ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Eimeria tenella strain Penn State apicoplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_004823	TTAT	3	1	11	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_004823	ATTTAT	3	165	181	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
3	NC_004823	AGT	4	214	225	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_004823	TAA	4	336	348	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_004823	TATATT	3	486	503	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
6	NC_004823	TTCC	3	608	620	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
7	NC_004823	TACTT	3	1294	1307	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
8	NC_004823	CTAA	3	1521	1532	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
9	NC_004823	TTAA	3	1673	1684	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_004823	AT	8	1891	1905	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_004823	TTAT	4	1979	1993	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_004823	ATA	4	2261	2271	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_004823	TTA	4	2467	2479	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_004823	TAAA	3	2753	2764	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_004823	GAA	4	2784	2796	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_004823	AAGT	3	3335	3345	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_004823	AAGT	3	3933	3944	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_004823	ATA	4	4148	4159	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_004823	TTATT	3	4439	4452	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_004823	ATA	4	5399	5410	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31442364
21	NC_004823	ATT	4	5542	5553	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31442364
22	NC_004823	AT	6	5777	5787	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	31442364
23	NC_004823	TA	6	5787	5797	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	31442364
24	NC_004823	ATT	4	5815	5826	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31442364
25	NC_004823	ATA	9	5842	5869	28	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	31442364
26	NC_004823	AT	7	6083	6095	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_004823	TAT	4	6207	6218	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_004823	AAAT	3	6417	6427	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_004823	TA	6	6485	6496	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_004823	TAT	4	6524	6534	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_004823	ATA	6	6725	6742	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
32	NC_004823	AATT	3	6910	6922	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_004823	AAATA	3	6940	6953	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	31442365
34	NC_004823	AATA	3	6971	6983	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	31442365
35	NC_004823	AT	6	7015	7026	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	31442365
36	NC_004823	TAA	4	7105	7116	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31442365
37	NC_004823	AT	6	7469	7479	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	31442365
38	NC_004823	ATA	4	7780	7791	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31442366
39	NC_004823	AT	6	7844	7855	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	31442366
40	NC_004823	GGA	5	8283	8297	15	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	6 %	31442366
41	NC_004823	TATAAA	3	8577	8594	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	31442367
42	NC_004823	A	12	8590	8601	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	31442367
43	NC_004823	A	15	8629	8643	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	31442367
44	NC_004823	ATT	4	8682	8693	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31442367
45	NC_004823	TAT	4	8867	8878	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	301088585
46	NC_004823	ATT	4	8880	8890	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	301088585
47	NC_004823	ATATT	3	8895	8909	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	301088585
48	NC_004823	TTTA	3	9612	9623	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	31442369
49	NC_004823	AAATAA	3	9814	9831	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	31442370
50	NC_004823	TAA	4	9895	9907	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	31442370
51	NC_004823	AT	8	9935	9951	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	31442371
52	NC_004823	A	12	10264	10275	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	31442371
53	NC_004823	AT	6	10444	10455	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	31442372
54	NC_004823	TAAAA	3	10558	10571	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	31442372
55	NC_004823	TATTT	3	10610	10623	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	31442372
56	NC_004823	CAAT	3	10722	10733	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	31442373
57	NC_004823	A	14	10877	10890	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	31442373
58	NC_004823	AT	6	11065	11078	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	31442373
59	NC_004823	AAT	4	11079	11089	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31442373
60	NC_004823	AATTAA	3	11203	11220	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	31442373
61	NC_004823	AT	7	11284	11296	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	31442374
62	NC_004823	ATTT	3	11307	11319	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	31442374
63	NC_004823	AT	6	11446	11458	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	31442374
64	NC_004823	ATT	4	11521	11531	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	31442374
65	NC_004823	ATT	4	11776	11786	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	31442374
66	NC_004823	AT	6	11805	11816	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	31442374
67	NC_004823	TCT	4	11870	11881	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	31442374
68	NC_004823	ATT	5	11890	11903	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	31442374
69	NC_004823	AATT	3	11911	11921	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	31442374
70	NC_004823	AT	6	11945	11955	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_004823	ATA	4	12129	12139	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31442375
72	NC_004823	TAAA	3	12162	12174	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	31442376
73	NC_004823	AGAA	3	12325	12336	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	31442376
