ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Lactuca sativa chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_007578	TCT	4	808	818	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	81176230
2	NC_007578	AAGT	3	1178	1188	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	81176230
3	NC_007578	TAC	4	1960	1972	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
4	NC_007578	AGAA	3	1984	1996	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_007578	TTC	4	2194	2205	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	81176231
6	NC_007578	GAA	4	2999	3010	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	81176231
7	NC_007578	GATG	3	4282	4294	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_007578	AAAT	3	4509	4519	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_007578	AAAG	3	4532	4543	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_007578	GAA	4	4857	4868	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_007578	TCTCT	3	5360	5373	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	81176232
12	NC_007578	TAA	4	7354	7365	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_007578	TTCT	3	7828	7838	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	81176233
14	NC_007578	ATT	5	9844	9858	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
15	NC_007578	TTTA	3	10449	10459	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_007578	ATTT	3	10488	10499	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_007578	TTCT	3	11243	11255	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
18	NC_007578	CAG	4	12397	12407	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
19	NC_007578	TA	10	12489	12509	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_007578	AATA	3	12540	12550	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_007578	AAAGA	3	12551	12565	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
22	NC_007578	T	24	12932	12955	24	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_007578	ATTC	3	17106	17116	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	81176238
24	NC_007578	GGA	4	17626	17637	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	81176238
25	NC_007578	GAA	4	17673	17683	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	81176238
26	NC_007578	A	13	18679	18691	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	81176238
27	NC_007578	TA	6	18902	18913	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	81176238
28	NC_007578	AT	6	19898	19909	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	81176239
29	NC_007578	AACA	3	23889	23899	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	81176240
30	NC_007578	ACTT	3	24562	24572	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	81176241
31	NC_007578	GTT	5	25046	25060	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	81176241
32	NC_007578	ATCAA	3	25636	25649	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
33	NC_007578	TGT	4	28494	28505	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	81176244
34	NC_007578	TTAC	3	29662	29673	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	81176244
35	NC_007578	AATG	3	30114	30124	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_007578	TA	6	31002	31012	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_007578	TAA	4	31284	31295	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_007578	A	12	31294	31305	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_007578	TTATTG	3	31919	31937	19	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
40	NC_007578	AAAAAG	3	31992	32009	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
41	NC_007578	TAA	4	32248	32259	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_007578	TGGG	3	33753	33763	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	81176246
43	NC_007578	GAAA	3	33917	33928	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	81176246
44	NC_007578	GAG	4	34037	34047	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	81176246
45	NC_007578	TTC	4	34767	34778	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	81176246
46	NC_007578	T	13	34966	34978	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007578	AG	6	35120	35130	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_007578	TGTA	3	35454	35464	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_007578	TC	6	35714	35724	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	81176247
50	NC_007578	CTT	4	35857	35868	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
51	NC_007578	AT	8	35967	35981	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
52	NC_007578	ATAGTG	3	36186	36202	17	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
53	NC_007578	GATC	3	36493	36503	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
54	NC_007578	ATG	4	38345	38355	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	81176249
55	NC_007578	AATG	3	39838	39849	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	81176250
56	NC_007578	GCA	4	40243	40254	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	81176250
57	NC_007578	TATT	3	41889	41899	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_007578	GAAA	3	41932	41943	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_007578	TTTAT	3	42553	42568	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
60	NC_007578	CTTT	3	43042	43052	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
61	NC_007578	AGA	4	44799	44810	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_007578	CTT	4	46036	46047	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
63	NC_007578	AT	6	47658	47668	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_007578	ATA	4	48027	48039	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
65	NC_007578	ATTTT	4	48448	48467	20	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
66	NC_007578	T	15	50572	50586	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
67	NC_007578	TTA	4	51340	51351	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_007578	TTC	4	51799	51809	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
69	NC_007578	T	14	54682	54695	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007578	ATAA	4	54824	54839	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
