ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Huperzia lucidula chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_006861	GAAA	3	509	519	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	60117152
2	NC_006861	GGCA	3	1904	1915	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	60117153
3	NC_006861	ATTG	3	3490	3500	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	60117156
4	NC_006861	TA	6	5058	5069	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_006861	TAA	4	5098	5110	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_006861	TAAA	3	5204	5215	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_006861	ATA	4	5589	5599	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_006861	TAT	4	6227	6238	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	60117159
9	NC_006861	TATAAA	3	7504	7522	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	60117162
10	NC_006861	CTA	4	7957	7968	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	60117163
11	NC_006861	CTTC	3	9459	9470	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	60117164
12	NC_006861	TAT	4	9806	9817	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	60117164
13	NC_006861	A	15	9848	9862	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	60117164
14	NC_006861	TCTT	3	9944	9955	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	60117164
15	NC_006861	AATT	3	10074	10085	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	60117164
16	NC_006861	TA	9	11142	11158	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	60117165
17	NC_006861	GAA	5	12977	12990	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	60117169
18	NC_006861	TCCATC	3	13364	13382	19	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	10 %	60117169
19	NC_006861	CAA	4	13612	13622	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	60117169
20	NC_006861	GAAT	3	13937	13948	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	60117169
21	NC_006861	TCAT	3	14780	14791	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
22	NC_006861	AAAT	3	14857	14868	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_006861	TA	6	14927	14937	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_006861	GAAA	3	15434	15444	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	60117170
25	NC_006861	TAA	4	16113	16125	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	60117170
26	NC_006861	TA	6	16995	17005	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	60117170
27	NC_006861	ATCT	3	17788	17798	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	60117171
28	NC_006861	TGAA	3	18134	18144	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	60117171
29	NC_006861	CTT	4	18848	18859	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	60117171
30	NC_006861	TA	6	19216	19226	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	60117171
31	NC_006861	TCC	4	19863	19873	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	60117171
32	NC_006861	GTT	4	20634	20644	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	60117171
33	NC_006861	ATT	4	21505	21515	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	60117171
34	NC_006861	TA	6	21682	21693	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	60117171
35	NC_006861	A	14	21872	21885	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	60117171
36	NC_006861	TTAC	3	23123	23134	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	60117171
37	NC_006861	CAT	4	23841	23851	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	60117171
38	NC_006861	AAG	4	25123	25134	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	60117171
39	NC_006861	TA	6	26115	26126	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	60117171
40	NC_006861	TATT	3	27306	27318	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	60117171
41	NC_006861	A	14	27557	27570	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	60117171
42	NC_006861	AT	6	27975	27985	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	60117171
43	NC_006861	GAA	4	28093	28104	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	60117171
44	NC_006861	TCC	4	28138	28149	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	60117171
45	NC_006861	TGAA	3	28850	28860	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	60117171
46	NC_006861	CTT	4	29329	29340	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	60117171
47	NC_006861	CTTT	3	30189	30200	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	60117171
48	NC_006861	ATT	4	30223	30233	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	60117171
49	NC_006861	AGAA	3	30575	30585	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	60117171
50	NC_006861	TAA	4	30885	30895	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	60117171
51	NC_006861	ATTT	3	31945	31955	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	60117171
52	NC_006861	TTGT	3	33448	33460	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	60117171
53	NC_006861	GATG	3	34264	34275	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	60117171
54	NC_006861	TA	6	34334	34344	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	60117171
55	NC_006861	ACAA	3	34575	34586	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	60117171
56	NC_006861	AAAG	3	36933	36943	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	60117171
57	NC_006861	ATATTT	3	37548	37571	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	4 %	60117171
58	NC_006861	ATA	4	38864	38875	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	60117171
59	NC_006861	TTGG	3	39282	39294	13	0 %	50 %	50 %	0 %	7 %	60117171
60	NC_006861	CCT	4	39504	39516	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	60117171
61	NC_006861	TA	6	40390	40401	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	60117171
62	NC_006861	TAT	4	41359	41369	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	60117171
63	NC_006861	AAAT	3	41629	41639	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	60117171
64	NC_006861	ATA	4	42485	42496	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	60117171
65	NC_006861	AATT	3	42588	42599	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	60117171
66	NC_006861	C	12	42657	42668	12	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	60117171
