ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Saccharum hybrid cultivar NCo 310 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_006084	CAG	4	684	695	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
2	NC_006084	CTT	4	6767	6777	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
3	NC_006084	TAT	6	7229	7247	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
4	NC_006084	GAA	4	8976	8987	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_006084	TTG	4	11291	11301	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	50812512
6	NC_006084	TAA	4	18169	18179	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_006084	ATA	4	21129	21139	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_006084	CTA	4	21466	21477	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
9	NC_006084	AGA	4	22548	22559	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50812518
10	NC_006084	AGA	4	29694	29705	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50812520
11	NC_006084	GAA	4	30427	30438	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50812520
12	NC_006084	ATT	4	32247	32259	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_006084	ATT	4	33115	33126	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_006084	GTT	5	33916	33930	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	50812522
15	NC_006084	TGC	4	34893	34904	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	50812523
16	NC_006084	ATG	4	41047	41057	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	50812527
17	NC_006084	GCA	4	42945	42956	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	50812528
18	NC_006084	AAG	4	45057	45068	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50812529
19	NC_006084	GAA	4	49058	49068	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_006084	AAT	4	49077	49087	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_006084	TTC	4	63018	63029	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50812540
22	NC_006084	ATA	4	65259	65269	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_006084	TTA	4	65795	65806	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_006084	TTC	5	67568	67581	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
25	NC_006084	TCA	4	70095	70106	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	50812583
26	NC_006084	AGA	4	76799	76810	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50812583
27	NC_006084	TAT	4	77856	77866	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	50812583
28	NC_006084	TTC	4	81348	81360	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	50812583
29	NC_006084	TTC	4	81814	81825	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50812583
30	NC_006084	CTT	4	82941	82952	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	50812583
31	NC_006084	AAT	4	83450	83462	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	50812583
32	NC_006084	ATA	4	91852	91862	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50812583
33	NC_006084	TAC	4	93669	93680	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	50812583
34	NC_006084	AAG	4	107183	107194	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50812551
35	NC_006084	CAA	4	112356	112366	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	50812551
36	NC_006084	TTA	4	113180	113190	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	50812551
37	NC_006084	TTG	4	113638	113648	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	50812551
38	NC_006084	ATT	4	115293	115303	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	50812551
39	NC_006084	TTC	5	115469	115483	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	50812551
40	NC_006084	TAA	4	118490	118500	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50812551
41	NC_006084	GTA	4	130551	130562	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	50812551
42	NC_006084	ATT	4	140769	140781	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	50812621

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Saccharum hybrid cultivar NCo 310 chloroplast