ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Medicago truncatula chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_003119	ATT	4	919	930	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	153012156
2	NC_003119	AAG	4	1576	1587	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	153012156
3	NC_003119	TTA	4	2651	2661	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_003119	TAA	4	2745	2757	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_003119	ATA	4	2767	2779	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_003119	GAA	4	3726	3736	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_003119	AAT	4	8496	8507	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_003119	TTC	5	9474	9488	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	153012164
9	NC_003119	TCT	4	10137	10148	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	153012164
10	NC_003119	TCT	4	12927	12938	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	153012166
11	NC_003119	TAT	5	13116	13129	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_003119	CTT	4	14652	14663	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	153012167
13	NC_003119	CTT	4	17787	17798	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	153012167
14	NC_003119	TAT	4	28541	28554	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_003119	AGA	4	28906	28917	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_003119	AAT	5	28937	28951	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
17	NC_003119	TCT	4	31536	31548	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	153012189
18	NC_003119	ATC	8	35068	35091	24	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	4 %	153012189
19	NC_003119	ACC	4	35815	35825	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	153012189
20	NC_003119	AAG	4	36076	36087	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	153012189
21	NC_003119	CTT	8	36973	36995	23	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	153012189
22	NC_003119	CTT	4	38250	38262	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	153012189
23	NC_003119	ATC	4	39505	39515	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	153012189
24	NC_003119	TGG	4	41272	41283	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	153012189
25	NC_003119	GAA	5	41343	41357	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	153012189
26	NC_003119	TTA	4	43556	43567	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	153012189
27	NC_003119	TTG	4	44786	44797	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	153012189
28	NC_003119	ATA	4	44896	44906	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	153012189
29	NC_003119	ATG	4	44909	44920	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	153012189
30	NC_003119	ATA	4	45304	45317	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	153012189
31	NC_003119	TAT	4	45615	45625	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	153012189
32	NC_003119	AGA	4	48196	48207	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	153012189
33	NC_003119	CAA	4	53142	53152	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	153012189
34	NC_003119	ATT	4	54814	54825	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	153012189
35	NC_003119	ATT	4	55110	55120	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	153012189
36	NC_003119	TGA	4	56266	56277	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	153012189
37	NC_003119	ACT	4	56542	56552	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	153012189
38	NC_003119	TTC	4	58177	58188	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
39	NC_003119	GTT	4	58517	58527	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	153012191
40	NC_003119	GAA	4	59163	59174	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_003119	ATA	4	59801	59813	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
42	NC_003119	TTA	5	59961	59974	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
43	NC_003119	TAA	4	61290	61302	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_003119	ATT	4	62845	62856	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_003119	ATT	4	63730	63741	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	153012200
46	NC_003119	ATA	4	66894	66905	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_003119	ATC	4	68247	68258	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	0 %	153012203
48	NC_003119	ATC	5	68427	68441	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	153012203
49	NC_003119	ATC	4	68535	68546	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	153012203
50	NC_003119	TCC	4	68665	68676	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	153012203
51	NC_003119	ATA	4	69959	69969	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_003119	ATA	4	70010	70022	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
53	NC_003119	CAT	4	70439	70449	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
54	NC_003119	TAA	5	75724	75739	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
55	NC_003119	CAG	4	76380	76391	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	153012208
56	NC_003119	TAA	4	76452	76462	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_003119	TAG	4	76711	76721	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_003119	AAT	4	80302	80313	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	196154823
59	NC_003119	ATT	5	80543	80558	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	196154823
60	NC_003119	AAT	4	89432	89443	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	153012213
61	NC_003119	CAA	4	89930	89940	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
62	NC_003119	TAG	5	90012	90025	14	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
63	NC_003119	ATA	5	90478	90492	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
64	NC_003119	GAG	4	90765	90776	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_003119	TAT	4	91315	91326	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_003119	TAT	4	91346	91358	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_003119	TAT	4	91364	91376	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_003119	TAT	4	91380	91390	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_003119	TAA	4	91391	91401	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_003119	AAT	4	91749	91760	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_003119	ATT	4	99447	99458	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_003119	AAG	4	100143	100154	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_003119	ATG	4	102111	102121	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	153012220
74	NC_003119	GCA	4	104009	104020	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	153012221
75	NC_003119	ATG	4	104335	104345	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	153012221
76	NC_003119	ATT	4	108386	108397	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_003119	ATA	4	109597	109608	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_003119	TAA	4	113736	113747	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_003119	GTT	4	115200	115211	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	153012227
80	NC_003119	ATA	4	119272	119282	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_003119	ATA	4	120640	120651	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	153012230
82	NC_003119	ATT	4	121282	121292	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	153012230

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Medicago truncatula chloroplast