ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Ciona intestinalis mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_004447	A	14	315	328	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_004447	AT	6	483	494	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_004447	ATA	4	596	607	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_004447	TCAT	3	759	771	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
5	NC_004447	T	17	899	915	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	48860549
6	NC_004447	T	12	1168	1179	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	48860549
7	NC_004447	AATT	3	1243	1254	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	48860549
8	NC_004447	ATT	4	1570	1582	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_004447	TAT	4	1798	1808	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	27228446
10	NC_004447	TTTA	3	1813	1824	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	27228446
11	NC_004447	T	16	1896	1911	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	27228446
12	NC_004447	TAT	4	2254	2265	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	27228446
13	NC_004447	AATT	3	2688	2699	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	324997094
14	NC_004447	T	13	3225	3237	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	324997094
15	NC_004447	T	16	4858	4873	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	27228449
16	NC_004447	T	19	5052	5070	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	27228449
17	NC_004447	AAAT	3	5264	5274	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_004447	TTA	6	5342	5359	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	27228450
19	NC_004447	TACT	3	5393	5403	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	27228450
20	NC_004447	AAT	4	5448	5459	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	27228450
21	NC_004447	ATTT	4	6800	6818	19	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	48860550
22	NC_004447	ATT	4	6821	6831	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	48860550
23	NC_004447	ATA	4	7238	7249	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	48860550
24	NC_004447	AATA	3	7467	7478	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	48860550
25	NC_004447	GTTTT	3	7652	7665	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	48860550
26	NC_004447	TTTA	3	8178	8188	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_004447	ACAT	3	8268	8279	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
28	NC_004447	GATA	3	8920	8932	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_004447	CTT	5	9055	9069	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	27228453
30	NC_004447	TA	6	9430	9440	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	48860551
31	NC_004447	AT	6	10391	10401	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	48860551
32	NC_004447	TCT	4	10450	10461	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	48860551
33	NC_004447	TTTA	3	10564	10575	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	48860551
34	NC_004447	T	16	10706	10721	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	48860551
35	NC_004447	AAAT	3	11110	11121	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_004447	AT	6	11123	11134	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_004447	AGA	4	11488	11498	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	27228455
38	NC_004447	T	13	11557	11569	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	27228455
39	NC_004447	AATT	3	11598	11609	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	27228455
40	NC_004447	AAAAT	3	11878	11892	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	27228455
41	NC_004447	TAT	4	11986	11996	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	27228455
42	NC_004447	TTTTC	3	13576	13589	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	27228456
43	NC_004447	TTTC	3	13906	13917	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	27228456
44	NC_004447	ATA	4	14007	14018	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	27228456
45	NC_004447	TAA	4	14234	14245	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	27228456
46	NC_004447	TTTA	3	14357	14367	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	27228456
47	NC_004447	ATT	4	14492	14502	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	27228456
48	NC_004447	ATT	4	14662	14672	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	27228456
49	NC_004447	T	15	14695	14709	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	27228456

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Ciona intestinalis mitochondrion