ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Nicotiana sylvestris chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_007500	TAT	4	173	183	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_007500	TAAA	3	426	437	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007500	AAGA	3	438	449	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_007500	AAGT	3	1235	1245	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	78102510
5	NC_007500	AAG	5	3017	3031	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	78102511
6	NC_007500	CATT	3	4149	4160	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
7	NC_007500	A	16	4608	4623	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_007500	TTTC	3	5491	5501	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	78102512
9	NC_007500	AATA	3	6001	6012	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	78102512
10	NC_007500	ATA	4	6432	6444	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_007500	AAT	4	6447	6459	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_007500	T	14	6819	6832	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007500	AT	6	7407	7418	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_007500	TTAC	3	7759	7771	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
15	NC_007500	TAAAA	3	8074	8087	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_007500	CAAG	3	9072	9082	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
17	NC_007500	CCTAT	3	9424	9438	15	20 %	40 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
18	NC_007500	TTTCC	3	12632	12646	15	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	78102517
19	NC_007500	ATGA	3	12743	12755	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	78102517
20	NC_007500	AAAT	3	12839	12849	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	78102517
21	NC_007500	T	13	12875	12887	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	78102517
22	NC_007500	AAAT	3	13561	13571	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_007500	ATTCA	3	14370	14383	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
24	NC_007500	TAATT	3	14889	14903	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007500	TATT	3	16204	16216	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_007500	T	13	16960	16972	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_007500	A	15	16980	16994	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
28	NC_007500	AAAC	3	19015	19025	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	126165910
29	NC_007500	T	12	19199	19210	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	126165910
30	NC_007500	GAAT	3	19603	19613	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	126165910
31	NC_007500	GTTT	3	24128	24139	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	78102522
32	NC_007500	ATT	4	24285	24297	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	78102522
33	NC_007500	TTCA	3	27552	27562	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
34	NC_007500	ATTAG	3	27567	27580	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
35	NC_007500	AG	7	28041	28053	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_007500	AT	6	28318	28328	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_007500	CAG	4	28939	28950	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
38	NC_007500	CTAT	3	30627	30638	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007500	TTAA	3	30756	30766	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	78102526
40	NC_007500	TTTA	3	31111	31122	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007500	T	17	31609	31625	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
42	NC_007500	TAG	4	32502	32513	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_007500	T	13	32513	32525	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007500	TTCT	3	32822	32832	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
45	NC_007500	AAAG	3	32972	32983	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_007500	ATT	4	33045	33055	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_007500	TGAA	3	33418	33428	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_007500	TTATT	3	33992	34005	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_007500	TTC	4	36783	36794	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	78102528
50	NC_007500	CTTT	3	36998	37008	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
51	NC_007500	AG	6	37142	37152	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_007500	TA	6	37356	37367	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	78102529
53	NC_007500	AAAT	3	37390	37400	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	78102529
54	NC_007500	TC	6	37770	37780	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	78102530
55	NC_007500	TA	7	38012	38024	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
56	NC_007500	TATT	3	38160	38171	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007500	AATG	3	41873	41884	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	78102533
58	NC_007500	TG	6	42315	42325	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	78102533
59	NC_007500	TTTA	3	43628	43639	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_007500	TA	6	43905	43916	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_007500	TAA	4	43945	43956	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_007500	T	27	45129	45155	27	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	78102534
63	NC_007500	TAG	4	45885	45895	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	78102534
64	NC_007500	A	17	46118	46134	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	78102534
65	NC_007500	GTA	4	46482	46492	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_007500	CTTTGA	3	47001	47017	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
67	NC_007500	ATA	4	47359	47370	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_007500	CTTATT	3	48155	48173	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
69	NC_007500	TATTT	3	48200	48213	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_007500	TA	6	48363	48373	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_007500	AAGG	3	48426	48436	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_007500	A	13	48496	48508	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_007500	AT	7	48895	48907	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_007500	AAAGAA	3	49245	49262	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
75	NC_007500	AT	6	50026	50036	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_007500	TCTT	3	53069	53079	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
77	NC_007500	TTA	5	53181	53196	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
78	NC_007500	AGGTA	3	53294	53307	14	40 %	20 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_007500	TTA	4	53809	53820	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007500	ATA	4	56779	56792	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	78102542
81	NC_007500	A	13	57350	57362	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007500	TTG	4	57552	57562	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_007500	TTAT	3	59455	59466	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_007500	TTTA	3	59532	59543	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_007500	TAAA	3	59626	59638	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_007500	ATT	4	61348	61358	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_007500	TCT	4	61575	61585	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
88	NC_007500	AT	6	62336	62346	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_007500	AT	6	64404	64414	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	78102549
90	NC_007500	ATT	4	65509	65520	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_007500	ACAAA	3	65883	65896	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
92	NC_007500	AATA	4	65980	65994	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
