ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Saccharum hybrid cultivar NCo 310 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_006084	CAG	4	684	695	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
2	NC_006084	AAGT	3	790	800	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_006084	A	19	3753	3771	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
4	NC_006084	TTTA	3	4477	4488	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_006084	TCTCT	3	4666	4679	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	50812507
6	NC_006084	TTCT	3	5123	5133	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	50812507
7	NC_006084	AGAA	3	6176	6187	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_006084	AAAT	3	6192	6202	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_006084	T	14	6446	6459	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_006084	CTT	4	6767	6777	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
11	NC_006084	TTGAC	3	6962	6976	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
12	NC_006084	TAT	6	7229	7247	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
13	NC_006084	CTTTTT	3	7470	7487	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
14	NC_006084	ATTT	3	8887	8898	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_006084	GAA	4	8976	8987	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_006084	TTTA	3	9187	9198	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_006084	GAAA	3	10886	10897	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	50812512
18	NC_006084	TTG	4	11291	11301	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	50812512
19	NC_006084	ATTT	3	11857	11867	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_006084	ATGA	3	11936	11947	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_006084	AG	6	12010	12020	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_006084	T	13	13375	13387	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_006084	AT	6	13432	13442	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_006084	CCTT	3	14781	14792	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
25	NC_006084	AAAG	3	14816	14826	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_006084	TAGG	3	15328	15339	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_006084	T	14	16554	16567	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_006084	CAAT	3	16684	16696	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
29	NC_006084	TCTAT	3	16733	16748	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
30	NC_006084	CAAAGA	3	17336	17352	17	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
31	NC_006084	GTAT	3	17458	17468	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_006084	TAA	4	18169	18179	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_006084	ATAGA	3	19094	19108	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
34	NC_006084	AAAG	3	19117	19128	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_006084	A	15	19197	19211	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
36	NC_006084	ATCA	3	19721	19731	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
37	NC_006084	CTTT	3	20085	20096	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
38	NC_006084	TAAA	3	20403	20414	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_006084	CTTT	3	20776	20787	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
40	NC_006084	TATAA	5	21020	21043	24	60 %	40 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
41	NC_006084	ATA	4	21129	21139	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_006084	CTA	4	21466	21477	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
43	NC_006084	TTTC	3	22522	22534	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	50812518
44	NC_006084	AGA	4	22548	22559	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50812518
45	NC_006084	AAAAG	3	23317	23330	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	50812518
46	NC_006084	AAAT	3	26870	26881	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	50812519
47	NC_006084	AGAA	3	27120	27131	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	50812519
48	NC_006084	AT	6	28187	28197	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	50812520
49	NC_006084	GTTC	3	29166	29176	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	50812520
50	NC_006084	AGA	4	29694	29705	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50812520
51	NC_006084	TTCA	3	29902	29912	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	50812520
52	NC_006084	GAA	4	30427	30438	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50812520
53	NC_006084	TTAA	3	32177	32188	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_006084	ATT	4	32247	32259	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_006084	GAAA	3	32320	32330	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_006084	ATT	4	33115	33126	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_006084	AT	6	33182	33192	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_006084	TA	6	33356	33366	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	50812522
59	NC_006084	GTT	5	33916	33930	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	50812522
60	NC_006084	TGC	4	34893	34904	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	50812523
61	NC_006084	CTTT	3	35160	35170	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
62	NC_006084	CTTT	3	35565	35575	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
63	NC_006084	CATA	3	36459	36469	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	50812524
64	NC_006084	AAAG	3	36475	36486	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	50812524
65	NC_006084	T	15	38836	38850	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
66	NC_006084	AAAT	3	39662	39673	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	50812527
67	NC_006084	ATG	4	41047	41057	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	50812527
68	NC_006084	AAGA	3	42141	42152	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	50812528
69	NC_006084	GCA	4	42945	42956	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	50812528
70	NC_006084	TG	6	42982	42992	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	50812528
