ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Cucumis sativus chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_007144	TCT	5	3022	3035	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	68164784
2	NC_007144	AAT	4	3480	3492	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_007144	TAA	4	4572	4583	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_007144	TTA	4	5058	5069	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_007144	TAT	4	6658	6668	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_007144	TAT	4	7431	7443	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_007144	ATT	4	8259	8269	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_007144	TAG	4	13586	13596	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	68164789
9	NC_007144	GTT	4	24531	24542	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	270039012
10	NC_007144	ACT	5	29249	29263	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
11	NC_007144	AAT	4	29857	29868	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_007144	ATA	4	30200	30210	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_007144	TAT	5	30280	30294	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
14	NC_007144	ATA	4	30711	30722	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_007144	TTA	4	33906	33917	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_007144	AGA	4	34432	34443	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_007144	ATG	4	40879	40889	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	68164802
18	NC_007144	GCA	4	42777	42788	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	68164803
19	NC_007144	TTA	7	49015	49035	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_007144	AAT	4	51426	51437	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_007144	TTA	4	53913	53924	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_007144	TCT	4	60742	60752	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	68164812
23	NC_007144	TAG	4	63338	63348	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_007144	TAT	6	65483	65500	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
25	NC_007144	AAT	4	67598	67610	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_007144	TAT	4	67907	67918	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_007144	ATA	4	68137	68151	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
28	NC_007144	TAA	4	70677	70688	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	68164825
29	NC_007144	GAA	4	70878	70889	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_007144	CAT	4	72701	72712	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	68164827
31	NC_007144	TAA	4	74303	74314	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	68164827
32	NC_007144	TCT	4	76033	76044	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	68164827
33	NC_007144	AAT	4	78730	78742	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	68164827
34	NC_007144	TCT	4	84068	84078	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	68164827
35	NC_007144	CTT	4	86762	86773	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	68164827
36	NC_007144	GAT	4	87230	87240	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	68164827
37	NC_007144	GAT	4	88598	88608	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	68164827
38	NC_007144	ATA	5	110714	110727	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	68164828
39	NC_007144	ATT	4	115469	115480	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	68164828
40	NC_007144	TTC	5	121680	121694	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	68164828
41	NC_007144	ATA	4	122044	122054	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	68164828
42	NC_007144	TCT	4	128757	128767	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	68164828
43	NC_007144	TTA	4	129593	129604	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	68164828
44	NC_007144	TAT	4	131186	131196	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	68164828
45	NC_007144	ATC	4	153298	153308	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
46	NC_007144	ATC	4	154666	154676	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	68164867
47	NC_007144	GAA	5	155132	155146	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	68164867

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Cucumis sativus chloroplast