74	NC_004823	TAAA	3	12547	12558	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_004823	TAT	4	12577	12587	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	31442377
76	NC_004823	TTAA	3	12596	12607	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	31442377
77	NC_004823	AAGAA	3	12618	12632	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	31442377
78	NC_004823	TTTA	3	12965	12976	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_004823	TTTA	3	13004	13014	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	31442378
80	NC_004823	TAT	4	13076	13087	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31442378
81	NC_004823	TTTA	3	13376	13387	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_004823	ATAA	3	13388	13399	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_004823	TAATTA	3	13405	13422	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
84	NC_004823	TAAA	3	13990	14000	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	31442379
85	NC_004823	ATT	4	14619	14631	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	31442379
86	NC_004823	TAAT	4	14632	14646	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	31442379
87	NC_004823	ATA	4	14653	14664	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31442380
88	NC_004823	A	15	14679	14693	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	31442380
89	NC_004823	AT	7	14715	14727	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	31442380
90	NC_004823	AT	7	14755	14768	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	31442380
91	NC_004823	AAAT	3	14788	14799	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	31442380
92	NC_004823	AACTT	3	15151	15165	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	126022809
93	NC_004823	ATA	4	15253	15264	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	126022809
94	NC_004823	AT	6	15461	15472	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	126022809
95	NC_004823	TAAAA	3	15604	15617	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	31442382
96	NC_004823	ATA	4	15834	15845	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31442383
97	NC_004823	ATA	4	15991	16001	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31442383
98	NC_004823	TAA	5	16085	16100	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
99	NC_004823	TAA	4	16217	16228	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	31442384
100	NC_004823	TTTA	3	16387	16397	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	31442384
101	NC_004823	AATTT	3	16844	16857	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	31442384
102	NC_004823	ATA	4	16869	16879	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31442384
103	NC_004823	ATTT	3	16902	16912	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	31442384
104	NC_004823	ATT	4	16966	16977	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31442384
105	NC_004823	AAT	4	17132	17143	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31442384
106	NC_004823	TAT	4	17359	17370	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31442384
107	NC_004823	TCT	4	17432	17442	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	31442384
108	NC_004823	ATA	4	18081	18091	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	31442384
109	NC_004823	TTAATT	3	18225	18242	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	31442384
110	NC_004823	TAAATA	3	18505	18522	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	31442385
111	NC_004823	AATATA	3	18596	18613	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	31442385
112	NC_004823	ATA	4	18710	18722	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	31442385
113	NC_004823	ATA	4	19017	19028	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31442386
114	NC_004823	AAAT	3	19049	19060	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	31442386
115	NC_004823	TTA	4	19122	19132	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	31442387
116	NC_004823	TAA	4	19221	19232	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	31442387
117	NC_004823	AATT	3	19291	19302	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	31442387
118	NC_004823	ATTTTA	3	19335	19352	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	31442387
119	NC_004823	TA	7	19509	19521	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	31442387
120	NC_004823	TA	11	19608	19633	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	31442387
121	NC_004823	T	14	19749	19762	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	31442387
122	NC_004823	ATT	4	19812	19822	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
123	NC_004823	TTAA	3	20079	20090	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_004823	TAA	4	20317	20327	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
125	NC_004823	AAT	4	20350	20361	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_004823	TA	7	20728	20740	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
127	NC_004823	TA	9	20745	20761	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
128	NC_004823	AATT	3	20769	20779	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
129	NC_004823	TAT	4	20787	20797	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
130	NC_004823	AAT	4	20798	20808	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
131	NC_004823	ATT	4	20867	20877	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
132	NC_004823	ATAA	3	20882	20893	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_004823	T	13	20996	21008	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
134	NC_004823	TAAA	3	21078	21090	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
135	NC_004823	AT	7	21090	21104	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
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174	NC_004823	ACTT	3	31375	31385	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
175	NC_004823	AATTA	3	31713	31727	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
176	NC_004823	ATA	4	32240	32252	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
177	NC_004823	AT	6	32822	32832	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
178	NC_004823	TTAA	3	33036	33047	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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181	NC_004823	AAGG	3	34095	34105	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
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183	NC_004823	TAC	4	34494	34505	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
184	NC_004823	ATT	4	34724	34734	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Eimeria tenella strain Penn State apicoplast