ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Rhizopus oryzae mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_006836	TAA	4	3355	3365	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_006836	AAT	4	3370	3382	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_006836	TAAT	3	3646	3657	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_006836	ATT	4	3759	3769	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_006836	TAA	4	3811	3822	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_006836	AAAT	3	3936	3946	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_006836	AAAAT	3	4286	4299	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	58578600
8	NC_006836	ATT	4	4558	4568	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	58578600
9	NC_006836	ATTAT	3	4613	4627	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	58578600
10	NC_006836	TTA	4	4713	4723	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	58578600
11	NC_006836	CTAT	3	5551	5561	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
12	NC_006836	TATT	3	7332	7344	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_006836	ATT	4	7617	7628	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_006836	CATTT	3	7689	7704	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
15	NC_006836	AAAT	3	8053	8064	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_006836	ATT	4	8348	8359	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_006836	ATA	4	8987	8997	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_006836	AAT	4	9133	9145	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	58578601
19	NC_006836	TAT	4	9258	9269	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	58578601
20	NC_006836	ATA	5	9489	9502	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	58578601
21	NC_006836	TAAA	3	9657	9668	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	58578601
22	NC_006836	ATA	5	9778	9792	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_006836	GTC	4	10059	10070	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_006836	AAATA	3	10506	10520	15	80 %	20 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_006836	ATAAA	3	10718	10732	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
26	NC_006836	TAAA	3	10741	10751	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_006836	TA	6	10754	10765	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_006836	TAA	4	11582	11593	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_006836	ATT	4	13923	13934	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	58578602
30	NC_006836	AGG	4	14740	14751	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	58578602
31	NC_006836	ATA	4	16706	16716	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_006836	TAAA	3	16724	16734	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_006836	GTTT	3	16900	16910	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_006836	TAA	4	17037	17048	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_006836	TAA	4	17082	17094	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_006836	TAAA	3	17256	17266	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_006836	TTAA	3	17729	17740	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_006836	TATT	4	17989	18004	16	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	58578606
39	NC_006836	TTAA	3	18061	18072	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	58578606
40	NC_006836	ATT	5	18635	18649	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	58578606
41	NC_006836	TATT	3	18817	18827	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	58578606
42	NC_006836	AATT	4	18886	18901	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	58578606
43	NC_006836	TATT	3	18947	18958	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	58578606
44	NC_006836	AATT	3	19535	19547	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	58578607
45	NC_006836	TTCTA	3	19776	19790	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	58578607
46	NC_006836	TAT	4	20188	20199	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_006836	AAAT	3	20328	20338	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_006836	ATT	4	20749	20760	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	58578608
49	NC_006836	TTTA	3	21158	21168	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	58578608
50	NC_006836	TA	6	21499	21509	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_006836	CTA	4	22412	22423	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	58578609
52	NC_006836	TAT	4	22457	22468	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	58578609
53	NC_006836	TTCA	3	22737	22747	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	58578609
54	NC_006836	ATA	4	22772	22783	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	58578609
55	NC_006836	ATTA	3	24155	24166	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_006836	TTTAA	3	24263	24276	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
57	NC_006836	TAT	4	24565	24575	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_006836	ATTT	3	24662	24673	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_006836	AT	6	25061	25072	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_006836	TTA	4	25359	25369	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_006836	TATT	3	25428	25439	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_006836	ATT	4	25899	25910	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_006836	TAA	4	25963	25975	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
64	NC_006836	TAA	4	26002	26014	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
65	NC_006836	TTA	4	26042	26052	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_006836	TAAA	3	26120	26130	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_006836	TTTA	3	26355	26366	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_006836	TAA	4	26463	26473	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_006836	TTA	4	26554	26564	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_006836	ATA	4	26867	26879	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
