ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Panax ginseng chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_006290	CATT	3	126	136	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
2	NC_006290	TTTTTA	3	205	223	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
3	NC_006290	CAG	5	1078	1092	15	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	52220790
4	NC_006290	GAA	4	2995	3006	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	52220791
5	NC_006290	TAAA	3	3911	3921	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_006290	CATT	3	4075	4086	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
7	NC_006290	GAAA	3	4159	4170	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_006290	AAAT	3	4465	4475	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_006290	A	12	4822	4833	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_006290	GAA	4	4895	4906	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_006290	GATA	3	5100	5111	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_006290	TCTCT	3	5386	5399	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	52220792
13	NC_006290	TTC	4	5611	5623	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	52220792
14	NC_006290	GAAAA	3	5626	5640	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	52220792
15	NC_006290	GAAT	3	6596	6607	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_006290	AAT	4	7154	7165	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_006290	ATTTTT	4	7238	7261	24	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_006290	CTAA	3	7849	7860	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
19	NC_006290	TTCAG	3	8010	8023	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
20	NC_006290	CAA	4	9844	9855	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
21	NC_006290	GTTA	3	10069	10079	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_006290	ATTT	3	10568	10579	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_006290	ATT	4	11049	11061	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_006290	CAAA	4	11125	11139	15	75 %	0 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
25	NC_006290	GTAA	3	11488	11499	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	52220795
26	NC_006290	AAAAAT	3	13508	13524	17	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	52220796
27	NC_006290	TTTC	3	13612	13623	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	52220796
28	NC_006290	ATTT	3	13957	13968	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	52220796
29	NC_006290	A	16	14241	14256	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
30	NC_006290	ATTTA	3	15608	15622	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
31	NC_006290	AT	6	16641	16651	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	52220798
32	NC_006290	A	12	17668	17679	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_006290	T	13	19880	19892	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	126165903
34	NC_006290	AT	6	21245	21255	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	126165903
35	NC_006290	A	13	23936	23948	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	52220801
36	NC_006290	AAAG	3	24322	24332	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	52220801
37	NC_006290	GTT	4	24961	24972	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	52220801
38	NC_006290	CCTA	3	25882	25892	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	52220802
39	NC_006290	T	12	27582	27593	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	52220802
40	NC_006290	TCAT	3	28269	28279	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
41	NC_006290	ATCAA	3	29370	29384	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
42	NC_006290	TTTA	3	30344	30354	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_006290	TCAA	3	30395	30406	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
44	NC_006290	AAGA	3	30771	30786	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
45	NC_006290	TCTT	3	30793	30804	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_006290	AATT	3	30937	30948	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	52220804
47	NC_006290	AAAAGA	3	32945	32962	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
48	NC_006290	TA	6	33302	33314	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_006290	TA	7	33317	33330	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
50	NC_006290	ATGA	3	33659	33669	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_006290	ATTT	3	34069	34080	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_006290	GAAA	3	36334	36345	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	52220806
53	NC_006290	TTC	4	37184	37195	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	52220806
54	NC_006290	AG	6	37512	37522	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_006290	TA	6	37715	37726	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_006290	TGTA	3	37866	37876	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_006290	TC	6	38122	38132	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	52220807
58	NC_006290	CTT	4	38268	38279	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
59	NC_006290	TA	6	38373	38383	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_006290	GATC	3	38854	38864	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
61	NC_006290	ATG	4	40696	40706	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	52220809
62	NC_006290	TG	6	42631	42641	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	52220810
63	NC_006290	AAAG	3	42981	42992	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	52220810
64	NC_006290	AAAT	3	44468	44479	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_006290	CTAA	3	44481	44492	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
66	NC_006290	ATTT	3	47235	47246	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_006290	ATTT	3	47620	47630	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_006290	AAAT	4	48817	48832	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
69	NC_006290	TA	6	48845	48855	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_006290	ATT	4	49024	49035	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_006290	AT	8	49056	49070	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_006290	CATA	3	50565	50575	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
73	NC_006290	ATA	5	56567	56582	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	52220817
74	NC_006290	TTTC	3	56926	56936	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
75	NC_006290	TTG	4	57303	57313	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_006290	AT	8	58882	58896	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
