ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Calycanthus floridus var. glaucus chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_004993	ACT	4	1844	1854	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
2	NC_004993	AAAT	3	4264	4275	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_004993	T	15	4449	4463	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_004993	TCTCT	3	5184	5197	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	32480825
5	NC_004993	A	17	5397	5413	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	32480825
6	NC_004993	ATTTT	3	6214	6228	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_004993	T	15	7584	7598	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_004993	GA	6	8489	8500	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_004993	T	14	9995	10008	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_004993	GTTT	3	10685	10696	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	32480828
11	NC_004993	GCT	4	11554	11565	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	32480828
12	NC_004993	A	14	12127	12140	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_004993	TTTC	3	12825	12835	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	32480829
14	NC_004993	ATT	4	13582	13594	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_004993	A	14	14231	14244	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_004993	TTTA	3	14419	14430	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_004993	GATT	3	14803	14815	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_004993	TA	6	15127	15137	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_004993	GAT	4	16376	16388	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	32480832
20	NC_004993	CTTT	3	16895	16906	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
21	NC_004993	TCAA	3	17323	17334	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	126023271
22	NC_004993	T	13	19093	19105	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	126023271
23	NC_004993	CCCT	3	19621	19631	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	126023271
24	NC_004993	GTT	4	24126	24137	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	32480834
25	NC_004993	GAAA	3	26766	26778	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	90595843
26	NC_004993	GCTA	3	27958	27969	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
27	NC_004993	AAAG	3	28460	28470	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_004993	AT	9	28497	28513	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
29	NC_004993	AATCA	3	28817	28831	15	60 %	20 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_004993	T	13	28934	28946	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
31	NC_004993	A	12	30931	30942	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_004993	AAAC	3	31044	31054	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
33	NC_004993	AT	6	31882	31895	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_004993	T	13	32166	32178	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_004993	ATGT	3	32419	32430	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_004993	TA	6	33206	33217	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_004993	GAAA	3	35480	35491	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	32480839
38	NC_004993	TTG	4	35885	35895	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	32480839
39	NC_004993	AG	6	36670	36680	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_004993	TAGA	3	36878	36889	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_004993	TC	6	37149	37159	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	32480840
42	NC_004993	AT	11	37394	37413	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
43	NC_004993	GGTAA	3	37526	37540	15	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	Non-Coding
44	NC_004993	A	13	37697	37709	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_004993	TTTC	3	38164	38174	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	32480841
46	NC_004993	GAAT	3	39409	39419	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	32480842
47	NC_004993	ATG	4	39764	39774	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	32480842
48	NC_004993	AATG	3	41257	41268	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	32480843
49	NC_004993	GCA	4	41662	41673	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	32480843
50	NC_004993	TTCCT	3	42971	42984	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
51	NC_004993	TTTA	3	43002	43013	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_004993	TCTT	4	44348	44363	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	32480844
53	NC_004993	TCTT	3	45271	45281	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	32480844
54	NC_004993	A	12	45580	45591	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_004993	ATA	4	46185	46196	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_004993	AGT	4	46869	46880	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	32480845
57	NC_004993	AAG	4	47227	47238	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_004993	TTGA	3	48227	48239	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_004993	AC	6	49031	49042	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
60	NC_004993	TAAT	3	50243	50254	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	154795255
61	NC_004993	TC	6	51725	51736	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
62	NC_004993	AATT	3	52106	52117	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_004993	GTT	5	52461	52474	14	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
64	NC_004993	ACCA	3	55613	55624	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
65	NC_004993	TTAG	3	55963	55974	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_004993	TAA	4	56084	56094	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_004993	TAGT	3	58223	58233	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_004993	TATT	3	58316	58327	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_004993	AGA	4	58991	59002	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	32480852
70	NC_004993	TTA	4	60864	60874	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_004993	AATG	3	62879	62890	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	32480855
72	NC_004993	GTTT	3	63987	63997	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	32480856
73	NC_004993	AAAG	3	64161	64172	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_004993	A	13	64716	64728	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_004993	TAT	4	65089	65100	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_004993	TTA	4	66994	67008	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
77	NC_004993	TTTC	3	67528	67540	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
78	NC_004993	TCTA	3	68157	68168	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_004993	TCT	4	68950	68961	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
80	NC_004993	AAAT	3	69640	69650	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	32480865
81	NC_004993	ATA	4	69738	69749	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_004993	C	12	70435	70446	12	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
