ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Gracilaria tenuistipitata var. liui chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_006137	TCT	4	1832	1843	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51209845
2	NC_006137	CAT	4	6260	6271	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	51209852
3	NC_006137	TAT	4	9403	9413	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51209856
4	NC_006137	ACA	4	13686	13698	13	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	51209862
5	NC_006137	CAA	4	14347	14358	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	51209863
6	NC_006137	TAT	4	14889	14900	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_006137	AAT	4	15333	15344	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	51209866
8	NC_006137	AGA	4	16425	16436	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	51209866
9	NC_006137	TCT	4	17244	17254	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	51209867
10	NC_006137	CTG	5	17508	17522	15	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	6 %	51209867
11	NC_006137	TTA	4	18923	18937	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_006137	ATT	4	19546	19557	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51209869
13	NC_006137	TTA	4	19684	19694	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51209869
14	NC_006137	ATT	4	21205	21216	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51209870
15	NC_006137	TAT	4	23908	23918	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51209873
16	NC_006137	ATT	4	29762	29772	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_006137	AAT	4	30263	30274	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_006137	TTA	4	30742	30753	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_006137	ATT	4	35726	35737	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_006137	TAT	4	35769	35779	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_006137	ATT	4	36464	36475	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51209878
22	NC_006137	AGC	5	38550	38564	15	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	112821016
23	NC_006137	AAT	4	39536	39547	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_006137	TAA	4	40305	40315	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51209883
25	NC_006137	ACA	4	41635	41646	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	51209885
26	NC_006137	ATT	4	45087	45097	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51209888
27	NC_006137	TAA	4	46322	46334	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_006137	ATG	4	47250	47260	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	51209890
29	NC_006137	ATA	4	48047	48057	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51209891
30	NC_006137	ATT	4	48098	48109	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_006137	GAT	4	50188	50198	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	51209895
32	NC_006137	ATA	4	50506	50518	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	51209895
33	NC_006137	TAA	4	53340	53351	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	51209898
34	NC_006137	CAT	4	54004	54014	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	51209898
35	NC_006137	TTA	4	55222	55234	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_006137	GAA	4	55869	55880	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	51209900
37	NC_006137	GCT	4	56393	56404	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	51209900
38	NC_006137	CTT	4	56961	56973	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	51209900
39	NC_006137	ATA	4	58207	58218	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	51209901
40	NC_006137	AAT	4	60174	60184	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51209902
41	NC_006137	TCT	4	61150	61160	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	51209904
42	NC_006137	TAA	4	61376	61387	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	51209904
43	NC_006137	ATA	4	62864	62874	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_006137	TCT	4	65301	65313	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	51209907
45	NC_006137	ATA	4	66625	66636	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_006137	TAA	4	66807	66818	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	51209908
47	NC_006137	TAA	4	67169	67180	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_006137	GAA	4	67749	67759	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	51209912
49	NC_006137	TAA	4	69366	69376	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51209913
50	NC_006137	ATA	4	69725	69736	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	51209913
51	NC_006137	TTG	4	71497	71508	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	51209916
52	NC_006137	ATT	4	76385	76396	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51209925
53	NC_006137	TAT	4	77615	77625	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51209926
54	NC_006137	ATT	4	78612	78622	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51209929
55	NC_006137	ATT	4	79157	79167	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51209929
56	NC_006137	AAT	4	80760	80770	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51209933
57	NC_006137	CTC	4	84639	84652	14	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	51209942
58	NC_006137	ATT	4	88368	88378	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_006137	TTG	4	88548	88559	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	51209946
60	NC_006137	ATT	4	90298	90309	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51209949
61	NC_006137	TTG	4	90534	90545	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	51209949
62	NC_006137	ATT	4	92237	92247	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	126165902
63	NC_006137	TAT	4	94605	94616	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_006137	TAA	4	94814	94824	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_006137	TTA	4	99203	99213	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_006137	ATT	7	99538	99558	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51209957
67	NC_006137	ATA	4	100380	100390	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51209959
68	NC_006137	TGT	4	103290	103300	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	51209963
69	NC_006137	TTA	4	107289	107301	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_006137	GAA	4	107500	107510	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	51209967
71	NC_006137	TAA	4	107954	107965	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	51209967
72	NC_006137	TAT	4	109029	109039	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51209968
73	NC_006137	TCT	4	110659	110669	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	51209968
74	NC_006137	TAT	4	111124	111134	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_006137	ATT	4	112678	112688	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51209972
76	NC_006137	ATA	4	113343	113355	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	51209972
77	NC_006137	TAC	4	117664	117675	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
78	NC_006137	AGA	4	119124	119135	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	51209978
79	NC_006137	TTG	4	122963	122974	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	51209979
80	NC_006137	TAA	4	126517	126528	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	51209980
81	NC_006137	TAT	4	127596	127606	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_006137	TAT	4	131077	131088	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51209986
83	NC_006137	GGT	4	133035	133046	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	51209988
84	NC_006137	TCC	4	135122	135133	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	51209990
85	NC_006137	TAA	4	143680	143691	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	51210000
86	NC_006137	ATA	4	145237	145248	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_006137	TTA	4	146052	146063	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51210003
88	NC_006137	ATA	4	146534	146544	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51210004
89	NC_006137	CAA	4	147119	147129	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
90	NC_006137	TAT	4	148036	148047	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51210006
91	NC_006137	ATT	4	149463	149474	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51210008
92	NC_006137	ATT	5	150754	150767	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_006137	TAA	4	154137	154149	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_006137	ATA	4	154218	154228	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_006137	TAA	4	154515	154526	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_006137	AGA	4	155718	155728	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	51210015
97	NC_006137	GTT	4	156491	156502	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	51210017
98	NC_006137	TAA	4	159042	159053	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_006137	TGC	4	160648	160659	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	51210023
100	NC_006137	GCA	4	162338	162349	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	51210025
101	NC_006137	TCT	4	164379	164391	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	51210027
102	NC_006137	GAG	5	165148	165162	15	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	6 %	51210027
103	NC_006137	TAT	4	165826	165836	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51210027
104	NC_006137	ATT	4	166409	166420	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51210027
105	NC_006137	TAT	4	170089	170101	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
106	NC_006137	GAA	4	174125	174136	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	51210033
107	NC_006137	TTA	4	175526	175537	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51210034
108	NC_006137	TCT	4	175718	175729	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51210034
109	NC_006137	ATA	4	175830	175840	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51210034
110	NC_006137	ATT	4	178074	178085	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
111	NC_006137	GAA	4	178367	178377	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	51210038
112	NC_006137	TAA	4	178647	178658	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_006137	TAT	4	181004	181014	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51210043
114	NC_006137	AAT	4	183600	183611	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	51210045

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Gracilaria tenuistipitata var. liui chloroplast