ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cucumis sativus chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_007144	AAGT	3	930	940	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	68164783
2	NC_007144	A	13	1615	1627	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_007144	AATT	3	1789	1800	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_007144	TCT	5	3022	3035	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	68164784
5	NC_007144	A	12	3159	3170	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	68164784
6	NC_007144	AAT	4	3480	3492	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_007144	TAA	4	4572	4583	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_007144	GAAA	3	4685	4695	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_007144	TTA	4	5058	5069	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_007144	TCTCT	3	5242	5255	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	68164785
11	NC_007144	ATTC	3	5623	5633	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	68164785
12	NC_007144	TA	6	6445	6456	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_007144	TAT	4	6658	6668	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_007144	A	18	6683	6700	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
15	NC_007144	TAT	4	7431	7443	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_007144	A	15	7889	7903	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007144	TTCT	3	8044	8054	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	68164786
18	NC_007144	A	17	8136	8152	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
19	NC_007144	ATT	4	8259	8269	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_007144	TA	6	8875	8886	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_007144	A	18	9254	9271	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
22	NC_007144	ATTT	3	9295	9305	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_007144	GTTA	3	9395	9406	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_007144	TCTTAT	3	10245	10261	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
25	NC_007144	AT	6	10263	10273	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_007144	AATT	3	10283	10294	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007144	T	13	10878	10890	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_007144	AATT	3	10895	10906	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_007144	AT	8	10967	10982	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
30	NC_007144	TACG	3	11235	11246	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	68164788
31	NC_007144	AAAAT	3	13280	13294	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	68164789
32	NC_007144	TTTCT	3	13367	13381	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	68164789
33	NC_007144	TAG	4	13586	13596	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	68164789
34	NC_007144	TATTT	3	14023	14036	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
35	NC_007144	TTCT	3	18739	18750	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	126165906
36	NC_007144	T	15	19404	19418	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	126165906
37	NC_007144	TGAA	3	19814	19824	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	126165906
38	NC_007144	A	22	23585	23606	22	100 %	0 %	0 %	0 %	9 %	270039012
39	NC_007144	TATT	4	23923	23937	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	270039012
40	NC_007144	GTT	4	24531	24542	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	270039012
41	NC_007144	T	12	27155	27166	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	68164795
42	NC_007144	ATTT	3	27799	27811	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	68164795
43	NC_007144	TA	7	28499	28511	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_007144	T	14	28835	28848	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_007144	ACT	5	29249	29263	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
46	NC_007144	T	15	29409	29423	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
47	NC_007144	AAT	4	29857	29868	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_007144	CTTT	3	30084	30095	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
49	NC_007144	A	12	30109	30120	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_007144	ATA	4	30200	30210	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_007144	TAT	5	30280	30294	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
52	NC_007144	TA	6	30613	30624	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_007144	ATA	4	30711	30722	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_007144	ATTT	3	32842	32853	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_007144	T	14	32941	32954	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
56	NC_007144	TTTA	3	32970	32981	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007144	AAAT	3	33099	33109	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_007144	ATGT	3	33389	33400	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_007144	T	14	33820	33833	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_007144	TTA	4	33906	33917	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_007144	AGA	4	34432	34443	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_007144	ATAAG	3	34474	34488	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007144	GAAA	3	36279	36290	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	68164799
64	NC_007144	AG	6	37478	37488	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_007144	AT	6	37704	37714	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_007144	AAGT	3	37782	37792	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_007144	AT	7	38281	38293	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_007144	TA	8	38335	38349	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
69	NC_007144	AT	10	38468	38487	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
70	NC_007144	TAAT	3	38787	38798	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007144	TAAT	3	38803	38814	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007144	ATG	4	40879	40889	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	68164802
73	NC_007144	GCA	4	42777	42788	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	68164803
74	NC_007144	TG	6	42814	42824	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	68164803
75	NC_007144	T	14	44107	44120	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_007144	TA	6	44581	44592	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_007144	TTAA	3	44662	44672	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_007144	A	14	44680	44693	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_007144	T	12	45008	45019	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	68164804
80	NC_007144	ATTT	3	46444	46455	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	68164804