83	NC_004993	A	12	71610	71621	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	32480890
84	NC_004993	TTTA	3	71799	71810	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	32480890
85	NC_004993	TAT	5	72079	72094	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	32480890
86	NC_004993	T	14	72844	72857	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	32480890
87	NC_004993	TTTC	3	79119	79129	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	32480890
88	NC_004993	TACG	3	80308	80320	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	32480890
89	NC_004993	GGA	4	81264	81276	13	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	7 %	32480890
90	NC_004993	T	17	81801	81817	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	32480890
91	NC_004993	ACTATA	3	81880	81896	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	32480890
92	NC_004993	GTTA	3	83701	83711	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	32480890
93	NC_004993	ATAGAA	3	83822	83839	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	32480890
94	NC_004993	AT	8	84586	84601	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	32480890
95	NC_004993	CT	7	84602	84615	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	32480890
96	NC_004993	T	13	85410	85422	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	32480890
97	NC_004993	CTT	4	85515	85526	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	32480890
98	NC_004993	GAT	4	87350	87360	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	32480890
99	NC_004993	TTCT	3	89013	89023	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	32480890
100	NC_004993	CTTT	3	90200	90210	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	32480890
101	NC_004993	GAT	4	90355	90366	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	32480890
102	NC_004993	TGAT	3	92028	92040	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	32480890
103	NC_004993	TGA	4	92079	92090	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	32480890
104	NC_004993	AATA	3	92917	92929	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	32480890
105	NC_004993	TTTC	3	92979	92990	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	32480890
106	NC_004993	TCTA	3	95009	95019	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	32480890
107	NC_004993	TCCGG	3	95902	95916	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	32480890
108	NC_004993	TTTGTT	3	98910	98928	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	32480890
109	NC_004993	ATCC	3	103489	103500	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	32480904
110	NC_004993	TCTA	3	103880	103891	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	32480904
111	NC_004993	CAAA	3	103902	103913	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	32480904
112	NC_004993	AAGG	3	104032	104042	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	32480904
113	NC_004993	GAGG	3	106733	106744	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	32480904
114	NC_004993	AGGT	3	106950	106961	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	32480904
115	NC_004993	TAAG	3	108070	108080	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	32480904
116	NC_004993	GGAA	3	110126	110136	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	32480904
117	NC_004993	C	12	110341	110352	12	0 %	0 %	0 %	100 %	8 %	32480904
118	NC_004993	TTCC	3	111042	111053	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	32480904
119	NC_004993	CAAT	3	112566	112576	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	32480904
120	NC_004993	ATCA	3	113066	113077	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	32480904
121	NC_004993	ATTG	3	113091	113101	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	32480904
122	NC_004993	T	13	113870	113882	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	32480904
123	NC_004993	CCTAT	3	114391	114404	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	32480904
124	NC_004993	TA	7	114489	114502	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	32480904
125	NC_004993	A	16	114828	114843	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	32480904
126	NC_004993	GAAA	3	115839	115849	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	32480904
127	NC_004993	TGA	4	116447	116459	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	32480904
128	NC_004993	TTGA	3	118642	118653	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	32480904
129	NC_004993	CGAT	3	118674	118685	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	32480904
130	NC_004993	ATA	5	119129	119142	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	32480904
131	NC_004993	AAGA	3	119800	119810	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	32480904
132	NC_004993	TTCC	3	121739	121750	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	32480904
133	NC_004993	TAAA	3	121775	121785	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	32480904
134	NC_004993	AATC	3	122086	122097	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	32480904
135	NC_004993	TGAA	3	122236	122246	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	32480904
136	NC_004993	TAAA	3	122247	122258	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	32480904
137	NC_004993	AGCC	3	124264	124274	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	32480904
138	NC_004993	TTCT	3	124461	124473	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	32480904
139	NC_004993	T	15	124475	124489	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	32480904
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142	NC_004993	CTTT	4	126884	126899	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	32480904
143	NC_004993	CTT	4	127058	127069	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	32480904
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145	NC_004993	TTCA	3	127339	127351	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	32480904
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149	NC_004993	CCTT	3	136240	136250	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	32480904
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151	NC_004993	GGAT	3	136782	136793	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	32480904
152	NC_004993	TTA	4	140061	140071	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	32480904
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154	NC_004993	CATAC	3	145684	145697	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
155	NC_004993	TGAA	3	147291	147302	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	32480909
156	NC_004993	ATCA	3	148242	148254	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	32480909
157	NC_004993	TGAT	3	148337	148349	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	32480909
158	NC_004993	ATC	4	149916	149927	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	32480909
159	NC_004993	AAAG	3	150072	150082	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	32480909
160	NC_004993	ATC	4	152922	152932	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Calycanthus floridus var. glaucus chloroplast