC_007886ACA41205381205491266.67 %0 %0 %33.33 %0 %89280739
45NC_007886ATA41355961356071266.67 %33.33 %0 %0 %0 %89280739
46NC_007886GAA41366141366251266.67 %0 %33.33 %0 %8 %89280739
47NC_007886CTT4137402137413120 %66.67 %0 %33.33 %8 %89280739
48NC_007886TAT41386011386111133.33 %66.67 %0 %0 %9 %89280739
49NC_007886AGG41427911428021233.33 %0 %66.67 %0 %8 %89280739
50NC_007886TAC41428061428171233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %89280739
51NC_007886TGG4144763144774120 %33.33 %66.67 %0 %8 %89280739
52NC_007886TTC4145242145252110 %66.67 %0 %33.33 %9 %89280739
53NC_007886TCT4152305152316120 %66.67 %0 %33.33 %8 %89280739
54NC_007886CTT4154322154334130 %66.67 %0 %33.33 %7 %89280739
55NC_007886AGA41551411551521266.67 %0 %33.33 %0 %8 %89280739
56NC_007886CTG4155716155726110 %33.33 %33.33 %33.33 %9 %89280739
57NC_007886AGT41587981588091233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %89280739
58NC_007886CTA41658291658411333.33 %33.33 %0 %33.33 %7 %89280739
59NC_007886CTT4167876167887120 %66.67 %0 %33.33 %8 %89280739
60NC_007886GAA41703591703701266.67 %0 %33.33 %0 %8 %89280739
61NC_007886AAG41706501706611266.67 %0 %33.33 %0 %8 %89280739
62NC_007886TAT41738311738431333.33 %66.67 %0 %0 %7 %89280739
63NC_007886AAC41746591746701266.67 %0 %0 %33.33 %8 %89280739
64NC_007886CTA41785761785881333.33 %33.33 %0 %33.33 %7 %89280739
65NC_007886AGT41885431885541233.33 %33.33 %33.33 %0 %0 %89280739
66NC_007886AGT41885781885891233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %89280739
67NC_007886AGG41892191892301233.33 %0 %66.67 %0 %8 %89280739
68NC_007886ACA41894771894871166.67 %0 %0 %33.33 %9 %89280739
69NC_007886CAT41914231914331133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %89280739
70NC_007886AGA41939731939841266.67 %0 %33.33 %0 %8 %89280739
71NC_007886GAG41963001963101133.33 %0 %66.67 %0 %9 %89280739
72NC_007886CAT41974991975091133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %89280739
73NC_007886CTC4198521198532120 %33.33 %0 %66.67 %8 %89280739
74NC_007886GCC4200399200409110 %0 %33.33 %66.67 %9 %89280739
75NC_007886ACC42011202011321333.33 %0 %0 %66.67 %7 %89280739
76NC_007886CAG42019072019181233.33 %0 %33.33 %33.33 %8 %89280739
77NC_007886TTG4202342202353120 %66.67 %33.33 %0 %8 %89280739
78NC_007886TTG4204072204082110 %66.67 %33.33 %0 %9 %89280739
79NC_007886GCC4208673208683110 %0 %33.33 %66.67 %9 %89280739
80NC_007886GTA42092012092121233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %89280739
81NC_007886TAT42103452103551133.33 %66.67 %0 %0 %9 %89280739
82NC_007886GAA42117212117321266.67 %0 %33.33 %0 %8 %89280739
83NC_007886TCC5216135216148140 %33.33 %0 %66.67 %7 %89280739
84NC_007886CTC4217361217372120 %33.33 %0 %66.67 %8 %89280739
85NC_007886TAA42181752181871366.67 %33.33 %0 %0 %7 %89280739
86NC_007886CGG5218890218903140 %0 %66.67 %33.33 %7 %89280739
87NC_007886TCT4219471219481110 %66.67 %0 %33.33 %9 %89280739
88NC_007886AAC42214402214511266.67 %0 %0 %33.33 %8 %89280739
89NC_007886TTC4225077225087110 %66.67 %0 %33.33 %9 %89280739
90NC_007886CAA52287132287271566.67 %0 %0 %33.33 %6 %89280739
91NC_007886AGC42302002302111233.33 %0 %33.33 %33.33 %8 %89280739
92NC_007886TCG4234490234500110 %33.33 %33.33 %33.33 %9 %89280739
93NC_007886ATC42347862347981333.33 %33.33 %0 %33.33 %7 %89280739
94NC_007886ATA42375372375481266.67 %33.33 %0 %0 %8 %89280739
95NC_007886CTT4237996238006110 %66.67 %0 %33.33 %9 %89280739
96NC_007886CCT4239586239596110 %33.33 %0 %66.67 %9 %89280739
97NC_007886TCA42418022418131233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %89280739
98NC_007886TCT4245159245170120 %66.67 %0 %33.33 %8 %89280739
99NC_007886TCA42452462452571233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %89280739
100NC_007886CTT4245331245343130 %66.67 %0 %33.33 %7 %89280739
101NC_007886GAA42481932482031166.67 %0 %33.33 %0 %9 %89280739
102NC_007886TAG42493672493781233.33 %33.33 %33.33 %0 %0 %89280739
103NC_007886AAG42498472498581266.67 %0 %33.33 %0 %8 %89280739
104NC_007886CTC4255907255918120 %33.33 %0 %66.67 %0 %89280739
105NC_007886ACT42570622570731233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %89280739
