ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Phalaenopsis aphrodite subsp. formosana chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_007499	A	16	1375	1390	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
2	NC_007499	TTC	4	1834	1845	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	126165912
3	NC_007499	TTCT	3	2883	2893	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	126165912
4	NC_007499	TATG	3	3349	3360	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_007499	ATA	4	3450	3461	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_007499	TAT	4	3523	3533	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_007499	TCTTTT	3	3736	3753	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
8	NC_007499	ATA	4	3812	3823	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_007499	AAAAT	3	4423	4437	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
10	NC_007499	AAAT	3	4646	4656	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_007499	ATACAA	3	4718	4734	17	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
12	NC_007499	TTCTT	4	4890	4908	19	0 %	80 %	0 %	20 %	10 %	78103234
13	NC_007499	TCTCT	3	5074	5087	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	78103234
14	NC_007499	TCTA	4	5232	5246	15	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	78103234
15	NC_007499	ATAGAA	4	5252	5275	24	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	4 %	78103234
16	NC_007499	TTAT	3	6572	6583	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_007499	GTTT	3	6769	6780	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_007499	TTCAAT	3	6896	6914	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
19	NC_007499	GAATTT	3	7728	7745	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
20	NC_007499	ATCTT	3	8027	8041	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007499	AATAAA	3	8159	8176	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	78103237
22	NC_007499	G	14	8340	8353	14	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_007499	GA	6	8357	8368	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_007499	GAATA	3	8539	8552	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_007499	AATT	3	8800	8810	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_007499	TAT	4	8856	8866	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_007499	TA	7	8869	8881	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_007499	TATTTA	3	8910	8928	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
29	NC_007499	TTTA	4	8925	8940	16	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007499	TTTATT	3	8937	8954	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
31	NC_007499	ATTCT	3	9029	9044	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
32	NC_007499	TTTAT	3	9228	9241	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_007499	A	14	9417	9430	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_007499	CA	6	9429	9440	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
35	NC_007499	CTAT	3	10753	10764	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
36	NC_007499	TAA	4	10878	10890	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
37	NC_007499	TAGA	3	11005	11015	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	78103238
38	NC_007499	GTCT	3	11919	11930	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	78103238
39	NC_007499	AAAG	3	13240	13250	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	78103239
40	NC_007499	AATA	3	13842	13853	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	78103239
41	NC_007499	TTA	4	14113	14124	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007499	T	12	14175	14186	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007499	AT	7	15024	15036	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_007499	ATT	4	15944	15955	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_007499	CTT	6	16167	16185	19	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
46	NC_007499	GAATC	3	16264	16277	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	78103242
47	NC_007499	TGC	4	16652	16663	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	78103242
48	NC_007499	TCTTTT	3	16930	16947	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
49	NC_007499	TTTC	5	17040	17058	19	0 %	75 %	0 %	25 %	10 %	Non-Coding
50	NC_007499	TCAA	3	17355	17366	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	126165913
51	NC_007499	AAAT	3	23170	23181	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	200004017
52	NC_007499	A	15	23328	23342	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	200004017
53	NC_007499	GTT	4	24246	24257	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	200004017
54	NC_007499	GAAA	3	26892	26904	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	126165914
55	NC_007499	A	12	27894	27905	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007499	AGCT	3	28120	28131	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
57	NC_007499	TAAATA	3	28497	28515	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
58	NC_007499	GAA	4	28678	28688	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_007499	AAGT	3	29402	29412	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_007499	TCT	4	29722	29733	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
61	NC_007499	AGA	4	29776	29786	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_007499	TCAT	3	29909	29920	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
63	NC_007499	AT	7	30643	30655	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
64	NC_007499	TTTC	3	31055	31065	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
65	NC_007499	TCCT	3	31363	31373	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
66	NC_007499	AAAG	3	31856	31867	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_007499	AT	6	32767	32778	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_007499	TGAATA	5	32820	32849	30	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	6 %	Non-Coding
69	NC_007499	AGTAAA	3	33014	33031	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
70	NC_007499	TAAA	3	33059	33070	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_007499	TA	7	33119	33133	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_007499	AT	6	33292	33302	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_007499	GAAA	3	35888	35899	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	78103249
