ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Medicago truncatula chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_003119	ATT	4	919	930	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	153012156
2	NC_003119	T	14	967	980	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	153012156
3	NC_003119	AAG	4	1576	1587	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	153012156
4	NC_003119	TTA	4	2651	2661	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_003119	ATTA	4	2668	2683	16	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_003119	TA	9	2714	2730	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
7	NC_003119	TAA	4	2745	2757	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_003119	ATA	4	2767	2779	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_003119	ATTT	3	2842	2853	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_003119	CTAT	3	2946	2956	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
11	NC_003119	GAAA	3	3005	3016	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_003119	TAAGA	3	3025	3038	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_003119	TA	6	3390	3401	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_003119	TA	7	3411	3423	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_003119	GAA	4	3726	3736	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_003119	TTTA	3	5008	5019	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_003119	AATA	5	5223	5241	19	75 %	25 %	0 %	0 %	10 %	153012159
18	NC_003119	ATGA	3	6983	6994	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_003119	A	16	7650	7665	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
20	NC_003119	A	12	8238	8249	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_003119	T	13	8314	8326	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_003119	AT	6	8390	8403	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_003119	TATT	3	8470	8481	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_003119	AAT	4	8496	8507	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_003119	TTC	5	9474	9488	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	153012164
26	NC_003119	AAAT	3	9847	9858	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	153012164
27	NC_003119	ATGAAT	3	10072	10089	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	153012164
28	NC_003119	TCT	4	10137	10148	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	153012164
29	NC_003119	TATT	3	10770	10782	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	153012164
30	NC_003119	ATTT	3	12737	12748	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	153012166
31	NC_003119	TCT	4	12927	12938	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	153012166
32	NC_003119	T	13	12935	12947	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	153012166
33	NC_003119	T	18	13087	13104	18	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_003119	TAT	5	13116	13129	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
35	NC_003119	AT	8	13281	13296	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
36	NC_003119	TTATAT	3	13297	13314	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
37	NC_003119	GTTT	3	13530	13541	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	153012167
38	NC_003119	ATTT	3	13582	13592	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	153012167
39	NC_003119	CTTT	3	13763	13774	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	153012167
40	NC_003119	CTT	4	14652	14663	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	153012167
41	NC_003119	AAGA	3	14944	14955	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	153012167
42	NC_003119	T	15	15177	15191	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	153012167
43	NC_003119	T	18	15966	15983	18	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	153012167
44	NC_003119	T	23	16909	16931	23	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	153012167
45	NC_003119	CTT	4	17787	17798	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	153012167
46	NC_003119	AT	6	18738	18748	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_003119	AT	6	18771	18781	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_003119	TATT	4	18798	18812	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
49	NC_003119	TATT	4	19038	19052	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
50	NC_003119	TGATA	4	19101	19120	20	40 %	40 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
51	NC_003119	GATAT	4	19162	19181	20	40 %	40 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
52	NC_003119	TTTA	3	19235	19245	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_003119	CT	6	20204	20215	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
54	NC_003119	CTTA	3	20923	20933	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
55	NC_003119	TCTA	3	23843	23853	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
56	NC_003119	CCTT	3	24989	24999	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
57	NC_003119	TC	6	25632	25643	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
58	NC_003119	AACC	3	25852	25863	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
59	NC_003119	TAT	4	28541	28554	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_003119	AGA	4	28906	28917	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_003119	AAT	5	28937	28951	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
62	NC_003119	TCT	4	31536	31548	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	153012189
63	NC_003119	TATT	3	34659	34671	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	153012189
64	NC_003119	ATC	8	35068	35091	24	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	4 %	153012189
65	NC_003119	ATCA	3	35626	35638	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	153012189
66	NC_003119	ACC	4	35815	35825	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	153012189
67	NC_003119	AAG	4	36076	36087	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	153012189
68	NC_003119	CTT	8	36973	36995	23	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	153012189
69	NC_003119	TTTC	3	36997	37007	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	153012189
70	NC_003119	AAAG	3	37255	37265	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	153012189
71	NC_003119	AAAG	3	37303	37314	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	153012189
72	NC_003119	AAAG	3	37348	37359	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	153012189
73	NC_003119	ATTG	3	37958	37969	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	153012189
74	NC_003119	CTT	4	38250	38262	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	153012189
75	NC_003119	TA	6	38872	38882	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	153012189
76	NC_003119	TA	6	38908	38918	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	153012189
77	NC_003119	ATTG	3	38934	38944	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	153012189
78	NC_003119	ATTT	3	39320	39331	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	153012189
79	NC_003119	ATC	4	39505	39515	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	153012189
80	NC_003119	ATCA	3	40338	40349	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	153012189
81	NC_003119	TGG	4	41272	41283	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	153012189
82	NC_003119	GAA	5	41343	41357	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	153012189
83	NC_003119	TTTA	3	41514	41524	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	153012189
84	NC_003119	T	12	42113	42124	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	153012189
85	NC_003119	AT	6	42200	42210	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	153012189
86	NC_003119	ATTG	3	42862	42872	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	153012189
87	NC_003119	GAAA	4	43324	43339	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	153012189
88	NC_003119	TTA	4	43556	43567	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	153012189
89	NC_003119	A	15	43834	43848	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	153012189
90	NC_003119	ATAACC	3	44132	44150	19	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	10 %	153012189
91	NC_003119	T	15	44602	44616	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	153012189
92	NC_003119	GAAA	3	44654	44665	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	153012189
93	NC_003119	TTG	4	44786	44797	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	153012189
94	NC_003119	ATA	4	44896	44906	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	153012189
95	NC_003119	ATG	4	44909	44920	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	153012189
96	NC_003119	ATTA	3	45273	45285	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	153012189
97	NC_003119	ATA	4	45304	45317	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	153012189
98	NC_003119	A	18	45322	45339	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	153012189
99	NC_003119	TA	6	45351	45362	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	153012189
