ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Physcomitrella patens subsp. patens chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_005087	TAAAAA	4	21	46	26	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_005087	TAAC	3	126	136	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
3	NC_005087	GTA	4	353	364	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	34501389
4	NC_005087	TAT	4	475	485	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	34501389
5	NC_005087	AAAT	3	550	560	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	34501389
6	NC_005087	A	13	693	705	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	34501389
7	NC_005087	TTTA	3	728	738	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	34501389
8	NC_005087	AGTA	3	823	834	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	34501389
9	NC_005087	T	12	987	998	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	34501389
10	NC_005087	AAAC	3	1183	1193	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	34501389
11	NC_005087	TA	7	1529	1541	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	34501389
12	NC_005087	TAAAAA	3	1801	1819	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	34501389
13	NC_005087	TATTT	3	1822	1836	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	34501389
14	NC_005087	T	12	2753	2764	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	34501389
15	NC_005087	TTA	4	2926	2936	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	34501389
16	NC_005087	TAT	4	3571	3581	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	34501389
17	NC_005087	AAAT	3	3584	3595	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	34501389
18	NC_005087	TAAT	3	3891	3902	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	34501389
19	NC_005087	TAA	4	4408	4418	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	34501389
20	NC_005087	TTTAT	5	4902	4926	25	20 %	80 %	0 %	0 %	8 %	34501389
21	NC_005087	AT	9	5872	5888	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	34501389
22	NC_005087	AAAT	3	6328	6339	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	34501389
23	NC_005087	TATT	3	6357	6368	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	34501389
24	NC_005087	TAAT	3	6404	6415	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	34501389
25	NC_005087	ATTT	3	7008	7020	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	34501389
26	NC_005087	AT	7	7264	7276	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	34501389
27	NC_005087	AT	6	7290	7301	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	34501389
28	NC_005087	TA	7	8433	8446	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	34501389
29	NC_005087	TCT	4	8517	8527	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	34501389
30	NC_005087	A	12	8738	8749	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	34501389
31	NC_005087	TAAA	3	8941	8952	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	34501389
32	NC_005087	AAAT	3	9521	9531	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	34501389
33	NC_005087	TA	7	9737	9749	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	34501389
34	NC_005087	TCGA	3	10463	10473	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	34501389
35	NC_005087	TAA	4	11415	11426	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	34501389
36	NC_005087	TA	7	11462	11474	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	34501389
37	NC_005087	TA	7	11477	11489	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	34501389
38	NC_005087	ATTT	3	11566	11576	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	34501389
39	NC_005087	AGA	4	11670	11681	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34501389
40	NC_005087	TTTTA	3	11774	11788	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	34501389
41	NC_005087	GTTAAA	3	11909	11927	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	10 %	34501389
42	NC_005087	AAAAAT	3	12067	12084	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	34501389
43	NC_005087	TAAA	3	12158	12168	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	34501389
44	NC_005087	ATTT	3	12320	12331	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	34501389
45	NC_005087	AT	7	12761	12774	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	34501389
46	NC_005087	AAAT	5	12837	12855	19	75 %	25 %	0 %	0 %	10 %	34501389
47	NC_005087	TTTA	3	12994	13005	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	34501389
48	NC_005087	TTAAA	3	13058	13071	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	34501389
49	NC_005087	AAAT	3	13380	13391	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	34501389
50	NC_005087	ATTT	3	13636	13646	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_005087	A	13	13801	13813	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_005087	ATA	4	13875	13885	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_005087	AT	17	14217	14250	34	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_005087	ATA	4	14270	14281	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_005087	AT	12	14292	14314	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_005087	AAAAAT	3	14337	14353	17	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
57	NC_005087	ATTT	3	14432	14442	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_005087	GCA	4	14682	14694	13	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	7 %	34501390
59	NC_005087	GTT	4	15017	15027	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	146216940
60	NC_005087	ATA	7	15483	15503	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_005087	ATT	4	15515	15526	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_005087	AT	6	15566	15576	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_005087	AAAT	3	15848	15859	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_005087	TTTTA	4	15862	15880	19	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
65	NC_005087	AT	13	15904	15929	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_005087	TAT	5	16214	16229	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
67	NC_005087	ATT	4	16255	16267	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_005087	ATTT	3	16518	16529	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	34501394
69	NC_005087	TTAAAG	3	16679	16696	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	34501395
70	NC_005087	T	13	16954	16966	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_005087	CAAA	3	17822	17833	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	34501398
