ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Huperzia lucidula chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_006861	TAA	4	5098	5110	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_006861	ATA	4	5589	5599	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_006861	TAT	4	6227	6238	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	60117159
4	NC_006861	CTA	4	7957	7968	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	60117163
5	NC_006861	TAT	4	9806	9817	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	60117164
6	NC_006861	GAA	5	12977	12990	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	60117169
7	NC_006861	CAA	4	13612	13622	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	60117169
8	NC_006861	TAA	4	16113	16125	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	60117170
9	NC_006861	CTT	4	18848	18859	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	60117171
10	NC_006861	TCC	4	19863	19873	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	60117171
11	NC_006861	GTT	4	20634	20644	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	60117171
12	NC_006861	ATT	4	21505	21515	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	60117171
13	NC_006861	CAT	4	23841	23851	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	60117171
14	NC_006861	AAG	4	25123	25134	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	60117171
15	NC_006861	GAA	4	28093	28104	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	60117171
16	NC_006861	TCC	4	28138	28149	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	60117171
17	NC_006861	CTT	4	29329	29340	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	60117171
18	NC_006861	ATT	4	30223	30233	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	60117171
19	NC_006861	TAA	4	30885	30895	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	60117171
20	NC_006861	ATA	4	38864	38875	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	60117171
21	NC_006861	CCT	4	39504	39516	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	60117171
22	NC_006861	TAT	4	41359	41369	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	60117171
23	NC_006861	ATA	4	42485	42496	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	60117171
24	NC_006861	ATT	4	43506	43516	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	60117171
25	NC_006861	TAT	4	43525	43535	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	60117171
26	NC_006861	ATT	4	47231	47242	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	60117171
27	NC_006861	TAG	4	48528	48539	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	60117171
28	NC_006861	AAT	5	50775	50789	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	60117171
29	NC_006861	TAT	5	53107	53122	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	60117171
30	NC_006861	GAA	4	53585	53596	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	60117171
31	NC_006861	CAA	4	54031	54041	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	60117171
32	NC_006861	AGA	4	56497	56508	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	60117171
33	NC_006861	GCC	4	58496	58508	13	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	7 %	60117171
34	NC_006861	AAT	4	60754	60764	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	60117171
35	NC_006861	ATT	4	64558	64570	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	60117171
36	NC_006861	ATT	4	64665	64676	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	60117171
37	NC_006861	CAG	4	67038	67049	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	60117171
38	NC_006861	TCA	4	68402	68413	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	60117171
39	NC_006861	ATG	4	69181	69192	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	60117171
40	NC_006861	AAT	4	73869	73879	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	60117171
41	NC_006861	ATT	5	76048	76061	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	60117171
42	NC_006861	TAG	5	85063	85077	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	0 %	60117171
43	NC_006861	TTC	4	87353	87364	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	60117171
44	NC_006861	CTT	4	87881	87892	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	60117171
45	NC_006861	TTC	4	89687	89698	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	60117171
46	NC_006861	TTC	4	89702	89713	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	60117171
47	NC_006861	TCT	7	93111	93131	21	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	60117171
48	NC_006861	TCT	4	95930	95941	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	60117171
49	NC_006861	ATT	4	96962	96972	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	60117171
50	NC_006861	GAA	4	98114	98124	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	60117171
51	NC_006861	TAT	19	99168	99224	57	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	60117171
52	NC_006861	TAC	4	104307	104318	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	60117171
53	NC_006861	TTA	4	104839	104849	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	60117171
54	NC_006861	TCC	4	117244	117254	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	60117171
55	NC_006861	TAA	4	117320	117331	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	60117171
56	NC_006861	GTA	4	119487	119498	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	60117171
57	NC_006861	TAA	4	122008	122022	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	60117171
58	NC_006861	TAT	4	122949	122960	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	60117171
59	NC_006861	ATA	4	127328	127340	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	60117171
60	NC_006861	ACT	4	127441	127452	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	0 %	60117171
61	NC_006861	TAA	4	128021	128032	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	60117171
62	NC_006861	AAG	4	128844	128855	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	60117171
63	NC_006861	ATA	4	130353	130364	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	60117171
64	NC_006861	TTA	4	130462	130472	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	60117171
65	NC_006861	TAG	4	134689	134700	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	60117171
66	NC_006861	AAG	4	136528	136538	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	60117171
67	NC_006861	TAA	4	136631	136642	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	60117171
68	NC_006861	TGG	4	137042	137052	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	60117171
69	NC_006861	TCT	4	138052	138063	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	60117171
70	NC_006861	TAA	7	138769	138790	22	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	60117171
71	NC_006861	TTA	4	138803	138815	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	60117171
72	NC_006861	GGA	4	141074	141085	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	60117171
73	NC_006861	TTA	4	141131	141142	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	60117171
74	NC_006861	TCC	4	148403	148413	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	60117171
75	NC_006861	AGT	4	154143	154154	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	60117171

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Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Huperzia lucidula chloroplast