93	NC_007500	CAAA	3	66296	66307	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	78102550
94	NC_007500	TTTC	3	67341	67351	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	78102555
95	NC_007500	GTT	4	67484	67494	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	78102555
96	NC_007500	TCT	4	67756	67767	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
97	NC_007500	AAAT	3	69319	69330	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_007500	T	12	69397	69408	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_007500	CTTTA	3	69994	70009	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
100	NC_007500	TA	6	70388	70398	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_007500	AAAT	3	70413	70424	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_007500	AAAC	3	70508	70519	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007500	TGAA	3	71413	71424	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_007500	T	14	71574	71587	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007500	TTCC	3	72122	72132	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
106	NC_007500	T	15	72979	72993	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	78102589
107	NC_007500	T	15	73050	73064	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	78102589
108	NC_007500	GGTT	3	75964	75975	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	78102589
109	NC_007500	TCT	4	76335	76346	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	78102589
110	NC_007500	AT	6	78912	78922	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	78102589
111	NC_007500	AGA	4	79379	79389	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	78102589
112	NC_007500	TA	6	79631	79641	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	78102589
113	NC_007500	AT	7	80384	80396	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	78102589
114	NC_007500	T	17	80671	80687	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	78102589
115	NC_007500	CTTT	3	82548	82558	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	78102589
116	NC_007500	AT	6	84207	84218	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	78102589
117	NC_007500	ACTT	3	84592	84602	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	78102589
118	NC_007500	TC	6	84828	84839	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	78102589
119	NC_007500	TA	6	84947	84957	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	78102589
120	NC_007500	CAAT	3	85310	85320	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	78102589
121	NC_007500	TTA	4	86393	86404	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	78102589
122	NC_007500	T	16	86694	86709	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	78102589
123	NC_007500	CTT	4	86793	86804	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	78102589
124	NC_007500	GAT	4	87260	87270	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	78102589
125	NC_007500	GAT	4	88634	88644	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	78102589
126	NC_007500	TGA	4	93409	93420	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	78102589
127	NC_007500	AATA	3	94265	94277	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	78102589
128	NC_007500	TTTCG	3	99445	99458	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	78102589
129	NC_007500	TTC	4	101234	101245	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	78102562
130	NC_007500	ATTAGT	4	101796	101817	22	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	9 %	78102562
131	NC_007500	ATCC	3	104854	104865	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	78102562
132	NC_007500	AAGG	3	105147	105157	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	78102562
133	NC_007500	GAGG	3	107771	107782	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	78102562
134	NC_007500	AGGT	3	107983	107994	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	78102562
135	NC_007500	TAAG	3	109103	109113	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	78102562
136	NC_007500	A	13	109771	109783	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	78102562
137	NC_007500	GGAA	3	111181	111191	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	78102562
138	NC_007500	ATCCTT	3	111888	111905	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	78102562
139	NC_007500	AAGAA	3	112131	112145	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	78102562
140	NC_007500	GTTT	3	112881	112891	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	78102562
141	NC_007500	TAA	4	113219	113230	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	78102562
142	NC_007500	AAG	4	113444	113455	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	78102562
143	NC_007500	AAAT	3	113618	113628	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	78102562
144	NC_007500	ATA	4	115396	115406	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	78102562
145	NC_007500	GAAA	3	117575	117586	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	78102562
146	NC_007500	ATGA	3	119474	119485	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	78102562
147	NC_007500	TTGA	3	119667	119678	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	78102562
148	NC_007500	TAT	4	120942	120953	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	78102562
149	NC_007500	TTC	5	122069	122083	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	78102562
150	NC_007500	AAAG	3	122680	122690	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	78102562
151	NC_007500	TCAAA	3	125214	125227	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	78102562
152	NC_007500	AATT	3	126022	126034	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	78102562
153	NC_007500	TTTA	3	126832	126843	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	78102562
154	NC_007500	AAAG	4	129283	129297	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	78102562
155	NC_007500	TTCT	3	129731	129741	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	78102562
156	NC_007500	CTTT	3	130183	130193	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	78102562
157	NC_007500	TTA	4	130537	130548	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	78102562
158	NC_007500	TAT	5	130589	130603	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	78102562
159	NC_007500	GAAGGA	3	130720	130737	18	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	78102562
160	NC_007500	TTCC	3	131435	131445	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	78102562
161	NC_007500	T	13	132843	132855	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	78102562
162	NC_007500	CTTA	3	133513	133523	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	78102562
163	NC_007500	CCTT	3	137469	137479	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	78102562
164	NC_007500	GGAT	3	137761	137772	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	78102562
165	NC_007500	ACTAAT	4	140809	140830	22	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	9 %	78102562
166	NC_007500	GAA	4	141381	141392	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	78102562
167	NC_007500	CATAC	3	146696	146709	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
168	NC_007500	TATT	3	148349	148361	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	78102617
169	NC_007500	TGAT	3	149351	149363	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	78102617
170	NC_007500	GATC	3	149378	149388	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	78102617
171	NC_007500	ATTT	3	152131	152142	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	78102617
172	NC_007500	ATC	4	153982	153992	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
173	NC_007500	ATC	4	155356	155366	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	78102619
174	NC_007500	GAA	5	155821	155835	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	78102619
175	NC_007500	A	16	155919	155934	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Nicotiana sylvestris chloroplast