72	NC_005087	TTAA	3	17915	17926	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	34501398
73	NC_005087	TGTT	3	17982	17993	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_005087	CTAA	3	18000	18011	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_005087	TAAA	3	18204	18215	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_005087	A	14	18414	18427	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	34501400
77	NC_005087	TA	6	18718	18729	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	34501401
78	NC_005087	T	15	18754	18768	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	34501401
79	NC_005087	T	13	18869	18881	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	34501401
80	NC_005087	A	12	18891	18902	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	34501401
81	NC_005087	TA	6	18910	18920	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34501401
82	NC_005087	TTTTA	3	19190	19204	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
83	NC_005087	GTTT	3	21239	21249	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	34501403
84	NC_005087	GAAAA	3	21257	21270	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	34501403
85	NC_005087	AAT	4	21273	21284	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	34501403
86	NC_005087	TA	6	21519	21530	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	34501403
87	NC_005087	TTTAT	4	21765	21784	20	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	34501404
88	NC_005087	T	15	22038	22052	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	34501404
89	NC_005087	AAAT	3	23023	23034	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_005087	AAT	4	23273	23283	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	34501406
91	NC_005087	ATAA	3	23636	23646	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	34501406
92	NC_005087	A	13	24178	24190	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_005087	A	13	24275	24287	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_005087	AAT	4	26249	26259	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_005087	AATT	3	26303	26313	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_005087	AGA	4	27634	27646	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	34501408
97	NC_005087	ATTT	3	28385	28395	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_005087	TAA	4	28518	28529	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_005087	A	14	28539	28552	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_005087	T	14	28553	28566	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
101	NC_005087	TAA	4	28618	28629	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_005087	ATT	5	29293	29307	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
103	NC_005087	TA	6	29340	29351	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_005087	ATAA	3	29351	29362	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_005087	AATT	3	29370	29381	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_005087	TTTA	3	29464	29475	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	34501410
107	NC_005087	TTGG	3	31034	31046	13	0 %	50 %	50 %	0 %	7 %	126021015
108	NC_005087	ATTT	3	31135	31146	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_005087	A	13	31151	31163	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
110	NC_005087	AAAT	3	31166	31177	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
111	NC_005087	TAA	4	31991	32001	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_005087	AT	6	32054	32064	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_005087	ATA	4	32144	32154	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_005087	AAAAT	3	32176	32189	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
115	NC_005087	A	14	32408	32421	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
116	NC_005087	TAT	5	32582	32597	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
117	NC_005087	TTTG	3	33293	33304	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_005087	ATTA	3	33465	33476	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_005087	ATTT	3	33531	33542	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_005087	TA	6	34565	34575	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34501414
121	NC_005087	AATT	3	35262	35273	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	34501414
122	NC_005087	ATA	4	35497	35508	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
123	NC_005087	ATA	5	35670	35683	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
124	NC_005087	CAT	4	36632	36642	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	34501415
125	NC_005087	GTG	4	37277	37288	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	34501415
126	NC_005087	ATG	4	38136	38146	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	34501416
127	NC_005087	AATT	3	39010	39020	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34501416
128	NC_005087	TAA	4	39538	39549	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	34501416
129	NC_005087	ATTTT	4	40377	40395	19	20 %	80 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
130	NC_005087	TAA	4	40415	40426	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
131	NC_005087	AATAAA	3	40743	40760	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
132	NC_005087	TTAA	3	40850	40861	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
133	NC_005087	AT	7	41197	41210	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
134	NC_005087	T	12	41232	41243	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_005087	ATTTT	3	41395	41409	15	20 %	80 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_005087	AAAT	3	41727	41737	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
137	NC_005087	ATTT	3	41765	41776	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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151	NC_005087	A	12	45899	45910	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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261	NC_005087	TTAA	4	78765	78779	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
262	NC_005087	T	12	79351	79362	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	34501440
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265	NC_005087	AT	7	79835	79847	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
266	NC_005087	TTAAA	3	79862	79875	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Physcomitrella patens subsp. patens chloroplast