ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza nivara chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_005973	CAG	4	675	686	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	50233948
2	NC_005973	GAA	4	8463	8474	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50233953
3	NC_005973	TTG	4	10703	10713	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	50233955
4	NC_005973	ATT	4	15995	16007	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_005973	TAT	4	16878	16888	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_005973	CTA	4	18685	18696	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
7	NC_005973	ATT	4	18787	18797	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_005973	AGA	4	19776	19787	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50233961
9	NC_005973	AAC	4	22429	22440	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	50233962
10	NC_005973	AAT	4	24117	24128	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	50233962
11	NC_005973	GAG	4	26693	26703	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	50233963
12	NC_005973	GAA	4	27574	27585	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50233963
13	NC_005973	ATT	4	29359	29371	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_005973	AGA	4	29842	29852	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	50233964
15	NC_005973	GTT	5	31035	31049	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	50233965
16	NC_005973	TGC	4	31987	31998	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	50233966
17	NC_005973	TAG	5	35689	35703	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
18	NC_005973	TCC	4	36640	36651	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
19	NC_005973	ATG	4	38076	38086	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	50233970
20	NC_005973	GCA	4	39974	39985	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	50233971
21	NC_005973	GAA	4	58217	58229	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	50233983
22	NC_005973	GAA	4	58233	58243	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	50233983
23	NC_005973	TTC	4	60397	60408	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50233985
24	NC_005973	ATA	4	62763	62773	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_005973	AAG	4	64142	64154	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_005973	TTC	5	65043	65057	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
27	NC_005973	TAA	4	71376	71387	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50234025
28	NC_005973	AGA	4	74232	74243	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50234025
29	NC_005973	TAT	4	75289	75299	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	50234025
30	NC_005973	TCT	4	80469	80482	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	50234025
31	NC_005973	TTC	4	81574	81584	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	50234025
32	NC_005973	TTA	4	84476	84486	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	50234025
33	NC_005973	ATA	4	87273	87283	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50234025
34	NC_005973	TAC	4	89089	89100	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	50234025
35	NC_005973	AAG	4	102744	102755	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	59561393
36	NC_005973	TTG	4	103493	103504	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	59561393
37	NC_005973	CAA	4	107821	107831	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	59561393
38	NC_005973	TAT	5	108629	108642	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	59561393
39	NC_005973	TAA	4	113960	113970	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	59561393
40	NC_005973	GTA	4	125939	125950	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	59561393
41	NC_005973	ATA	4	130552	130562	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50234055

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza nivara chloroplast