81	NC_007144	TTATT	3	48311	48325	15	20 %	80 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007144	TTA	7	49015	49035	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_007144	GA	6	49587	49598	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_007144	AT	6	50088	50099	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_007144	TA	6	50111	50122	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_007144	T	15	51405	51419	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_007144	AAT	4	51426	51437	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_007144	ATTT	3	52033	52043	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_007144	GTCT	3	52593	52604	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	68164807
90	NC_007144	TA	7	53347	53360	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_007144	TACAA	3	53799	53812	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
92	NC_007144	TTA	4	53913	53924	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_007144	TTTC	3	57233	57243	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
94	NC_007144	T	12	59459	59470	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_007144	A	14	59534	59547	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_007144	TA	6	59587	59597	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_007144	TCT	4	60742	60752	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	68164812
98	NC_007144	T	15	61365	61379	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
99	NC_007144	TAG	4	63338	63348	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_007144	TAAA	3	63375	63385	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_007144	ACTG	3	64073	64084	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	68164815
102	NC_007144	AT	6	64345	64355	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	68164816
103	NC_007144	AAAG	3	64660	64671	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	68164816
104	NC_007144	TAT	6	65483	65500	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
105	NC_007144	TTCT	3	65972	65983	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
106	NC_007144	AAATT	3	67437	67451	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
107	NC_007144	T	14	67509	67522	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007144	AAT	4	67598	67610	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
109	NC_007144	CTTT	3	67744	67754	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
110	NC_007144	TAT	4	67907	67918	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
111	NC_007144	ATA	4	68137	68151	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
112	NC_007144	T	14	69172	69185	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
113	NC_007144	TTTTC	3	70004	70017	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
114	NC_007144	TAA	4	70677	70688	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	68164825
115	NC_007144	TTAA	3	70773	70785	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
116	NC_007144	GAA	4	70878	70889	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_007144	TGAA	3	71390	71401	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_007144	TTTC	3	71424	71436	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
119	NC_007144	CAT	4	72701	72712	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	68164827
120	NC_007144	T	18	72961	72978	18	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	68164827
121	NC_007144	A	12	72980	72991	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	68164827
122	NC_007144	TAA	4	74303	74314	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	68164827
123	NC_007144	TGAA	3	74376	74386	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	68164827
124	NC_007144	CGAAT	3	74491	74505	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	68164827
125	NC_007144	TCT	4	76033	76044	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	68164827
126	NC_007144	TTCT	3	77373	77385	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	68164827
127	NC_007144	AAT	4	78730	78742	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	68164827
128	NC_007144	CATG	3	78947	78959	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	68164827
129	NC_007144	AAATA	3	80001	80014	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	68164827
130	NC_007144	TTTC	3	80386	80396	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	68164827
131	NC_007144	T	14	82348	82361	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	68164827
132	NC_007144	A	15	83370	83384	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	68164827
133	NC_007144	A	15	83396	83410	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	68164827
134	NC_007144	GGTTAT	3	83871	83889	19	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	10 %	68164827
135	NC_007144	A	12	83966	83977	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	68164827
136	NC_007144	TCT	4	84068	84078	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	68164827
137	NC_007144	T	13	84126	84138	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	68164827
138	NC_007144	T	17	84781	84797	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	68164827
139	NC_007144	TAAA	3	84971	84982	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	68164827
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213	NC_007144	CTTA	3	133116	133126	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	68164828
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217	NC_007144	ACTAAT	4	140856	140878	23	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	4 %	68164828
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219	NC_007144	AAAT	3	141401	141412	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	68164828
220	NC_007144	TTTCA	3	147110	147124	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	68164865
221	NC_007144	TGATC	3	150094	150107	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	68164865
222	NC_007144	AAAG	3	151279	151289	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	68164865
223	NC_007144	ACAA	3	151323	151334	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	68164865
224	NC_007144	AAAT	5	152171	152191	21	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	68164865
225	NC_007144	TATT	3	152335	152346	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	68164865
226	NC_007144	ATC	4	153298	153308	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
227	NC_007144	ATC	4	154666	154676	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	68164867
228	NC_007144	GAA	5	155132	155146	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	68164867
229	NC_007144	A	16	155230	155245	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
230	NC_007144	TA	7	155280	155292	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Cucumis sativus chloroplast