ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Oryza nivara chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_005973	CAG	4	675	686	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	50233948
2	NC_005973	AAGT	3	781	791	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	50233948
3	NC_005973	TCTTT	3	2573	2587	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	126022806
4	NC_005973	AG	6	3222	3233	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_005973	A	17	3535	3551	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
6	NC_005973	CATT	3	3698	3709	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
7	NC_005973	TAAA	4	4151	4166	16	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_005973	TTTA	3	4465	4476	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_005973	TCTCT	3	4649	4662	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	50233950
10	NC_005973	ATAA	3	5334	5344	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	50233950
11	NC_005973	CTTA	3	5380	5392	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	50233950
12	NC_005973	TTTAA	3	5925	5938	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_005973	TTGAC	3	6458	6472	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
14	NC_005973	TTCT	3	8043	8053	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
15	NC_005973	TTTA	3	8214	8224	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_005973	GAA	4	8463	8474	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50233953
17	NC_005973	GAAA	3	10298	10309	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	50233955
18	NC_005973	TA	6	10397	10407	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	50233955
19	NC_005973	TTG	4	10703	10713	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	50233955
20	NC_005973	ACAAA	3	11375	11388	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
21	NC_005973	AG	6	11440	11450	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_005973	CGTAG	3	12269	12282	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
23	NC_005973	CCCA	3	12713	12724	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
24	NC_005973	AATCT	3	13180	13193	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
25	NC_005973	TTTG	3	13475	13485	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_005973	CTTT	3	15157	15168	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_005973	ATT	4	15995	16007	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_005973	GTAT	3	16074	16084	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_005973	TAT	4	16878	16888	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_005973	TTTC	3	16940	16950	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
31	NC_005973	AAAG	3	17034	17045	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_005973	TAAGAA	3	17121	17139	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
33	NC_005973	TTTCTA	3	17275	17293	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
34	NC_005973	TTTCTA	3	17297	17313	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
35	NC_005973	AATAG	3	17323	17336	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_005973	CTA	4	18685	18696	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
37	NC_005973	ATT	4	18787	18797	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_005973	TTTC	3	19750	19762	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	50233961
39	NC_005973	AGA	4	19776	19787	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50233961
40	NC_005973	AAC	4	22429	22440	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	50233962
41	NC_005973	AAT	4	24117	24128	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	50233962
42	NC_005973	GAG	4	26693	26703	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	50233963
43	NC_005973	GAA	4	27574	27585	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50233963
44	NC_005973	GCGA	3	28791	28803	13	25 %	0 %	50 %	25 %	7 %	50233963
45	NC_005973	TTAA	3	29309	29320	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_005973	ATT	4	29359	29371	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_005973	GAAA	3	29402	29414	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_005973	GAAAA	3	29437	29450	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_005973	AGA	4	29842	29852	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	50233964
50	NC_005973	AT	6	30301	30311	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_005973	GTT	5	31035	31049	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	50233965
52	NC_005973	AT	6	31512	31522	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_005973	TGC	4	31987	31998	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	50233966
54	NC_005973	CTTT	3	32254	32264	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
55	NC_005973	CATTTT	3	33298	33316	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	50233967
56	NC_005973	AAAG	3	33541	33551	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	50233967
57	NC_005973	TAG	5	35689	35703	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
58	NC_005973	TTTC	3	35883	35893	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
59	NC_005973	CT	6	36522	36532	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	50233969
60	NC_005973	TCC	4	36640	36651	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
61	NC_005973	ATG	4	38076	38086	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	50233970
62	NC_005973	AAGA	3	39170	39181	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	50233971
63	NC_005973	GCA	4	39974	39985	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	50233971
64	NC_005973	TG	6	40011	40021	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	50233971
65	NC_005973	CTAG	3	40113	40125	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	50233971
66	NC_005973	ATCA	3	42126	42136	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	50233972
67	NC_005973	AAGA	3	42279	42289	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	50233972
68	NC_005973	A	14	43825	43838	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_005973	AACA	3	44590	44600	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
70	NC_005973	GGGGAA	3	44680	44698	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
71	NC_005973	TA	6	45506	45516	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_005973	ATCTTA	3	45777	45795	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
73	NC_005973	AT	6	46013	46023	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_005973	TTTTG	3	46097	46110	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_005973	TTGA	3	46508	46520	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_005973	CAGA	3	48084	48094	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	50233974
77	NC_005973	T	14	49194	49207	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_005973	TAGG	4	51208	51223	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
79	NC_005973	AATT	3	53351	53362	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_005973	AATA	4	55700	55716	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
