ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Acorus calamus plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_007407	CATT	4	112	126	15	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
2	NC_007407	T	16	137	152	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
3	NC_007407	CAG	4	1057	1068	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	75755639
4	NC_007407	AAGT	3	1163	1173	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	75755639
5	NC_007407	GAAA	3	2927	2937	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	75755640
6	NC_007407	A	15	4520	4534	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_007407	A	15	4700	4714	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_007407	CCTT	3	5368	5378	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	75755641
9	NC_007407	A	13	5380	5392	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	75755641
10	NC_007407	TTTA	3	5642	5653	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	75755641
11	NC_007407	T	14	5729	5742	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	75755641
12	NC_007407	A	12	6264	6275	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007407	GAAA	3	6277	6287	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_007407	TATT	4	6449	6464	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
15	NC_007407	AGAA	3	6790	6800	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_007407	A	14	7195	7208	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_007407	CATT	3	7520	7530	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
18	NC_007407	A	15	7892	7906	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007407	GA	6	8160	8171	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_007407	AT	8	8646	8662	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
21	NC_007407	TCAT	3	8671	8682	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
22	NC_007407	T	13	12521	12533	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	75755645
23	NC_007407	T	15	12911	12925	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	75755645
24	NC_007407	ATTAA	4	13239	13257	19	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
25	NC_007407	AGCA	3	13447	13462	16	50 %	0 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
26	NC_007407	ATT	5	13923	13937	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
27	NC_007407	GTTT	3	14109	14120	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_007407	ATTC	3	14127	14138	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
29	NC_007407	AT	7	14264	14276	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
30	NC_007407	CATCT	3	14345	14360	16	20 %	40 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
31	NC_007407	TACA	3	14528	14539	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
32	NC_007407	AT	6	15490	15500	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	75755647
33	NC_007407	TTA	4	15765	15777	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	75755648
34	NC_007407	A	13	16510	16522	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
35	NC_007407	TCAA	3	16910	16921	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	126022801
36	NC_007407	T	14	18682	18695	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	126022801
37	NC_007407	ACTTAG	3	20977	20993	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
38	NC_007407	TTCA	3	22801	22812	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	75755650
39	NC_007407	GAAT	3	22911	22921	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	75755650
40	NC_007407	GTT	4	23774	23785	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	75755650
41	NC_007407	AGAAA	3	26421	26435	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	75755651
42	NC_007407	GAAA	3	27063	27073	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	75755651
43	NC_007407	TGA	4	27673	27684	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_007407	ATA	4	28040	28051	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_007407	T	12	28687	28698	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007407	AT	7	28859	28872	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_007407	A	20	29628	29647	20	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
48	NC_007407	T	26	30220	30245	26	0 %	100 %	0 %	0 %	3 %	Non-Coding
49	NC_007407	T	13	30498	30510	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
50	NC_007407	TCTT	3	31458	31468	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
51	NC_007407	AT	6	31520	31530	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_007407	TGTA	3	31803	31814	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_007407	T	17	32671	32687	17	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007407	A	19	32807	32825	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
55	NC_007407	AT	6	32847	32857	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_007407	AAT	4	33109	33120	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_007407	GAAA	3	34780	34791	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	75755655
58	NC_007407	GGA	4	34982	34993	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	75755655
59	NC_007407	AG	6	35969	35979	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_007407	AT	11	36838	36857	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
61	NC_007407	TCT	5	37613	37627	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	75755657
62	NC_007407	ATTAA	4	37778	37796	19	60 %	40 %	0 %	0 %	5 %	75755658
63	NC_007407	ATG	4	39167	39177	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	75755658
64	NC_007407	AATG	3	40660	40671	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	75755659
65	NC_007407	GCA	4	41065	41076	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	75755659
66	NC_007407	GATA	3	42345	42356	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_007407	TTTA	3	42403	42414	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_007407	TTTC	3	43743	43754	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	75755660
69	NC_007407	A	27	44712	44738	27	100 %	0 %	0 %	0 %	3 %	75755660
70	NC_007407	GTAA	3	44757	44767	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	75755660
71	NC_007407	T	15	45496	45510	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007407	TTTA	3	45572	45582	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_007407	ATA	5	45678	45692	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
74	NC_007407	ATT	4	46068	46079	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_007407	AGT	4	46435	46446	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	75755661
