ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cyanidioschyzon merolae strain 10D chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_004799	ATT	4	1245	1255	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	30468048
2	NC_004799	GAT	4	2909	2920	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	30468051
3	NC_004799	TGCA	3	3830	3841	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	30468052
4	NC_004799	CAAAA	3	3936	3949	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	30468053
5	NC_004799	ATG	4	4119	4130	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	30468053
6	NC_004799	GAAAA	3	6375	6390	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	30468055
7	NC_004799	TATAAC	3	7277	7295	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
8	NC_004799	TATTCT	5	7389	7420	32	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	9 %	Non-Coding
9	NC_004799	GCA	5	7675	7689	15	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	30468058
10	NC_004799	A	13	9404	9416	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	30468059
11	NC_004799	TCCC	3	10529	10540	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	30468061
12	NC_004799	TGATT	3	11595	11608	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	30468062
13	NC_004799	TAA	4	12278	12289	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	30468063
14	NC_004799	TAAA	3	12380	12392	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	30468063
15	NC_004799	AAC	4	13509	13520	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
16	NC_004799	TTC	4	14036	14047	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	30468065
17	NC_004799	TAAG	3	15021	15032	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	30468066
18	NC_004799	AGAA	3	16765	16775	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_004799	ATGA	3	17018	17029	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	30468068
20	NC_004799	CAGT	3	20279	20290	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
21	NC_004799	TG	6	22002	22012	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_004799	TACC	3	23536	23546	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	30468072
23	NC_004799	TCT	4	24359	24370	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	30468073
24	NC_004799	CCAT	3	26295	26305	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	30468077
25	NC_004799	CAA	4	27359	27370	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	30468078
26	NC_004799	TGAT	3	28088	28100	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	30468079
27	NC_004799	AAG	4	30204	30215	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	30468083
28	NC_004799	ATTA	3	31046	31057	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	30468084
29	NC_004799	TTC	4	32113	32124	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	30468087
30	NC_004799	ATT	4	32297	32308	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	30468087
31	NC_004799	TGC	4	34563	34574	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	30468092
32	NC_004799	GTATG	3	36123	36136	14	20 %	40 %	40 %	0 %	7 %	30468094
33	NC_004799	CTG	4	43684	43695	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	30468099
34	NC_004799	GGTA	3	44764	44775	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_004799	TGG	4	45034	45044	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	30468103
36	NC_004799	ACT	4	45389	45400	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	30468105
37	NC_004799	AAG	4	46445	46456	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	30468107
38	NC_004799	AGA	5	46643	46658	16	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	30468107
39	NC_004799	AGAA	4	47049	47064	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	30468107
40	NC_004799	GAA	4	48096	48108	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
41	NC_004799	AGA	4	48195	48207	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
42	NC_004799	AG	6	49103	49113	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_004799	AAAT	3	49490	49500	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	30468110
44	NC_004799	GAATGA	3	49764	49781	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	5 %	30468110
45	NC_004799	AGA	4	49864	49876	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	30468111
46	NC_004799	GA	6	49956	49967	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	30468111
47	NC_004799	TAGA	3	50269	50279	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	30468111
48	NC_004799	AAG	4	50523	50534	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	30468111
49	NC_004799	AGT	4	51568	51580	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
50	NC_004799	ATGA	4	51614	51634	21	50 %	25 %	25 %	0 %	4 %	Non-Coding
51	NC_004799	GAA	4	51633	51643	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_004799	TTA	4	52777	52788	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	30468115
53	NC_004799	TGG	4	54163	54174	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	92087139
54	NC_004799	AGA	4	55878	55889	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_004799	ACC	4	56266	56277	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	30468120
56	NC_004799	TTG	4	56494	56506	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	30468120
57	NC_004799	AAC	4	56686	56697	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	30468120
58	NC_004799	TTGC	3	58124	58134	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
59	NC_004799	CTTA	3	58355	58365	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	30468122
60	NC_004799	CTT	4	61710	61721	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
61	NC_004799	TTTCA	3	61738	61751	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
62	NC_004799	TC	7	63215	63227	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	30468129
63	NC_004799	ATG	5	63624	63638	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	30468129
64	NC_004799	TCAA	3	64350	64361	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	30468130
65	NC_004799	TCC	4	67084	67095	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
66	NC_004799	TTG	4	67508	67519	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	30468134
