ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Rhizophydium sp. 136 mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_003053	TTAA	3	1967	1977	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_003053	TA	6	2564	2574	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_003053	AAT	4	3516	3527	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_003053	AT	6	3545	3555	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_003053	TAA	4	4313	4324	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_003053	TTAT	3	4337	4347	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_003053	AATAA	3	4933	4947	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_003053	GAT	4	5527	5539	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_003053	AAATT	3	5632	5647	16	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
10	NC_003053	TTA	4	6252	6262	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_003053	AT	6	6422	6435	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	15147256
12	NC_003053	ATTT	3	6567	6579	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	15147256
13	NC_003053	AAAT	3	7233	7244	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_003053	TAT	4	8180	8191	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_003053	TTAT	3	10095	10105	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_003053	AT	6	10176	10186	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_003053	TAA	4	11037	11047	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	15147258
18	NC_003053	AATA	3	11228	11239	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	15147258
19	NC_003053	ATAA	4	11840	11855	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	15147258
20	NC_003053	GTAT	3	12149	12160	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	15147260
21	NC_003053	ATT	4	12343	12353	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_003053	TTA	4	12797	12808	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_003053	ATT	4	13754	13764	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147261
24	NC_003053	ATTTA	3	13812	13825	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	15147261
25	NC_003053	TAATT	4	13834	13852	19	40 %	60 %	0 %	0 %	10 %	15147261
26	NC_003053	ATTTTT	3	14949	14966	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	15147261
27	NC_003053	AAT	4	15998	16009	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15147262
28	NC_003053	ATTT	3	16044	16055	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	15147262
29	NC_003053	TA	6	16637	16648	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	15147262
30	NC_003053	CAG	4	17334	17345	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	15147262
31	NC_003053	TTA	4	17813	17823	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147262
32	NC_003053	ATGG	3	18374	18384	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	15147262
33	NC_003053	CTTA	3	18531	18541	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	15147262
34	NC_003053	ATA	4	19429	19440	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15147262
35	NC_003053	AAT	4	19636	19647	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15147262
36	NC_003053	AAATT	3	21141	21154	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	15147262
37	NC_003053	GCT	4	21545	21556	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	15147262
38	NC_003053	TAAA	3	21884	21895	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	15147262
39	NC_003053	AAAAT	3	22158	22172	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	15147262
40	NC_003053	ATTTAT	3	23343	23359	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	15147262
41	NC_003053	TA	6	24701	24711	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	15147267
42	NC_003053	TAAA	3	25024	25035	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	15147267
43	NC_003053	A	14	25539	25552	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	15147267
44	NC_003053	AATT	3	25562	25573	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	15147267
45	NC_003053	AATA	3	25795	25807	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	15147267
46	NC_003053	ATA	4	26053	26065	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	15147267
47	NC_003053	AATAT	3	27044	27057	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	15147267
48	NC_003053	ATA	4	27339	27349	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	15147267
49	NC_003053	AT	7	27902	27915	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	15147267
50	NC_003053	AAT	4	28258	28269	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15147267
51	NC_003053	ATTT	3	28596	28607	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	15147267
52	NC_003053	TAT	4	30551	30562	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147267
53	NC_003053	TAA	4	31302	31312	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	15147267
54	NC_003053	TAT	4	32113	32123	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147267
55	NC_003053	TTAA	3	32182	32193	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	15147267
56	NC_003053	AATT	3	32651	32662	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	15147267
57	NC_003053	ATA	4	33620	33631	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15147267
58	NC_003053	TTAA	5	33799	33817	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	15147267
59	NC_003053	ATTT	3	34841	34852	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	15147267
60	NC_003053	TAGA	3	35281	35291	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	15147267
61	NC_003053	TAA	4	35957	35968	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15147267
62	NC_003053	TTA	4	36229	36239	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147267
63	NC_003053	ATA	4	36392	36402	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	15147267
64	NC_003053	GATG	3	36547	36558	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	15147267
