ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Nicotiana tabacum mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_006581	ATT	4	3160	3171	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_006581	ATA	4	3166	3177	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_006581	CAT	4	7502	7513	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	57013995
4	NC_006581	ATG	4	7985	7996	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	57013995
5	NC_006581	CTT	4	10122	10132	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	57013995
6	NC_006581	ATC	4	12640	12650	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	57013995
7	NC_006581	CAA	4	14408	14418	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	57013995
8	NC_006581	CTT	4	16442	16452	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	57013995
9	NC_006581	GAT	4	17521	17531	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	57013995
10	NC_006581	GAT	4	18891	18901	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	57013995
11	NC_006581	TTC	4	24208	24219	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	57013995
12	NC_006581	TCT	4	27733	27743	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	57013995
13	NC_006581	CTC	4	28475	28486	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	57013995
14	NC_006581	GGA	4	29234	29245	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	57013995
15	NC_006581	GAA	4	36354	36365	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	57013995
16	NC_006581	AGA	4	41437	41448	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	57013995
17	NC_006581	TAG	4	49608	49619	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	57013995
18	NC_006581	AAG	4	50502	50513	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	57013995
19	NC_006581	CTT	4	50865	50876	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	57013995
20	NC_006581	ATA	4	52156	52167	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	57013995
21	NC_006581	GAA	4	54186	54196	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	57013995
22	NC_006581	ACT	5	56777	56790	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	57013995
23	NC_006581	AAG	5	56989	57003	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	57013995
24	NC_006581	AGA	4	58638	58650	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	57013995
25	NC_006581	TCT	4	63861	63871	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	57013995
26	NC_006581	TCT	4	64027	64037	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	57013995
27	NC_006581	CTT	4	65476	65486	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	57013995
28	NC_006581	ATA	4	65878	65888	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	57013995
29	NC_006581	AGA	4	66006	66016	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	57013995
30	NC_006581	GTA	4	70473	70485	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	57013995
31	NC_006581	TGA	4	71996	72007	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	57013995
32	NC_006581	AGA	4	73375	73386	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	57013995
33	NC_006581	TCC	4	73992	74003	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	57013995
34	NC_006581	CTT	4	79336	79348	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	57013995
35	NC_006581	AGA	4	81044	81055	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	57013995
36	NC_006581	CTA	4	81497	81507	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	57013995
37	NC_006581	CGG	4	82493	82504	12	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	8 %	57013995
38	NC_006581	TTG	4	86283	86293	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	57013995
39	NC_006581	AAC	4	87250	87261	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	57013995
40	NC_006581	GAA	4	88054	88064	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	57013995
41	NC_006581	GAT	4	89213	89224	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	57013995
42	NC_006581	TAT	4	89404	89415	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	57013995
43	NC_006581	TCT	4	92283	92295	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	57013995
44	NC_006581	TGA	4	97583	97593	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	57013995
45	NC_006581	AGA	5	102806	102819	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	57013995
46	NC_006581	ATG	4	106861	106872	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	57013995
47	NC_006581	ACT	4	108158	108168	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	57013995
48	NC_006581	GAC	4	109663	109674	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	57013995
49	NC_006581	GGT	4	109718	109728	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	57013995
50	NC_006581	GAA	4	112768	112779	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	57013995
51	NC_006581	AAC	4	113347	113358	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	57013995
52	NC_006581	CAT	4	114770	114780	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	57013995
53	NC_006581	CTA	4	118134	118145	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	57013995
54	NC_006581	ATA	5	120859	120874	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	57013995
55	NC_006581	TGC	4	121211	121222	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	57013995
56	NC_006581	TAG	4	123518	123529	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	57013995
57	NC_006581	CTA	4	123657	123668	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	57013995
58	NC_006581	ACT	4	124162	124173	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	57013995
59	NC_006581	ACC	4	124767	124779	13	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	7 %	57013995
60	NC_006581	CTC	5	132723	132737	15	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	6 %	57013995
