ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Nicotiana tomentosiformis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_007602	TTCT	3	149	161	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
2	NC_007602	TAT	4	173	183	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_007602	TAAA	3	396	407	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007602	AAGAA	3	408	422	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
5	NC_007602	AAGT	3	1207	1217	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	81301541
6	NC_007602	AAG	5	2993	3007	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	81301542
7	NC_007602	CATT	3	4121	4132	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
8	NC_007602	GAA	4	4418	4429	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_007602	A	15	4597	4611	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
10	NC_007602	A	14	4643	4656	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_007602	AATA	3	5995	6006	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	81301543
12	NC_007602	ATA	4	6436	6448	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_007602	TAAA	3	6718	6730	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_007602	AT	6	7334	7345	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_007602	GTTT	3	7457	7469	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_007602	TTAC	3	7686	7698	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
17	NC_007602	TTCT	3	7899	7909	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	81301544
18	NC_007602	TAAAA	3	8000	8013	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_007602	CAAG	3	9003	9013	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
20	NC_007602	AT	7	10455	10468	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_007602	CGG	4	11687	11697	11	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	9 %	81301547
22	NC_007602	TTTCC	3	12572	12586	15	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	81301548
23	NC_007602	ATGA	3	12683	12695	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	81301548
24	NC_007602	AAAT	3	12779	12789	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	81301548
25	NC_007602	A	16	13502	13517	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
26	NC_007602	TTAA	3	14776	14786	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_007602	TAATT	3	14843	14857	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007602	TATT	3	16161	16173	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_007602	A	12	16935	16946	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_007602	AAAC	3	18967	18977	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	126165917
31	NC_007602	T	12	19151	19162	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	126165917
32	NC_007602	A	12	19293	19304	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	126165917
33	NC_007602	GAAT	3	19555	19565	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	126165917
34	NC_007602	GTTT	3	24052	24063	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	200003946
35	NC_007602	ATT	4	24209	24221	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_007602	TTCA	3	27476	27486	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
37	NC_007602	ATTAG	3	27491	27504	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_007602	AG	7	27965	27977	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_007602	AT	6	28242	28252	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_007602	CAG	4	28872	28883	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
41	NC_007602	A	12	30169	30180	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_007602	CTAT	3	30562	30573	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007602	TTAA	3	30691	30701	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	81301557
44	NC_007602	TTTA	3	31046	31057	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007602	T	17	31555	31571	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
46	NC_007602	TAG	4	32449	32460	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_007602	TTCT	3	32781	32791	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
48	NC_007602	AAAG	3	32931	32942	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_007602	ATT	4	33004	33014	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_007602	TGAA	3	33376	33386	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_007602	T	29	33558	33586	29	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
52	NC_007602	TTAT	4	33939	33954	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
53	NC_007602	GAG	4	35990	36000	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	81301559
54	NC_007602	TTC	4	36720	36731	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	81301559
55	NC_007602	CTTT	3	36922	36932	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
56	NC_007602	AG	6	37075	37085	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_007602	TA	6	37280	37291	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	81301560
58	NC_007602	AAAT	3	37314	37324	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	81301560
59	NC_007602	TC	6	37699	37709	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	81301561
60	NC_007602	TA	7	37941	37953	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
61	NC_007602	TATT	3	38089	38100	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007602	AATG	3	41802	41813	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	81301564
63	NC_007602	TG	6	42244	42254	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	81301564
64	NC_007602	TTTA	3	43557	43568	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_007602	TA	6	43834	43847	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_007602	TAA	4	43876	43887	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_007602	T	16	45067	45082	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	81301565
68	NC_007602	A	14	46040	46053	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	81301565
69	NC_007602	GTA	4	46409	46419	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_007602	CTTTGA	3	46937	46953	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
71	NC_007602	AAT	4	47295	47306	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_007602	TATT	4	48137	48151	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