74	NC_007499	TTG	4	36293	36303	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	78103249
75	NC_007499	TTAT	4	36873	36888	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
76	NC_007499	ATCT	3	36889	36900	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
77	NC_007499	T	22	36907	36928	22	0 %	100 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_007499	A	14	37224	37237	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_007499	AT	11	37757	37776	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
80	NC_007499	ACC	4	39251	39262	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	78103252
81	NC_007499	ATG	4	40118	40128	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	78103252
82	NC_007499	AAGA	3	41212	41223	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	78103253
83	NC_007499	AATG	3	41611	41622	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	78103253
84	NC_007499	TG	6	42053	42063	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	78103253
85	NC_007499	AAGA	3	44324	44334	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	78103254
86	NC_007499	GTAA	3	44428	44438	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	78103254
87	NC_007499	CTTT	3	44684	44695	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	78103254
88	NC_007499	TAA	5	45058	45071	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	78103254
89	NC_007499	TTG	4	45367	45377	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	78103254
90	NC_007499	T	13	45596	45608	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	78103254
91	NC_007499	TAAAAA	3	45647	45665	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	78103254
92	NC_007499	AATC	3	46095	46106	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
93	NC_007499	AAAATA	3	46584	46601	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
94	NC_007499	AGT	4	47101	47112	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	78103255
95	NC_007499	A	13	47393	47405	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_007499	TA	9	47404	47421	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
97	NC_007499	CTTT	3	47603	47613	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
98	NC_007499	TAAATA	4	47922	47946	25	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
99	NC_007499	A	13	48103	48115	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_007499	AT	6	48179	48190	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_007499	GAAAA	3	48295	48308	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_007499	TTGA	3	48462	48474	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
103	NC_007499	ATTC	3	49068	49078	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
104	NC_007499	T	17	49805	49821	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
105	NC_007499	TTTTA	4	49919	49937	19	20 %	80 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
106	NC_007499	TCT	4	50411	50422	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
107	NC_007499	GATT	3	50937	50948	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_007499	ATTTGA	3	51346	51363	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
109	NC_007499	T	17	51458	51474	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
110	NC_007499	TTAT	3	51574	51585	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
111	NC_007499	AGTAAT	3	51753	51771	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
112	NC_007499	TAAA	3	51794	51804	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_007499	CTA	4	51940	51951	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	78103306
114	NC_007499	ATT	4	53260	53272	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	78103256
115	NC_007499	TCATAA	3	54965	54983	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	78103257
116	NC_007499	AATCC	3	55126	55140	15	40 %	20 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
117	NC_007499	TA	6	55225	55235	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_007499	TTCA	3	55794	55804	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
119	NC_007499	TTG	4	55905	55915	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_007499	TAA	4	58596	58607	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	78103259
121	NC_007499	TAT	4	58615	58626	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	78103259
122	NC_007499	TCAT	3	60055	60065	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
123	NC_007499	AAAG	3	60340	60351	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_007499	GTT	4	60850	60860	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
125	NC_007499	TTAA	3	60914	60925	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_007499	TTA	4	63282	63292	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	78103263
127	NC_007499	ACTT	3	64066	64076	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
128	NC_007499	ATACAA	3	64122	64140	19	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	78103308
129	NC_007499	GAAA	3	64167	64177	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	78103308
130	NC_007499	TAT	4	64205	64216	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	78103308
131	NC_007499	TTTTC	3	64311	64325	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	78103308
132	NC_007499	TAT	4	64888	64899	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
133	NC_007499	TA	6	65894	65905	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
134	NC_007499	A	13	66448	66460	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
135	NC_007499	TGAAA	3	66951	66964	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	78103268
136	NC_007499	CAA	4	67884	67894	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
137	NC_007499	A	14	68298	68311	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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254	NC_007499	CATT	3	148319	148329	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
255	NC_007499	TCATT	5	148890	148912	23	20 %	60 %	0 %	20 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Phalaenopsis aphrodite subsp. formosana chloroplast