61	NC_006581	GCA	4	132923	132933	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	57013995
62	NC_006581	AGA	4	132960	132970	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	57013995
63	NC_006581	TAC	4	135211	135221	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	57013995
64	NC_006581	TGC	4	142698	142709	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	57013995
65	NC_006581	AAC	4	146178	146189	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	57013995
66	NC_006581	AGG	5	152159	152173	15	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	6 %	57013995
67	NC_006581	TAT	4	154059	154071	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	57013995
68	NC_006581	CGA	4	154219	154230	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	57013995
69	NC_006581	AGA	4	154332	154344	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	57013995
70	NC_006581	AAC	4	154962	154973	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	57013995
71	NC_006581	GTA	4	156679	156689	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	57013995
72	NC_006581	TTG	4	156936	156947	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	57013995
73	NC_006581	CTT	4	159621	159632	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	57013995
74	NC_006581	TCT	4	163186	163198	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	57013995
75	NC_006581	CTT	4	163887	163898	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	57013995
76	NC_006581	TAT	4	167325	167336	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	57013995
77	NC_006581	GCC	4	172690	172701	12	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	8 %	57013995
78	NC_006581	TCT	4	175726	175736	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	57013995
79	NC_006581	ATT	5	179163	179177	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	57013995
80	NC_006581	AGA	4	179324	179336	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	57013995
81	NC_006581	TAT	4	181731	181741	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	57013995
82	NC_006581	GTC	4	182912	182924	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	57013995
83	NC_006581	CGT	4	187575	187585	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	57013995
84	NC_006581	TTC	4	188066	188076	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	57013995
85	NC_006581	CAA	4	190883	190894	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	57013995
86	NC_006581	CTT	4	191572	191583	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57013995
87	NC_006581	GCC	4	197369	197380	12	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	8 %	57013995
88	NC_006581	TTA	4	200096	200106	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	57013995
89	NC_006581	GAA	4	200154	200164	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	57013995
90	NC_006581	TCT	4	203794	203805	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	57013995
91	NC_006581	CTA	4	205111	205121	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	57013995
92	NC_006581	TAT	4	205686	205696	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	57013995
93	NC_006581	GAA	4	206215	206227	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	57013995
94	NC_006581	TGA	4	206645	206656	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	57013995
95	NC_006581	GCA	4	209365	209376	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	57013995
96	NC_006581	GCT	4	209586	209597	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	57013995
97	NC_006581	ATC	4	210463	210474	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	57013995
98	NC_006581	TAC	4	218766	218776	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	57013995
99	NC_006581	AGT	4	219769	219780	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	57013995
100	NC_006581	AGA	4	220876	220886	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	57013995
101	NC_006581	ATC	4	222177	222187	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	57013995
102	NC_006581	TTA	4	224594	224605	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	57013995
103	NC_006581	TGC	4	225438	225448	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	57013995
104	NC_006581	GTA	4	227706	227716	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	57013995
105	NC_006581	ATA	4	228926	228936	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	57013995
106	NC_006581	GAT	4	229519	229529	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	57013995
107	NC_006581	GCT	4	231731	231743	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	57013995
108	NC_006581	CTT	4	233531	233542	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	57013995
109	NC_006581	TCG	4	234246	234256	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	57013995
110	NC_006581	TAA	5	235094	235109	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	57013995
111	NC_006581	TCT	4	236271	236281	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	57013995
112	NC_006581	AAG	4	240554	240564	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	57013995
113	NC_006581	TGA	4	242795	242806	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	57013995
114	NC_006581	GAA	4	245340	245350	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	57013995
115	NC_006581	GAG	4	246721	246733	13	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	7 %	57013995
116	NC_006581	CTT	4	247199	247209	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	57013995
117	NC_006581	ATA	4	247706	247718	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	57013995
118	NC_006581	TTA	4	248289	248300	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	57013995
119	NC_006581	TTA	4	249333	249344	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	57013995
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Nicotiana tabacum mitochondrion