71	NC_006836	ATT	4	26887	26898	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_006836	TAA	4	27225	27236	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_006836	ATA	4	27317	27328	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_006836	TAA	4	27995	28007	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_006836	TAAT	3	28040	28051	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_006836	TTTA	3	28077	28088	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_006836	TATT	3	28232	28244	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_006836	TAAA	3	28274	28284	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_006836	TTTA	3	28379	28390	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_006836	ATA	4	28433	28444	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_006836	TTAA	3	28739	28749	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_006836	ATT	4	29099	29109	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_006836	ATTT	3	29660	29671	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_006836	TTAA	3	30846	30857	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_006836	TTTTAA	3	31021	31039	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
86	NC_006836	ATT	4	31855	31865	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_006836	TTTATT	3	32822	32840	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
88	NC_006836	TAAA	3	33264	33274	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	58578611
89	NC_006836	AAAT	3	33652	33664	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_006836	TTA	4	34083	34094	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	58578612
91	NC_006836	TATT	3	34298	34309	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	58578612
92	NC_006836	TAT	5	34450	34463	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	58578612
93	NC_006836	TTA	4	34897	34908	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	58578612
94	NC_006836	ATT	4	35417	35428	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	58578612
95	NC_006836	TAAT	3	35640	35651	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_006836	CG	7	35782	35794	13	0 %	0 %	50 %	50 %	7 %	Non-Coding
97	NC_006836	TAT	4	35958	35968	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_006836	ATA	4	36057	36067	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_006836	TTCT	3	36123	36134	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
100	NC_006836	ATTTA	3	36165	36179	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_006836	ATAA	3	36338	36349	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_006836	TAT	4	36992	37003	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	58578613
103	NC_006836	TAA	4	37224	37236	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
104	NC_006836	TTAA	3	37242	37253	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_006836	ATTT	5	37321	37341	21	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_006836	ATT	4	37685	37695	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	58578614
107	NC_006836	TAA	4	38401	38411	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_006836	ATT	4	38651	38662	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_006836	CTA	4	39066	39077	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	58578615
110	NC_006836	ATAAA	3	39322	39337	16	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	58578615
111	NC_006836	GTAA	3	39501	39511	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	58578615
112	NC_006836	TTA	4	40256	40267	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	58578615
113	NC_006836	TTTAA	3	40768	40782	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	58578615
114	NC_006836	AAT	4	41342	41353	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	58578615
115	NC_006836	TTC	4	41613	41623	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	58578615
116	NC_006836	AAG	4	42467	42478	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	58578615
117	NC_006836	TTTA	3	42901	42912	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_006836	TAA	4	42923	42934	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_006836	ATT	4	42939	42950	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
120	NC_006836	TATAAA	4	43087	43110	24	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_006836	ATA	4	43205	43215	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
122	NC_006836	ATTT	4	43365	43380	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
123	NC_006836	ATT	4	43512	43523	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_006836	TA	8	43570	43584	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
125	NC_006836	AATT	3	43621	43631	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_006836	TAT	4	43885	43899	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
127	NC_006836	ATAA	3	44159	44169	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_006836	TTTAA	3	44407	44420	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
129	NC_006836	TTA	4	44727	44737	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
130	NC_006836	AAAT	3	45436	45447	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	58578618
131	NC_006836	AAAT	3	45716	45726	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	58578618
132	NC_006836	TAAA	4	45753	45767	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	58578618
133	NC_006836	TAA	4	46671	46682	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
134	NC_006836	TTA	5	47822	47836	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	58578620
135	NC_006836	TATT	3	48951	48962	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_006836	TTAAA	3	49023	49037	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
137	NC_006836	AATT	3	49120	49131	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
138	NC_006836	ATA	4	49140	49150	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
139	NC_006836	TTAA	3	50717	50728	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
140	NC_006836	ATA	4	50909	50919	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	58578623
141	NC_006836	AATT	3	51953	51964	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
142	NC_006836	TTAA	3	52298	52309	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
143	NC_006836	TAA	4	52819	52831	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
144	NC_006836	TAAAA	3	52863	52877	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
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147	NC_006836	TTAA	3	53872	53883	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
148	NC_006836	TTGC	3	53915	53925	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
149	NC_006836	TAT	4	53957	53968	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Rhizopus oryzae mitochondrion