73	NC_007602	TA	6	48295	48305	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_007602	AAGG	3	48358	48368	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_007602	TTTA	3	48810	48820	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_007602	AT	7	48843	48855	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_007602	AAAGAA	3	49199	49216	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
78	NC_007602	AT	6	49974	49984	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_007602	TCTT	3	53026	53036	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
80	NC_007602	TTA	5	53138	53153	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
81	NC_007602	AGA	4	53207	53218	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_007602	AAGGT	3	53250	53263	14	40 %	20 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_007602	TTA	4	53712	53723	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007602	CAA	4	54370	54381	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
85	NC_007602	TTGA	3	56506	56517	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	81301573
86	NC_007602	ATA	4	56683	56696	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	81301573
87	NC_007602	TTAGG	3	57215	57228	14	20 %	40 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_007602	TTG	4	57437	57447	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_007602	TTG	4	59171	59181	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_007602	TTAT	3	59338	59349	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_007602	TTTA	3	59423	59434	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_007602	TAA	4	59514	59526	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_007602	TCT	4	61464	61474	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
94	NC_007602	TAAT	3	61863	61873	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_007602	AT	6	62225	62235	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_007602	AT	6	64295	64305	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	81301580
97	NC_007602	ATT	4	65400	65411	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_007602	ACAAA	3	65754	65767	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
99	NC_007602	AATA	4	65851	65865	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
100	NC_007602	TTTC	3	67212	67222	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
101	NC_007602	GTT	4	67355	67365	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_007602	TTAAA	3	67657	67672	16	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
103	NC_007602	AAAT	3	69148	69159	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_007602	AAT	4	69673	69684	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_007602	CTTTA	3	69801	69816	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
106	NC_007602	TA	6	70195	70205	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_007602	AAAT	3	70220	70231	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_007602	AAAC	3	70327	70338	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007602	T	14	71395	71408	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007602	TTCC	3	71951	71961	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
111	NC_007602	T	15	72876	72890	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	81301619
112	NC_007602	A	13	73042	73054	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	81301619
113	NC_007602	TTCT	3	73555	73566	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	81301619
114	NC_007602	GGTT	3	75773	75784	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	81301619
115	NC_007602	TCT	4	76144	76155	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	81301619
116	NC_007602	TTCTA	3	77147	77161	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	81301619
117	NC_007602	AT	6	78674	78684	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	81301619
118	NC_007602	AGA	4	79141	79151	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	81301619
119	NC_007602	TA	6	79393	79403	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	81301619
120	NC_007602	AT	7	80146	80158	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	81301619
121	NC_007602	T	17	80425	80441	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	81301619
122	NC_007602	C	15	82297	82311	15	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	81301619
123	NC_007602	A	16	83345	83360	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	81301619
124	NC_007602	A	15	83371	83385	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	81301619
125	NC_007602	AT	6	83977	83988	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	81301619
126	NC_007602	ACTT	3	84363	84373	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	81301619
127	NC_007602	TC	6	84599	84610	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	81301619
128	NC_007602	TA	6	84718	84728	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	81301619
129	NC_007602	CAAT	3	85081	85091	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	81301619
130	NC_007602	TTA	4	86165	86176	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	81301619
131	NC_007602	T	28	86464	86491	28	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	81301619
132	NC_007602	CTT	4	86586	86597	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	81301619
133	NC_007602	GAT	4	87053	87063	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	81301619
134	NC_007602	GAT	4	88427	88437	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	81301619
135	NC_007602	TGA	4	93178	93189	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	81301619
136	NC_007602	AATA	3	94034	94046	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	81301619
137	NC_007602	TTTCG	3	99220	99233	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	81301619
138	NC_007602	TTC	4	101009	101020	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	81301592
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174	NC_007602	CTTA	3	133244	133254	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	81301592
175	NC_007602	CCTT	3	137200	137210	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	81301592
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179	NC_007602	CATAC	3	146439	146452	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
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185	NC_007602	ATC	4	155075	155085	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	81301649
186	NC_007602	GAA	5	155540	155554	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	81301649
187	NC_007602	A	28	155647	155674	28	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Nicotiana tomentosiformis chloroplast