81	NC_005973	AAAG	3	56310	56320	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_005973	AAAGT	3	57560	57574	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_005973	GAA	4	58217	58229	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	50233983
84	NC_005973	GAA	4	58233	58243	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	50233983
85	NC_005973	TTCT	3	59381	59392	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
86	NC_005973	ATTC	3	59412	59422	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
87	NC_005973	TTC	4	60397	60408	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50233985
88	NC_005973	TCTT	3	60808	60818	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
89	NC_005973	ATA	4	62763	62773	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_005973	TTGAA	3	63556	63570	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	50233990
91	NC_005973	TTCT	3	63636	63647	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
92	NC_005973	AAG	4	64142	64154	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_005973	GAAA	3	64837	64847	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_005973	TATT	3	64990	65000	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_005973	TTC	5	65043	65057	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
96	NC_005973	GAAA	3	65317	65328	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	50233993
97	NC_005973	AGAA	3	68286	68297	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	50234025
98	NC_005973	AAAG	3	68425	68435	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	50234025
99	NC_005973	TAA	4	71376	71387	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50234025
100	NC_005973	TTTA	4	71634	71649	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	50234025
101	NC_005973	AT	6	72655	72665	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	50234025
102	NC_005973	TTTC	3	74201	74211	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	50234025
103	NC_005973	AGA	4	74232	74243	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50234025
104	NC_005973	TAT	4	75289	75299	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	50234025
105	NC_005973	ATTT	3	75868	75879	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	50234025
106	NC_005973	AGAAA	3	76155	76169	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	50234025
107	NC_005973	T	12	76462	76473	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	50234025
108	NC_005973	ATTT	3	77169	77179	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	50234025
109	NC_005973	T	13	78368	78380	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	50234025
110	NC_005973	TCT	4	80469	80482	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	50234025
111	NC_005973	T	16	80551	80566	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	50234025
112	NC_005973	AGAAT	3	80946	80959	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	50234025
113	NC_005973	AATG	3	80960	80970	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	50234025
114	NC_005973	TTC	4	81574	81584	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	50234025
115	NC_005973	TTA	4	84476	84486	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	50234025
116	NC_005973	ATA	4	87273	87283	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50234025
117	NC_005973	TTTGTT	3	88192	88210	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	50234025
118	NC_005973	TTCT	3	88331	88341	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	50234025
119	NC_005973	TAC	4	89089	89100	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	50234025
120	NC_005973	AAAC	3	93222	93234	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	59561393
121	NC_005973	ATCC	3	93354	93365	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	59561393
122	NC_005973	CTAT	3	93741	93752	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	59561393
123	NC_005973	ACGG	3	96609	96620	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	59561393
124	NC_005973	AGGT	3	96893	96904	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	59561393
125	NC_005973	AACG	3	98218	98229	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	59561393
126	NC_005973	AAAG	4	99549	99564	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	59561393
127	NC_005973	GAAT	3	101158	101168	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	59561393
128	NC_005973	AAGG	3	101170	101181	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	59561393
129	NC_005973	AAG	4	102744	102755	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	59561393
130	NC_005973	TTG	4	103493	103504	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	59561393
131	NC_005973	AATA	3	103698	103709	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	59561393
132	NC_005973	CAAA	3	104472	104483	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	59561393
133	NC_005973	CAA	4	107821	107831	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	59561393
134	NC_005973	AAAT	3	108597	108607	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	59561393
135	NC_005973	TAT	5	108629	108642	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	59561393
136	NC_005973	TAAC	3	112033	112044	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	59561393
137	NC_005973	TC	6	113440	113451	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	59561393
138	NC_005973	ATTC	3	113871	113881	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	59561393
139	NC_005973	TAA	4	113960	113970	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	59561393
140	NC_005973	AAAT	3	114286	114296	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	59561393
141	NC_005973	CTTT	4	115475	115490	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	59561393
142	NC_005973	TCGT	3	116809	116820	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	59561393
143	NC_005973	CTTA	3	117016	117026	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	59561393
144	NC_005973	CCGT	3	118419	118430	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	59561393
145	NC_005973	AGGA	3	121451	121462	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	59561393
146	NC_005973	GGAT	3	121674	121685	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	59561393
147	NC_005973	ATAAGC	3	122275	122292	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	59561393
148	NC_005973	A	13	125426	125438	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	59561393
149	NC_005973	GTA	4	125939	125950	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	59561393
150	NC_005973	AGAA	3	126698	126708	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	50234053
151	NC_005973	GAAAA	3	127257	127272	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
152	NC_005973	ATA	4	130552	130562	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50234055
153	NC_005973	TGAA	3	131268	131279	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	50234056
154	NC_005973	CTTT	3	131286	131297	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	50234056
155	NC_005973	CATT	3	134069	134079	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	50234064
156	NC_005973	ATTCT	3	134080	134093	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	50234064
157	NC_005973	A	15	134478	134492	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Oryza nivara chloroplast