ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Pinus koraiensis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_004677	GATG	3	1375	1387	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	145408430
2	NC_004677	ATC	4	1909	1919	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	29565586
3	NC_004677	AGA	4	2121	2132	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	29565586
4	NC_004677	ATGA	3	4119	4130	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	145408434
5	NC_004677	ATC	4	5138	5148	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	29565559
6	NC_004677	CTA	4	6024	6034	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	29565559
7	NC_004677	GAAA	3	6366	6376	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	145408439
8	NC_004677	TCTTT	3	7032	7046	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
9	NC_004677	GATAC	3	7251	7264	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
10	NC_004677	TCT	4	7359	7369	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	29565564
11	NC_004677	GA	6	7716	7727	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_004677	AAGAG	4	9189	9208	20	60 %	0 %	40 %	0 %	10 %	Non-Coding
13	NC_004677	GTT	4	12107	12118	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	29565715
14	NC_004677	AATT	3	12175	12186	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	29565715
15	NC_004677	ATTT	3	12664	12676	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	29565715
16	NC_004677	AAGGA	3	12731	12745	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	29565715
17	NC_004677	CCTTC	3	12917	12931	15	0 %	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
18	NC_004677	T	21	13068	13088	21	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
19	NC_004677	CAG	4	13312	13323	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	29565569
20	NC_004677	C	12	15012	15023	12	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	145408453
21	NC_004677	T	14	15024	15037	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	145408453
22	NC_004677	ATTT	3	17196	17208	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	29565574
23	NC_004677	TA	6	18791	18802	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	29565574
24	NC_004677	CAT	4	20016	20026	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	29565714
25	NC_004677	A	14	21453	21466	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	29565714
26	NC_004677	TGCTT	3	21670	21683	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	29565714
27	NC_004677	GTT	4	22453	22464	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	29565714
28	NC_004677	TA	6	25289	25299	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	29565582
29	NC_004677	A	12	25877	25888	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_004677	ATCC	3	26183	26193	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	145408469
31	NC_004677	TTA	4	26779	26790	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_004677	TTAA	3	28600	28611	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_004677	AAAG	3	29488	29499	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	145408475
34	NC_004677	AATTC	3	31838	31852	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	145408422
35	NC_004677	GTT	4	32043	32053	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	145408422
36	NC_004677	GTA	4	32337	32348	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	145408422
37	NC_004677	AAAT	3	33942	33954	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	145408422
38	NC_004677	ACAA	3	35239	35250	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	145408422
39	NC_004677	T	14	36626	36639	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	145408422
40	NC_004677	TAA	4	37249	37260	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	145408422
41	NC_004677	TCT	4	39310	39321	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	145408422
42	NC_004677	CT	6	39494	39505	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	145408422
43	NC_004677	GAAA	3	40660	40670	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	145408422
44	NC_004677	TTTA	3	41237	41248	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	145408422
45	NC_004677	AAT	4	41437	41447	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	145408422
46	NC_004677	AT	6	42654	42665	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	145408422
47	NC_004677	GATA	3	42683	42694	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	145408422
48	NC_004677	T	26	44833	44858	26	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	145408422
49	NC_004677	GGA	4	45515	45526	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	145408422
50	NC_004677	TA	6	47837	47848	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	145408422
51	NC_004677	T	12	48012	48023	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	145408422
52	NC_004677	ATA	4	48992	49002	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	145408422
53	NC_004677	GAAA	3	49460	49470	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	145408422
54	NC_004677	TC	6	50534	50545	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	145408422
55	NC_004677	TTTC	3	50763	50773	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	145408422
56	NC_004677	T	15	50927	50941	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	145408422
57	NC_004677	GATCC	3	51333	51346	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	145408422
58	NC_004677	ATTC	3	51618	51629	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	145408422
59	NC_004677	A	17	53462	53478	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	145408422
60	NC_004677	ATTT	3	54266	54277	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	145408422
61	NC_004677	AAT	4	55747	55757	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	145408422
62	NC_004677	T	12	56471	56482	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	145408422
63	NC_004677	AATTC	3	57740	57753	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	145408422
64	NC_004677	TA	6	58449	58459	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	145408422
65	NC_004677	A	12	59751	59762	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	145408422
66	NC_004677	TCGT	3	60071	60081	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	145408422
67	NC_004677	AGTT	3	60336	60346	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	145408422
68	NC_004677	ATA	4	61230	61241	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	145408422