106NC_007886AGG42611462611571233.33 %0 %66.67 %0 %8 %89280739
107NC_007886CTT4261590261602130 %66.67 %0 %33.33 %7 %89280739
108NC_007886AGT42619322619431233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %89280739
109NC_007886ACT42648012648121233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %89280739
110NC_007886TCT4267702267712110 %66.67 %0 %33.33 %9 %89280739
111NC_007886ATT42686612686711133.33 %66.67 %0 %0 %9 %89280739
112NC_007886CAA42702862702971266.67 %0 %0 %33.33 %8 %89280739
113NC_007886AGT42730002730101133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %89280739
114NC_007886TAT42734322734431233.33 %66.67 %0 %0 %8 %89280739
115NC_007886TCC5275255275268140 %33.33 %0 %66.67 %7 %89280739
116NC_007886CTC4276481276492120 %33.33 %0 %66.67 %8 %89280739
117NC_007886TAA42772952773071366.67 %33.33 %0 %0 %7 %89280739
118NC_007886CGG5278010278023140 %0 %66.67 %33.33 %7 %89280739
119NC_007886TCT4278591278601110 %66.67 %0 %33.33 %9 %89280739
120NC_007886AAC42805602805711266.67 %0 %0 %33.33 %8 %89280739
121NC_007886GTT4284354284364110 %66.67 %33.33 %0 %9 %89280739
122NC_007886ATT42904012904121233.33 %66.67 %0 %0 %0 %89280739
123NC_007886GTT4292089292100120 %66.67 %33.33 %0 %8 %89280739
124NC_007886TCT4294682294693120 %66.67 %0 %33.33 %8 %89280739
125NC_007886GAT42999492999591133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %89280739
126NC_007886CTC4300792300802110 %33.33 %0 %66.67 %9 %89280739
127NC_007886AAC43011013011111166.67 %0 %0 %33.33 %9 %89280739
128NC_007886CTC4303456303467120 %33.33 %0 %66.67 %8 %89280739
129NC_007886AGA43053923054031266.67 %0 %33.33 %0 %8 %89280739
130NC_007886TTC4307648307659120 %66.67 %0 %33.33 %8 %89280739
131NC_007886TCT4309393309405130 %66.67 %0 %33.33 %7 %89280739
132NC_007886AGC43105823105931233.33 %0 %33.33 %33.33 %8 %89280739
133NC_007886TAA43139303139401166.67 %33.33 %0 %0 %9 %89280739
134NC_007886CTT4314493314503110 %66.67 %0 %33.33 %9 %89280739
135NC_007886ATC43156163156261133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %89280739
136NC_007886AGA43212383212501366.67 %0 %33.33 %0 %7 %Non-Coding
137NC_007886ACC43234793234911333.33 %0 %0 %66.67 %7 %89280746
138NC_007886TAG43311613311711133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %Non-Coding
139NC_007886TAA53312573312711566.67 %33.33 %0 %0 %6 %Non-Coding
140NC_007886CTT4331570331581120 %66.67 %0 %33.33 %8 %89280724
141NC_007886GAC43329673329781233.33 %0 %33.33 %33.33 %8 %89280724
142NC_007886CTT4336050336060110 %66.67 %0 %33.33 %9 %Non-Coding
143NC_007886TTC4339463339473110 %66.67 %0 %33.33 %9 %Non-Coding
144NC_007886TAT53411463411611633.33 %66.67 %0 %0 %6 %Non-Coding
145NC_007886AGG43460363460471233.33 %0 %66.67 %0 %8 %Non-Coding
146NC_007886GAT43476303476411233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
147NC_007886TTG4348251348262120 %66.67 %33.33 %0 %0 %Non-Coding
148NC_007886AGT43483043483151233.33 %33.33 %33.33 %0 %0 %Non-Coding
149NC_007886TAT43489503489621333.33 %66.67 %0 %0 %7 %Non-Coding
150NC_007886TAT43492113492221233.33 %66.67 %0 %0 %0 %Non-Coding
151NC_007886TAG43497153497271333.33 %33.33 %33.33 %0 %7 %Non-Coding
152NC_007886CCT4351197351208120 %33.33 %0 %66.67 %8 %Non-Coding
153NC_007886CAC43589223589341333.33 %0 %0 %66.67 %7 %Non-Coding
154NC_007886ATA43593213593321266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
155NC_007886AGT43594783594891233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
156NC_007886AAG43633933634041266.67 %0 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
157NC_007886TCT4367489367500120 %66.67 %0 %33.33 %8 %Non-Coding
158NC_007886CTA43687523687621133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %Non-Coding
159NC_007886TAT43693233693331133.33 %66.67 %0 %0 %9 %Non-Coding
160NC_007886AGC43714243714351233.33 %0 %33.33 %33.33 %8 %Non-Coding
161NC_007886CTA43732593732701233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %Non-Coding
162NC_007886AGA43733053733151166.67 %0 %33.33 %0 %9 %Non-Coding
163NC_007886TCT4373504373515120 %66.67 %0 %33.33 %8 %Non-Coding
