ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Saccharum hybrid cultivar SP-80-3280 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_005878	TTC	4	1791	1803	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	48478710
2	NC_005878	TTC	4	2257	2268	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	48478711
3	NC_005878	CTT	4	3384	3395	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	48478712
4	NC_005878	AAT	4	3893	3905	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	48478714
5	NC_005878	ATA	4	12295	12305	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_005878	TAC	4	14112	14123	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
7	NC_005878	AAG	4	27626	27637	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	48478728
8	NC_005878	CAA	4	32799	32809	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	48478731
9	NC_005878	TTA	4	33623	33633	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_005878	TTG	4	34081	34091	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_005878	ATT	4	35736	35746	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	48478736
12	NC_005878	TTC	5	35912	35926	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	48478736
13	NC_005878	TAA	4	38933	38943	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_005878	GTA	4	50995	51006	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	48478793
15	NC_005878	ATT	4	61213	61225	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	48478793
16	NC_005878	CAG	4	62310	62321	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	48478793
17	NC_005878	CTT	4	68393	68403	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	48478793
18	NC_005878	TAT	6	68855	68873	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	48478793
19	NC_005878	GAA	4	70602	70613	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	48478793
20	NC_005878	TTG	4	72918	72928	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	48478793
21	NC_005878	TAA	4	79796	79806	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	48478793
22	NC_005878	ATA	4	82756	82766	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	48478793
23	NC_005878	CTA	4	83093	83104	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	48478793
24	NC_005878	AGA	4	84175	84186	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	48478793
25	NC_005878	AGA	4	91321	91332	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	48478793
26	NC_005878	GAA	4	92054	92065	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	48478793
27	NC_005878	ATT	4	93874	93886	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	48478793
28	NC_005878	ATT	4	94742	94753	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	48478793
29	NC_005878	GTT	5	95543	95557	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	48478793
30	NC_005878	TGC	4	96520	96531	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	48478793
31	NC_005878	ATG	4	102674	102684	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	48478793
32	NC_005878	GCA	4	104572	104583	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	48478793
33	NC_005878	AAG	4	106684	106695	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	48478793
34	NC_005878	GAA	4	110685	110695	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	48478793
35	NC_005878	AAT	4	110704	110714	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	48478793
36	NC_005878	TTC	4	124645	124656	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	48478793
37	NC_005878	ATA	4	126886	126896	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	48478793
38	NC_005878	TTA	4	127422	127433	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	48478793
39	NC_005878	TTC	5	129194	129207	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	48478793
40	NC_005878	TCA	4	131721	131732	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
41	NC_005878	AGA	4	138425	138436	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_005878	TAT	4	139482	139492	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Saccharum hybrid cultivar SP-80-3280 chloroplast