76	NC_007407	TAA	4	47263	47273	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_007407	AT	8	47275	47289	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
78	NC_007407	A	14	47561	47574	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_007407	TTGA	3	47893	47905	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_007407	TTAA	3	51339	51350	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_007407	AGTG	3	51444	51454	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_007407	AAAAGA	3	52352	52370	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
83	NC_007407	TGA	4	53722	53732	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_007407	T	23	53890	53912	23	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_007407	TCAA	3	55981	55993	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
86	NC_007407	TTTAT	4	56289	56308	20	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
87	NC_007407	ATA	4	56549	56559	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_007407	TGCA	3	57598	57610	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	75755667
89	NC_007407	TTGT	3	58403	58413	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_007407	AAGGG	3	58495	58509	15	40 %	0 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007407	A	17	63443	63459	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
92	NC_007407	ATTTT	3	63518	63531	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_007407	T	13	63964	63976	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	75755673
94	NC_007407	TTTG	3	64065	64076	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	75755673
95	NC_007407	AAAT	3	65373	65385	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_007407	TTA	4	65471	65482	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_007407	TATT	3	65664	65674	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_007407	AGAA	3	66681	66692	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_007407	GAAA	3	67599	67610	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	75755679
100	NC_007407	TGAA	3	67709	67721	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
101	NC_007407	AAGA	3	68163	68174	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_007407	T	16	68193	68208	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
103	NC_007407	ATTC	3	68216	68227	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
104	NC_007407	TTTC	3	68715	68727	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
105	NC_007407	TCTTTC	3	69322	69339	18	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
106	NC_007407	AT	8	69544	69558	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	75755683
107	NC_007407	TTCC	3	70129	70141	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	75755683
108	NC_007407	TTTA	3	70251	70262	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	75755683
109	NC_007407	T	21	70332	70352	21	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	75755683
110	NC_007407	TAT	4	70559	70571	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	75755683
111	NC_007407	TCT	4	70601	70612	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	75755683
112	NC_007407	AAGA	3	70680	70691	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	75755683
113	NC_007407	T	15	71045	71059	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	75755683
114	NC_007407	TTTCA	3	71335	71349	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	75755683
115	NC_007407	AT	6	77600	77610	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	75755683
116	NC_007407	TTTCTT	3	77871	77889	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	75755683
117	NC_007407	TCAGAG	3	79166	79184	19	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	10 %	75755683
118	NC_007407	T	13	80337	80349	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	75755683
119	NC_007407	GAAA	3	80850	80861	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	75755683
120	NC_007407	GGTTAT	3	81346	81364	19	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	10 %	75755683
121	NC_007407	TATT	3	81582	81594	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	75755683
122	NC_007407	TC	6	82028	82039	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	75755683
123	NC_007407	TATT	3	83191	83201	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	75755683
124	NC_007407	GAA	4	83994	84004	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	75755683
125	NC_007407	AATG	4	84024	84038	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	75755683
126	NC_007407	CTT	4	84230	84241	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	75755683
127	NC_007407	TCAA	3	85059	85070	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	75755683
128	NC_007407	GAT	4	86074	86084	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	75755683
129	NC_007407	A	14	86248	86261	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	75755683
130	NC_007407	A	15	86286	86300	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	75755683
131	NC_007407	AATAA	3	86914	86927	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	75755683
132	NC_007407	TTCT	3	87511	87521	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	75755683
133	NC_007407	CTACAT	3	90183	90200	18	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	5 %	75755683
134	NC_007407	CTGAAT	8	90195	90241	47	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	8 %	75755683
135	NC_007407	GAT	5	92120	92134	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	75755683
136	NC_007407	TCA	5	92300	92313	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	75755683
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149	NC_007407	ATTT	3	108553	108564	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	75755682
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161	NC_007407	CTAT	3	112971	112981	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	75755682
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185	NC_007407	TTCC	3	129206	129216	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	75755682
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189	NC_007407	CTTA	3	131437	131447	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	75755682
190	NC_007407	GGAT	3	136014	136025	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	75755682
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202	NC_007407	ATC	4	151887	151897	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Acorus calamus plastid