67	NC_006861	TA	6	43386	43396	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	60117171
68	NC_006861	ATT	4	43506	43516	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	60117171
69	NC_006861	TAT	4	43525	43535	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	60117171
70	NC_006861	AATT	3	43597	43608	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	60117171
71	NC_006861	GA	6	43750	43761	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	60117171
72	NC_006861	AAAAAT	3	43981	43999	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	60117171
73	NC_006861	TA	6	44156	44166	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	60117171
74	NC_006861	TTAC	3	44563	44573	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	60117171
75	NC_006861	TACA	3	45369	45379	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	60117171
76	NC_006861	ATT	4	47231	47242	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	60117171
77	NC_006861	TAG	4	48528	48539	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	60117171
78	NC_006861	AATT	3	50246	50256	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	60117171
79	NC_006861	AAT	5	50775	50789	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	60117171
80	NC_006861	G	18	51565	51582	18	0 %	0 %	100 %	0 %	5 %	60117171
81	NC_006861	TAT	5	53107	53122	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	60117171
82	NC_006861	CT	6	53258	53268	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	60117171
83	NC_006861	GAA	4	53585	53596	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	60117171
84	NC_006861	CAA	4	54031	54041	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	60117171
85	NC_006861	ATTT	3	56030	56041	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	60117171
86	NC_006861	AT	11	56345	56366	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	60117171
87	NC_006861	AGA	4	56497	56508	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	60117171
88	NC_006861	ATTA	4	56953	56969	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	60117171
89	NC_006861	TGAT	3	57499	57509	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	60117171
90	NC_006861	TATAAG	3	58267	58283	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	60117171
91	NC_006861	GCC	4	58496	58508	13	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	7 %	60117171
92	NC_006861	TAAA	3	59298	59308	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	60117171
93	NC_006861	AGAAT	3	59404	59418	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	60117171
94	NC_006861	GTTT	3	60267	60278	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	60117171
95	NC_006861	TTCG	3	60465	60475	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	60117171
96	NC_006861	AAT	4	60754	60764	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	60117171
97	NC_006861	TAAAT	3	61839	61853	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	60117171
98	NC_006861	T	12	62457	62468	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	60117171
99	NC_006861	ATT	4	64558	64570	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	60117171
100	NC_006861	ATT	4	64665	64676	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	60117171
101	NC_006861	TAAATC	3	64946	64963	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	60117171
102	NC_006861	AAAAT	3	65782	65795	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	60117171
103	NC_006861	ATGT	3	66764	66774	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	60117171
104	NC_006861	CAG	4	67038	67049	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	60117171
105	NC_006861	TCA	4	68402	68413	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	60117171
106	NC_006861	ATG	4	69181	69192	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	60117171
107	NC_006861	AT	7	70416	70430	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	60117171
108	NC_006861	ATTA	3	71567	71578	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	60117171
109	NC_006861	A	13	71641	71653	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	60117171
110	NC_006861	ATTT	4	72024	72040	17	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	60117171
111	NC_006861	TTGG	3	72113	72123	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	60117171
112	NC_006861	GAAT	3	72464	72475	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	60117171
113	NC_006861	T	12	72840	72851	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	60117171
114	NC_006861	CATA	3	73807	73818	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	60117171
115	NC_006861	AAT	4	73869	73879	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	60117171
116	NC_006861	TA	7	73999	74012	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	60117171
117	NC_006861	GA	6	74174	74184	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	60117171
118	NC_006861	T	15	74214	74228	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	60117171
119	NC_006861	GAAA	3	74322	74333	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	60117171
120	NC_006861	TAAA	3	74798	74809	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	60117171
121	NC_006861	TATT	3	74810	74821	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	60117171
122	NC_006861	AAATT	3	74919	74933	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	60117171
123	NC_006861	TATT	3	74969	74980	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	60117171
124	NC_006861	TATTC	3	75115	75129	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	60117171
125	NC_006861	GA	6	75345	75356	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	60117171
126	NC_006861	ATT	5	76048	76061	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	60117171
127	NC_006861	ATTG	3	76327	76337	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	60117171
128	NC_006861	AAAAT	3	77016	77030	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	60117171
129	NC_006861	ATTT	3	77327	77337	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	60117171
130	NC_006861	GA	6	78884	78894	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	60117171
131	NC_006861	TAAA	3	79700	79711	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	60117171
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Huperzia lucidula chloroplast