67	NC_004799	GCA	4	68877	68888	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	30468134
68	NC_004799	CATAT	3	69801	69815	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
69	NC_004799	TTTC	3	70714	70724	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	30468137
70	NC_004799	ATC	4	71329	71339	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	30468137
71	NC_004799	CAT	4	72438	72448	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	30468138
72	NC_004799	ATG	4	72881	72892	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	30468139
73	NC_004799	TGAT	3	72945	72955	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	30468139
74	NC_004799	GAG	4	73924	73935	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	30468139
75	NC_004799	TGTT	3	75127	75137	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	30468140
76	NC_004799	CATA	3	75830	75842	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	30468141
77	NC_004799	GGTT	3	76255	76265	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	30468142
78	NC_004799	ACA	4	76605	76616	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	30468142
79	NC_004799	AGT	4	76788	76799	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	30468142
80	NC_004799	TGA	4	77359	77370	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	30468144
81	NC_004799	TATG	3	77974	77986	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	30468145
82	NC_004799	TCT	4	80581	80592	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
83	NC_004799	TTA	4	82837	82848	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	30468151
84	NC_004799	CAT	4	89415	89425	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	30468158
85	NC_004799	GCA	4	90056	90066	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	30468158
86	NC_004799	GAAAA	3	90878	90892	15	80 %	0 %	20 %	0 %	0 %	30468159
87	NC_004799	AAGG	3	91413	91423	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	30468160
88	NC_004799	ATG	4	93116	93127	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	30468165
89	NC_004799	ATA	4	93445	93456	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_004799	AATG	3	94353	94364	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	30468168
91	NC_004799	TTTG	3	94423	94434	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	30468168
92	NC_004799	TGA	4	95423	95434	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	30468171
93	NC_004799	CTTT	3	99295	99305	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	30468175
94	NC_004799	AAAC	3	99487	99499	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	30468175
95	NC_004799	ACA	4	100533	100543	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	30468176
96	NC_004799	ACAG	3	100589	100599	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	30468176
97	NC_004799	TGTA	3	101333	101344	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	30468176
98	NC_004799	GAA	4	101393	101403	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	30468176
99	NC_004799	AAG	5	101568	101581	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	30468176
100	NC_004799	CAATG	3	102706	102720	15	40 %	20 %	20 %	20 %	0 %	30468177
101	NC_004799	AT	9	104320	104336	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
102	NC_004799	GTG	4	107373	107384	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	30468183
103	NC_004799	GTAG	3	107988	108000	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	30468185
104	NC_004799	TGG	4	108562	108573	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	30468185
105	NC_004799	TTTA	3	112132	112143	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	126165894
106	NC_004799	GTA	4	113061	113073	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	30468198
107	NC_004799	AAGG	3	113620	113630	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	30468199
108	NC_004799	GAAT	3	114755	114766	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	30468201
109	NC_004799	AAAC	3	116015	116026	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	30468203
110	NC_004799	TAA	4	116618	116629	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	30468205
111	NC_004799	AATC	3	117622	117632	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	126165893
112	NC_004799	GCA	4	119424	119435	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	30468210
113	NC_004799	AAGC	3	119500	119511	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	30468210
114	NC_004799	T	12	119521	119532	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_004799	CATCA	3	120363	120376	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	30468212
116	NC_004799	CTT	4	120549	120560	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	30468213
117	NC_004799	CTT	4	123984	123995	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	30468217
118	NC_004799	TTAA	3	124277	124289	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	30468218
119	NC_004799	TC	6	127916	127926	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	30468226
120	NC_004799	TGG	4	129505	129516	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	30468229
121	NC_004799	TTAT	3	135702	135712	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	30468230
122	NC_004799	CATT	3	136589	136601	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	30468231
123	NC_004799	CAAA	3	138508	138519	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
124	NC_004799	AAC	5	139156	139170	15	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	6 %	30468235
125	NC_004799	CAAAT	3	139475	139488	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	30468236
126	NC_004799	AAGA	3	139980	139990	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	30468237
127	NC_004799	ATG	4	140343	140353	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	30468238
128	NC_004799	TAAAA	3	144294	144308	15	80 %	20 %	0 %	0 %	0 %	30468247
129	NC_004799	CTTT	3	144341	144351	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
130	NC_004799	CAA	4	145517	145528	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	30468249
131	NC_004799	AAAG	3	146800	146810	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	30468251

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Cyanidioschyzon merolae strain 10D chloroplast