71	NC_006084	CTAG	3	43084	43096	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	50812528
72	NC_006084	AAG	4	45057	45068	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50812529
73	NC_006084	ATCA	3	45100	45110	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	50812529
74	NC_006084	TCCT	3	45521	45532	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	50812529
75	NC_006084	CT	6	46585	46596	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	50812529
76	NC_006084	AAAG	3	47587	47597	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_006084	GGGGAA	3	47671	47689	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
78	NC_006084	TA	6	48517	48527	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_006084	ATCTTA	3	48783	48801	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
80	NC_006084	GAA	4	49058	49068	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_006084	AAT	4	49077	49087	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_006084	AGAA	3	49239	49250	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_006084	GAAT	3	49441	49451	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_006084	TTGA	3	49556	49568	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_006084	CTTT	3	50094	50105	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
86	NC_006084	T	16	52356	52371	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_006084	CTTT	3	52892	52903	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
88	NC_006084	AGAA	3	53052	53062	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_006084	TTTA	3	53232	53242	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_006084	TTCT	3	53492	53502	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
91	NC_006084	ATTT	3	53871	53881	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_006084	AACATA	3	54466	54482	17	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
93	NC_006084	TAGG	4	54634	54649	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
94	NC_006084	T	13	56700	56712	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_006084	AATT	3	56770	56781	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_006084	TTAT	3	59905	59916	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	50812537
97	NC_006084	AT	7	61152	61164	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_006084	ATTC	3	62033	62043	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
99	NC_006084	TTC	4	63018	63029	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50812540
100	NC_006084	ATA	4	65259	65269	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_006084	AATAA	3	65488	65502	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
102	NC_006084	TTTC	3	65699	65709	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
103	NC_006084	TTA	4	65795	65806	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_006084	TTGAA	3	66087	66101	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	50812545
105	NC_006084	T	13	67466	67478	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
106	NC_006084	TTC	5	67568	67581	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
107	NC_006084	T	12	68134	68145	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_006084	GAAA	3	68747	68757	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_006084	TCA	4	70095	70106	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	50812583
110	NC_006084	AGAA	3	70894	70905	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	50812583
111	NC_006084	ACTT	3	73196	73206	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	50812583
112	NC_006084	CTTT	4	76767	76781	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	50812583
113	NC_006084	AGA	4	76799	76810	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50812583
114	NC_006084	TAT	4	77856	77866	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	50812583
115	NC_006084	T	12	78475	78486	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	50812583
116	NC_006084	T	12	79032	79043	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	50812583
117	NC_006084	T	12	79050	79061	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	50812583
118	NC_006084	T	13	81244	81256	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	50812583
119	NC_006084	TTC	4	81348	81360	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	50812583
120	NC_006084	ATTT	3	81684	81695	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	50812583
121	NC_006084	CTTT	3	81723	81733	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	50812583
122	NC_006084	TTC	4	81814	81825	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50812583
123	NC_006084	CTT	4	82941	82952	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	50812583
124	NC_006084	AAT	4	83450	83462	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	50812583
125	NC_006084	GATC	3	88146	88157	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	50812583
126	NC_006084	TA	6	88487	88498	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	50812583
127	NC_006084	TCAAAA	4	89537	89560	24	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	8 %	50812583
128	NC_006084	ATA	4	91852	91862	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50812583
129	NC_006084	TTTGTT	3	92772	92790	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	50812583
130	NC_006084	TTCT	3	92911	92921	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	50812583
131	NC_006084	TAC	4	93669	93680	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	50812583
132	NC_006084	TCTA	3	94620	94631	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	50812551
133	NC_006084	AAAC	3	97837	97849	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	50812551
134	NC_006084	ATCC	3	97971	97982	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	50812551
135	NC_006084	CTAT	3	98359	98370	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	50812551
136	NC_006084	ACGG	3	101228	101239	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	50812551
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173	NC_006084	ATT	4	140769	140781	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	50812621

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Saccharum hybrid cultivar NCo 310 chloroplast