100	NC_003119	AT	8	45365	45380	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	153012189
101	NC_003119	T	12	45425	45436	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	153012189
102	NC_003119	TCAT	3	45510	45521	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	153012189
103	NC_003119	TAT	4	45615	45625	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	153012189
104	NC_003119	AT	6	45637	45647	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	153012189
105	NC_003119	A	26	45659	45684	26	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	153012189
106	NC_003119	A	14	46723	46736	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	153012189
107	NC_003119	AGA	4	48196	48207	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	153012189
108	NC_003119	TGATT	3	50042	50055	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	153012189
109	NC_003119	T	13	50073	50085	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	153012189
110	NC_003119	T	13	51045	51057	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	153012189
111	NC_003119	T	12	51207	51218	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	153012189
112	NC_003119	AAGAT	3	51385	51398	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	153012189
113	NC_003119	T	14	51833	51846	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	153012189
114	NC_003119	CAA	4	53142	53152	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	153012189
115	NC_003119	TTTA	3	54208	54219	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	153012189
116	NC_003119	TATT	3	54224	54235	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	153012189
117	NC_003119	AGAT	3	54317	54329	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	153012189
118	NC_003119	ATT	4	54814	54825	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	153012189
119	NC_003119	ATT	4	55110	55120	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	153012189
120	NC_003119	TGA	4	56266	56277	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	153012189
121	NC_003119	AAAT	3	56463	56474	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	153012189
122	NC_003119	ACT	4	56542	56552	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	153012189
123	NC_003119	TA	6	56850	56861	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	153012189
124	NC_003119	GAAA	4	57653	57668	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
125	NC_003119	TTC	4	58177	58188	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
126	NC_003119	A	15	58246	58260	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
127	NC_003119	TATT	4	58321	58336	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	153012191
128	NC_003119	GTT	4	58517	58527	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	153012191
129	NC_003119	TA	6	58833	58843	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
130	NC_003119	GAA	4	59163	59174	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
131	NC_003119	T	13	59503	59515	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_003119	A	16	59539	59554	16	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_003119	ATA	4	59801	59813	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
134	NC_003119	TA	6	59933	59945	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
135	NC_003119	TTA	5	59961	59974	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
136	NC_003119	TA	8	60077	60091	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
137	NC_003119	ATTT	3	61278	61289	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
138	NC_003119	TAA	4	61290	61302	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
139	NC_003119	AT	6	62118	62128	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
140	NC_003119	T	15	62578	62592	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_003119	ATT	4	62845	62856	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
142	NC_003119	TTAAG	3	62860	62873	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
143	NC_003119	ATT	4	63730	63741	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	153012200
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145	NC_003119	CAAA	3	64504	64515	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
146	NC_003119	TTCA	3	64544	64555	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	153012201
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148	NC_003119	AT	6	66521	66531	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
149	NC_003119	ATA	4	66894	66905	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
150	NC_003119	TTTGA	3	67229	67242	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	153012203
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156	NC_003119	ATA	4	69959	69969	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
157	NC_003119	TA	7	69986	69998	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
158	NC_003119	ATA	4	70010	70022	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
159	NC_003119	CAT	4	70439	70449	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
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161	NC_003119	A	14	70929	70942	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
162	NC_003119	T	12	71200	71211	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
163	NC_003119	ATTC	3	72256	72266	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
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168	NC_003119	A	14	74320	74333	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
169	NC_003119	T	15	75016	75030	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	153012207
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172	NC_003119	TAAT	3	75745	75759	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
173	NC_003119	AT	8	76077	76092	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
174	NC_003119	CAG	4	76380	76391	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	153012208
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177	NC_003119	T	13	76567	76579	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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180	NC_003119	TAAT	5	77285	77305	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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201	NC_003119	CAA	4	89930	89940	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
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232	NC_003119	TTTAA	3	99563	99576	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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244	NC_003119	TTTG	3	105733	105744	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
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248	NC_003119	TATT	4	106722	106737	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	153012222
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250	NC_003119	ATT	4	108386	108397	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
251	NC_003119	AATT	3	108442	108453	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	153012223
252	NC_003119	CTAAA	4	109054	109074	21	60 %	20 %	0 %	20 %	9 %	Non-Coding
253	NC_003119	AAAATA	3	109271	109288	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
254	NC_003119	ATA	4	109597	109608	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
255	NC_003119	TTAA	3	109634	109645	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
256	NC_003119	AATA	4	109791	109805	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
257	NC_003119	TA	8	109975	109990	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
258	NC_003119	TAAA	3	110248	110259	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
259	NC_003119	T	15	111117	111131	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
260	NC_003119	CATAAA	3	113482	113500	19	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	10 %	153012226
261	NC_003119	TAA	4	113736	113747	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
262	NC_003119	AT	6	113758	113768	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
263	NC_003119	TATC	3	113902	113912	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
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265	NC_003119	GTT	4	115200	115211	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	153012227
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267	NC_003119	ATTT	3	117210	117220	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
268	NC_003119	TGCA	3	118507	118519	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	153012229
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272	NC_003119	A	12	119316	119327	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
273	NC_003119	T	14	119368	119381	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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285	NC_003119	TTTC	3	123719	123730	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
286	NC_003119	A	12	123731	123742	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
287	NC_003119	A	14	123827	123840	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Medicago truncatula chloroplast