164NC_007886TGT4373547373558120 %66.67 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
165NC_007886AAG43754763754871266.67 %0 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
166NC_007886AGA43795893796001266.67 %0 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
167NC_007886TAG53805143805271433.33 %33.33 %33.33 %0 %7 %Non-Coding
168NC_007886ATT43848463848571233.33 %66.67 %0 %0 %8 %89280742
169NC_007886TCA43885973886071133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %Non-Coding
170NC_007886AGA43889093889201266.67 %0 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
171NC_007886AGA43907653907761266.67 %0 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
172NC_007886GAA53993153993281466.67 %0 %33.33 %0 %7 %Non-Coding
173NC_007886CAA44007184007281166.67 %0 %0 %33.33 %9 %Non-Coding
174NC_007886TTC4401814401825120 %66.67 %0 %33.33 %8 %Non-Coding
175NC_007886GAA44028234028341266.67 %0 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
176NC_007886CTT5403064403079160 %66.67 %0 %33.33 %6 %Non-Coding
177NC_007886ATG44031134031231133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %Non-Coding
178NC_007886AGA44036834036941266.67 %0 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
179NC_007886CCT4403831403842120 %33.33 %0 %66.67 %8 %Non-Coding
180NC_007886TGC4406192406203120 %33.33 %33.33 %33.33 %8 %89280754
181NC_007886TAT44066484066591233.33 %66.67 %0 %0 %8 %89280754
182NC_007886GAA44071824071931266.67 %0 %33.33 %0 %8 %89280754
183NC_007886TAG54080974081111533.33 %33.33 %33.33 %0 %6 %89280754
184NC_007886CTT4409151409162120 %66.67 %0 %33.33 %8 %89280754
185NC_007886CAC44095344095451233.33 %0 %0 %66.67 %8 %89280754
186NC_007886GTT4410259410270120 %66.67 %33.33 %0 %8 %89280754
187NC_007886AAC44115164115271266.67 %0 %0 %33.33 %8 %89280754
188NC_007886GTT4415310415320110 %66.67 %33.33 %0 %9 %89280754
189NC_007886AGG44271494271601233.33 %0 %66.67 %0 %8 %89280754
190NC_007886GAT44287434287541233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %89280754
191NC_007886TTG4429364429375120 %66.67 %33.33 %0 %0 %89280754
192NC_007886AGT44294174294281233.33 %33.33 %33.33 %0 %0 %89280754
193NC_007886TAT44300634300751333.33 %66.67 %0 %0 %7 %89280754
194NC_007886TAT44303244303351233.33 %66.67 %0 %0 %0 %89280754
195NC_007886TAG44308284308401333.33 %33.33 %33.33 %0 %7 %89280754
196NC_007886CCT4432310432321120 %33.33 %0 %66.67 %8 %89280754
197NC_007886CAC44400354400471333.33 %0 %0 %66.67 %7 %89280754
198NC_007886ATA44404344404451266.67 %33.33 %0 %0 %8 %89280754
199NC_007886AGT44405914406021233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %89280754
200NC_007886AAG44445064445171266.67 %0 %33.33 %0 %8 %89280754
201NC_007886TCT4448602448613120 %66.67 %0 %33.33 %8 %89280754
202NC_007886CTA44498654498751133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %89280754
203NC_007886TAT44504364504461133.33 %66.67 %0 %0 %9 %89280754
204NC_007886AGC44525374525481233.33 %0 %33.33 %33.33 %8 %Non-Coding
205NC_007886CTA44543724543831233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %Non-Coding
206NC_007886AGA44544184544281166.67 %0 %33.33 %0 %9 %Non-Coding
207NC_007886TCT4454617454628120 %66.67 %0 %33.33 %8 %Non-Coding
208NC_007886TGT4454660454671120 %66.67 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
209NC_007886AAG44565894566001266.67 %0 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
210NC_007886AGA44607024607131266.67 %0 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
211NC_007886TAG54616274616401433.33 %33.33 %33.33 %0 %7 %Non-Coding
212NC_007886ATT44659594659701233.33 %66.67 %0 %0 %8 %Non-Coding
213NC_007886TCT4475325475336120 %66.67 %0 %33.33 %8 %Non-Coding
214NC_007886CTT4477342477354130 %66.67 %0 %33.33 %7 %Non-Coding
215NC_007886AGA44781614781721266.67 %0 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
216NC_007886CTG4478736478746110 %33.33 %33.33 %33.33 %9 %Non-Coding
217NC_007886AGT44818184818291233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
218NC_007886CTA44888494888611333.33 %33.33 %0 %33.33 %7 %Non-Coding
219NC_007886CTT4490896490907120 %66.67 %0 %33.33 %8 %Non-Coding