77	NC_006290	ACTT	3	59121	59131	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
78	NC_006290	TAG	4	59217	59227	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_006290	TATT	3	60958	60969	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_006290	TTC	4	61155	61165	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
81	NC_006290	AAAAT	3	61177	61190	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_006290	ATA	4	61407	61417	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_006290	AT	6	61425	61435	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_006290	TTA	4	62012	62022	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_006290	TCAG	3	62532	62543	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	52220821
86	NC_006290	AT	6	63999	64009	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	52220823
87	NC_006290	AT	6	65588	65598	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_006290	TAAA	3	67484	67494	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_006290	TCT	4	69506	69517	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
90	NC_006290	TA	6	69832	69842	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_006290	TATT	3	69871	69882	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_006290	TAA	4	70178	70189	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	52220832
93	NC_006290	AAGAA	3	70355	70369	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
94	NC_006290	TGAA	3	70880	70891	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	52220833
95	NC_006290	TTTC	3	70914	70926	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
96	NC_006290	TTTC	3	71037	71047	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
97	NC_006290	TATTC	3	71573	71587	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
98	NC_006290	AAGA	5	72208	72226	19	75 %	0 %	25 %	0 %	10 %	52220857
99	NC_006290	TTTA	3	72429	72440	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	52220857
100	NC_006290	TCT	4	72749	72760	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	52220857
101	NC_006290	GAAA	3	73927	73938	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	52220857
102	NC_006290	CATAGT	4	74271	74293	23	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	4 %	52220857
103	NC_006290	CTTT	3	74324	74335	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	52220857
104	NC_006290	GGTT	3	75368	75379	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	52220857
105	NC_006290	CAAA	3	76047	76057	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	52220857
106	NC_006290	T	17	80085	80101	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	52220857
107	NC_006290	TCT	4	80177	80188	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	52220857
108	NC_006290	TTAT	3	82538	82549	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	52220857
109	NC_006290	TATT	3	84108	84119	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	52220857
110	NC_006290	AGAATT	3	84566	84584	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	52220857
111	NC_006290	ACTA	3	85567	85577	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	52220857
112	NC_006290	TA	11	85841	85861	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	52220857
113	NC_006290	GAT	4	88098	88108	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	52220857
114	NC_006290	GAAA	3	89325	89337	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	52220857
115	NC_006290	CTTT	3	90373	90383	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	52220857
116	NC_006290	TGA	4	92282	92293	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	52220857
117	NC_006290	AATA	3	93138	93150	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	52220857
118	NC_006290	GAAGGA	3	93924	93941	18	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	52220857
119	NC_006290	TCCGG	3	95806	95820	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	52220857
120	NC_006290	TTTCG	3	98394	98407	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	52220857
121	NC_006290	TTTGTT	3	98786	98804	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	52220857
122	NC_006290	ATTAG	5	100742	100766	25	40 %	40 %	20 %	0 %	8 %	52220870
123	NC_006290	ATCC	3	104019	104030	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	52220870
124	NC_006290	TCTA	3	104411	104422	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	52220870
125	NC_006290	AAGG	3	104550	104560	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	52220870
126	NC_006290	GAGG	3	107271	107282	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	52220870
127	NC_006290	AGGT	3	107483	107494	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	52220870
128	NC_006290	TAAG	3	108603	108613	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	52220870
129	NC_006290	GAA	5	110674	110688	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	52220870
130	NC_006290	ATAA	3	111853	111863	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	52220870
131	NC_006290	AAGAA	3	112233	112247	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	52220870
132	NC_006290	ATTT	3	112445	112455	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	52220870
133	NC_006290	AAAT	3	113729	113739	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	52220870
134	NC_006290	GAA	4	114316	114327	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	52220870
135	NC_006290	TAA	4	114780	114790	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	52220870
136	NC_006290	ATTT	3	114842	114852	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	52220870
137	NC_006290	TAAAA	4	114980	114998	19	80 %	20 %	0 %	0 %	10 %	52220870
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141	NC_006290	TAGA	3	118037	118048	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	52220870
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164	NC_006290	CCTT	3	137855	137865	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	52220870
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168	NC_006290	CTT	4	147536	147546	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
169	NC_006290	CATAC	3	147603	147616	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
170	NC_006290	CTCCTT	3	148473	148490	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	52220874
171	NC_006290	TATT	3	149265	149277	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	52220874
172	NC_006290	TGAT	3	150267	150279	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	52220874
173	NC_006290	ATC	4	151867	151878	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	52220874
174	NC_006290	AAAG	3	152032	152042	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	52220874
175	NC_006290	ATC	4	154307	154317	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Panax ginseng chloroplast