69	NC_004677	CT	6	61409	61419	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	145408422
70	NC_004677	CTT	4	62462	62472	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	145408422
71	NC_004677	T	16	62569	62584	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	145408422
72	NC_004677	TC	7	63328	63340	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	145408422
73	NC_004677	TCTT	3	63366	63377	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	145408422
74	NC_004677	AATT	3	63686	63696	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	145408422
75	NC_004677	T	17	64423	64439	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	145408422
76	NC_004677	TAT	4	64473	64483	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	145408422
77	NC_004677	AT	6	64512	64522	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	145408422
78	NC_004677	T	12	68131	68142	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	145408422
79	NC_004677	T	14	70494	70507	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	145408422
80	NC_004677	AT	7	72003	72016	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	145408422
81	NC_004677	AT	8	72033	72048	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	145408422
82	NC_004677	CAT	4	73199	73209	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	145408422
83	NC_004677	GGA	4	74054	74064	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	145408422
84	NC_004677	AATT	3	75577	75587	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	145408422
85	NC_004677	AGA	4	76987	76997	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	145408422
86	NC_004677	AT	12	77660	77681	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	145408422
87	NC_004677	TTTGA	3	77738	77752	15	20 %	60 %	20 %	0 %	0 %	145408422
88	NC_004677	CATT	3	77767	77778	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	145408422
89	NC_004677	GGGAG	3	77855	77869	15	20 %	0 %	80 %	0 %	6 %	145408422
90	NC_004677	T	16	78259	78274	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	145408422
91	NC_004677	GAT	4	78283	78294	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	145408422
92	NC_004677	CT	6	78468	78478	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	145408422
93	NC_004677	A	15	78518	78532	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	145408422
94	NC_004677	CTG	4	78736	78747	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	145408422
95	NC_004677	GAA	4	78782	78793	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	145408422
96	NC_004677	AG	6	79252	79263	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	145408422
97	NC_004677	TTTC	3	79632	79643	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	145408422
98	NC_004677	GATC	3	81288	81299	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	145408422
99	NC_004677	ATCC	3	84935	84946	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	145408422
100	NC_004677	GAGG	3	88192	88203	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	145408422
101	NC_004677	AGGT	3	88399	88410	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	145408422
102	NC_004677	AACC	3	90032	90044	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	145408422
103	NC_004677	TCA	4	90776	90786	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	145408422
104	NC_004677	TGG	4	92157	92168	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	145408422
105	NC_004677	AATTGG	3	92686	92704	19	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10 %	145408422
106	NC_004677	AGA	4	95664	95674	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	145408422
107	NC_004677	GTGATG	3	96658	96675	18	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	0 %	145408422
108	NC_004677	TAT	4	97168	97178	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	145408422
109	NC_004677	TAGA	3	97607	97618	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	145408422
110	NC_004677	GAAA	3	98196	98206	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	145408422
111	NC_004677	A	13	98563	98575	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	145408422
112	NC_004677	A	14	100103	100116	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	145408422
113	NC_004677	TTCT	3	100279	100289	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	145408422
114	NC_004677	T	16	100323	100338	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	145408422
115	NC_004677	T	13	101205	101217	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	145408422
116	NC_004677	ATTT	3	101435	101446	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	145408422
117	NC_004677	TCCA	3	101651	101662	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	145408422
118	NC_004677	AGA	4	103622	103634	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	145408422
119	NC_004677	AAAT	3	103779	103789	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	145408422
120	NC_004677	TTCA	3	104391	104402	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	145408422
121	NC_004677	TA	6	104549	104559	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	145408422
122	NC_004677	GAT	4	104940	104950	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	145408422
123	NC_004677	TAA	4	105259	105270	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	145408422
124	NC_004677	A	15	106554	106568	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	145408422
125	NC_004677	GTA	4	106773	106784	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	145408422
126	NC_004677	AAAG	3	107259	107270	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	145408422
127	NC_004677	TCTA	3	107988	107999	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
128	NC_004677	T	12	108737	108748	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	145408632
129	NC_004677	ATTT	3	108898	108908	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
130	NC_004677	AT	7	109334	109347	14	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_004677	ATCCAT	4	110983	111006	24	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	145408635
132	NC_004677	TAC	4	116074	116084	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	145408635
133	NC_004677	CT	6	116310	116320	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	145408635
134	NC_004677	T	12	116320	116331	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	145408635

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Pinus koraiensis chloroplast