71	NC_007578	TTG	4	55018	55028	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_007578	TA	6	56599	56610	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_007578	ATT	4	56820	56832	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_007578	TGAT	3	56924	56936	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_007578	TGAT	3	58722	58732	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_007578	TACTTA	3	59095	59112	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
77	NC_007578	TAA	5	59121	59136	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
78	NC_007578	TA	6	59175	59185	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_007578	TATAAA	3	59200	59218	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
80	NC_007578	TAA	4	59215	59227	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_007578	TCAG	3	60146	60157	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	81176261
82	NC_007578	ATT	4	60881	60893	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_007578	AT	6	62114	62124	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	81176263
84	NC_007578	ATAA	3	63078	63088	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_007578	TTTGTT	3	63214	63231	18	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
86	NC_007578	TTTG	3	64143	64154	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	81176265
87	NC_007578	T	17	65039	65055	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
88	NC_007578	A	23	65446	65468	23	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_007578	ATA	4	66749	66760	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_007578	ATCT	3	67366	67377	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
91	NC_007578	TA	6	67785	67795	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_007578	TATT	3	67839	67850	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_007578	ATTT	3	68349	68360	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_007578	TGAA	3	68844	68855	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_007578	TTTC	3	68878	68890	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
96	NC_007578	AAAATA	3	69059	69077	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
97	NC_007578	TTTC	3	70122	70133	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	81176275
98	NC_007578	AAGA	3	70174	70185	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	81176275
99	NC_007578	TTTA	3	70361	70372	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	81176275
100	NC_007578	T	14	70470	70483	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	81176275
101	NC_007578	ATTTT	3	71156	71170	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	81176275
102	NC_007578	CTTT	3	72344	72354	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	81176275
103	NC_007578	GGTT	3	73382	73393	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	81176275
104	NC_007578	TCT	4	73753	73764	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	81176275
105	NC_007578	TAAA	3	74173	74183	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	81176275
106	NC_007578	TTTC	3	75070	75080	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	81176275
107	NC_007578	AAGT	3	75487	75497	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	81176275
108	NC_007578	T	17	78049	78065	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	81176275
109	NC_007578	AATC	4	78167	78182	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	81176275
110	NC_007578	CTG	4	78771	78783	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	81176275
111	NC_007578	ATA	4	78840	78851	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	81176275
112	NC_007578	T	12	80494	80505	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	81176275
113	NC_007578	TTCT	3	82283	82294	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	81176275
114	NC_007578	TAA	4	82361	82373	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	81176275
115	NC_007578	AT	6	82407	82417	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	81176275
116	NC_007578	TTAT	3	82478	82489	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	81176275
117	NC_007578	T	13	82611	82623	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	81176275
118	NC_007578	TTAT	3	83243	83254	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	81176275
119	NC_007578	TAT	4	83855	83867	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	81176275
120	NC_007578	GAT	4	86113	86123	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	81176275
121	NC_007578	AATA	3	91662	91674	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	81176275
122	NC_007578	TCCGG	3	94062	94076	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	81176275
123	NC_007578	TTTCG	3	96633	96646	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	81176275
124	NC_007578	TTTGTT	3	97025	97043	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	81176275
125	NC_007578	CCCT	3	97896	97906	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	81176275
126	NC_007578	TTC	4	98400	98411	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	81176274
127	NC_007578	TAT	4	98964	98976	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	81176274
128	NC_007578	ATCC	3	102283	102294	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	81176274
129	NC_007578	TCTA	3	102677	102688	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	81176274
130	NC_007578	AAGG	3	102816	102826	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	81176274
131	NC_007578	GAGG	3	105544	105555	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	81176274
132	NC_007578	AGGT	3	105756	105767	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	81176274
133	NC_007578	TAAG	3	106876	106886	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	81176274
134	NC_007578	A	13	107521	107533	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	81176274
135	NC_007578	GAA	5	108815	108829	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	81176274
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167	NC_007578	TACAT	4	143565	143584	20	40 %	40 %	0 %	20 %	10 %	Non-Coding
168	NC_007578	TATT	3	145195	145207	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	81176311
169	NC_007578	TGAT	3	146176	146188	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	81176311
170	NC_007578	ATTT	3	148902	148913	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	81176311

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Lactuca sativa chloroplast