ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Hypocrea jecorina mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_003388	AAT	4	279	290	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	18640465
2	NC_003388	TTA	4	535	547	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	18640465
3	NC_003388	TAA	5	1517	1531	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
4	NC_003388	CTA	4	2381	2392	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	18640464
5	NC_003388	TTA	4	3241	3251	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_003388	ATA	4	3271	3281	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_003388	AAT	4	3346	3357	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	18640463
8	NC_003388	AT	7	3567	3579	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_003388	TA	6	4460	4473	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_003388	AAAATT	3	4565	4583	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
11	NC_003388	A	12	4640	4651	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_003388	GAG	4	5417	5427	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_003388	AATG	3	5553	5563	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_003388	T	14	5852	5865	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_003388	T	13	6795	6807	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_003388	TTA	4	7242	7252	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	18640456
17	NC_003388	ATC	4	7524	7535	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	0 %	18640456
18	NC_003388	TA	6	7916	7926	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_003388	TTAA	3	8886	8896	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_003388	TA	6	8901	8911	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_003388	TAA	4	9373	9384	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_003388	ATT	4	9388	9399	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_003388	TA	6	9627	9638	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_003388	TA	7	9688	9701	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_003388	TTTA	3	10667	10677	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_003388	GTAA	3	10760	10771	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_003388	TAAT	3	11500	11511	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_003388	TAA	5	12080	12094	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
29	NC_003388	TAA	4	12591	12602	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	18640452
30	NC_003388	A	12	12648	12659	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	18640452
31	NC_003388	TAT	4	12707	12717	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	18640452
32	NC_003388	TAAC	3	12987	12998	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	18640452
33	NC_003388	AAAT	3	13380	13391	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	18640452
34	NC_003388	AT	11	14058	14078	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_003388	TA	6	14309	14320	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_003388	GCAAA	3	15374	15387	14	60 %	0 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
37	NC_003388	TTC	4	15908	15919	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
38	NC_003388	ATA	4	16648	16659	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	18640451
39	NC_003388	TAT	4	17030	17042	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	18640451
40	NC_003388	TA	6	17123	17133	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	18640451
41	NC_003388	TA	6	17136	17146	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	18640451
42	NC_003388	TTA	5	17865	17878	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	18640451
43	NC_003388	ATTT	3	18040	18050	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	18640451
44	NC_003388	ATA	4	18140	18151	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	18640451
45	NC_003388	ATA	4	18179	18189	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	18640451
46	NC_003388	AT	6	18417	18427	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	18640460
47	NC_003388	A	12	18743	18754	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_003388	GCTT	3	18755	18766	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
49	NC_003388	TGGG	3	20355	20366	12	0 %	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_003388	AATTTT	3	20414	20432	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
51	NC_003388	AT	6	20455	20466	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	18640453
52	NC_003388	CTA	4	20817	20827	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	18640453
53	NC_003388	TAA	4	20833	20843	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	18640453
54	NC_003388	ATT	4	21770	21781	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	18640453
55	NC_003388	TTA	4	21828	21838	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	18640466
56	NC_003388	ATTT	3	21855	21867	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	18640466
57	NC_003388	TA	6	22173	22183	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	18640466
58	NC_003388	ATGG	3	22718	22728	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	18640466
59	NC_003388	AT	8	22994	23008	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	18640466
60	NC_003388	TAAT	3	23033	23044	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	18640466
61	NC_003388	TTTA	3	23224	23234	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	18640466
62	NC_003388	CTAT	3	24147	24157	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	18640461
63	NC_003388	AAC	4	24430	24441	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	18640450
64	NC_003388	TTTA	3	24659	24670	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	18640450
65	NC_003388	ATT	4	25330	25341	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	18640450
66	NC_003388	AGT	4	25918	25929	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	18640450
67	NC_003388	TGAA	3	26699	26710	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_003388	GAA	4	26754	26765	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_003388	TAC	4	26993	27004	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
70	NC_003388	TAAA	3	27293	27304	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_003388	TAT	4	27322	27332	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_003388	ATA	7	27798	27818	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	21200770
73	NC_003388	ATA	4	28876	28886	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	21200770
74	NC_003388	GAT	4	29873	29884	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	21200770
75	NC_003388	TTA	4	31224	31236	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_003388	TA	8	31235	31249	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
77	NC_003388	AAATA	4	31250	31268	19	80 %	20 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
78	NC_003388	TAT	5	31935	31949	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	18640468
79	NC_003388	TTA	4	32099	32110	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	18640468
80	NC_003388	TAA	4	32725	32736	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	18640468
81	NC_003388	TTA	6	33471	33488	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	18640468
82	NC_003388	GTTT	3	33626	33637	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	18640468
83	NC_003388	AATT	3	33959	33970	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	18640468
84	NC_003388	GATT	4	34042	34057	16	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	18640468
85	NC_003388	TTAA	3	34644	34655	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	18640468
86	NC_003388	TA	6	36344	36354	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	18640468
87	NC_003388	ATT	4	37147	37159	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	18640468
88	NC_003388	TAAAT	3	37183	37196	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	18640468
89	NC_003388	TAA	4	37345	37356	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	18640468
90	NC_003388	ATA	4	37790	37801	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	18640468
91	NC_003388	TAT	4	39055	39066	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	18640468
92	NC_003388	TTAT	3	39161	39171	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	18640468
93	NC_003388	TCCT	3	39433	39443	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	18640468
94	NC_003388	AATT	5	39718	39736	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	18640468
95	NC_003388	ATA	4	40244	40254	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_003388	AAAT	3	40427	40437	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_003388	TAAG	3	40641	40651	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_003388	TAC	4	40907	40918	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	18640455
99	NC_003388	TTAAAA	3	41041	41058	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	18640455
100	NC_003388	TTTTA	3	41090	41103	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	18640455
101	NC_003388	TAT	4	41336	41348	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	18640455

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Hypocrea jecorina mitochondrion