65	NC_003053	TGTA	3	36888	36898	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	15147267
66	NC_003053	AAT	4	36982	36993	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15147267
67	NC_003053	TAAA	3	38405	38416	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	15147267
68	NC_003053	AT	6	38823	38833	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	15147267
69	NC_003053	ATTA	3	38850	38861	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	15147267
70	NC_003053	ATT	4	39078	39090	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	15147267
71	NC_003053	ATTA	3	39228	39239	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	15147267
72	NC_003053	AATA	3	39493	39503	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	15147267
73	NC_003053	TA	6	39932	39942	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	15147267
74	NC_003053	TTAA	3	40194	40204	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	15147267
75	NC_003053	AT	6	41336	41347	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_003053	TAT	5	41735	41748	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	15147276
77	NC_003053	TAA	4	42492	42503	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15147277
78	NC_003053	ATTT	3	42807	42818	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	15147277
79	NC_003053	GCT	4	42958	42969	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	15147277
80	NC_003053	AGT	4	43333	43344	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	15147277
81	NC_003053	AAT	4	43959	43969	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_003053	TAAA	3	43998	44010	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_003053	AT	6	44116	44126	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_003053	TTA	4	44475	44486	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_003053	ATAA	3	44566	44578	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_003053	ATTA	4	44882	44897	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_003053	ATTC	3	45020	45031	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
88	NC_003053	ATA	4	45040	45051	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_003053	TAA	5	45170	45183	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_003053	AAT	4	45845	45856	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_003053	TAA	4	46014	46025	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_003053	GTAT	3	46027	46037	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_003053	TAAA	3	47191	47203	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_003053	TCT	4	48571	48581	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	15147279
95	NC_003053	TTA	4	49536	49547	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147280
96	NC_003053	TAAG	3	50023	50034	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_003053	ATT	4	50420	50430	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147281
98	NC_003053	TTAATA	3	51741	51759	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
99	NC_003053	TAT	4	51939	51949	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147282
100	NC_003053	ATT	5	52050	52063	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	15147282
101	NC_003053	AATT	3	52623	52634	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	15147282
102	NC_003053	T	13	53819	53831	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	15147282
103	NC_003053	AT	6	54027	54037	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	15147282
104	NC_003053	TTA	4	54438	54449	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147282
105	NC_003053	TAA	4	54576	54588	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	15147282
106	NC_003053	TAT	4	54593	54603	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147282
107	NC_003053	ATTT	3	55179	55189	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	15147282
108	NC_003053	TTAT	3	55190	55202	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	15147282
109	NC_003053	ATA	5	56193	56207	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	15147282
110	NC_003053	AATAA	3	56452	56466	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	15147282
111	NC_003053	ATT	4	56643	56654	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147282
112	NC_003053	TTAA	3	56697	56707	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	15147282
113	NC_003053	ATT	4	57041	57052	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147282
114	NC_003053	AT	6	57067	57077	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	15147282
115	NC_003053	AT	7	57180	57192	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	15147282
116	NC_003053	TTATTT	3	57629	57647	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	15147282
117	NC_003053	TTAA	3	58086	58096	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	15147282
118	NC_003053	ATT	4	58467	58478	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147282
119	NC_003053	TAT	5	58490	58503	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	15147282
120	NC_003053	ATT	7	58843	58863	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147285
121	NC_003053	AATT	3	58904	58915	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	15147285
122	NC_003053	AATT	3	58950	58960	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	15147285
123	NC_003053	TTAA	3	59239	59250	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_003053	TAAA	3	59251	59262	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_003053	ATTA	3	59323	59334	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_003053	TCAA	3	59337	59348	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
127	NC_003053	TA	6	59754	59764	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	15147286
128	NC_003053	TTA	4	59879	59890	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147286
129	NC_003053	ATT	4	59919	59930	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147286
130	NC_003053	ATC	4	60103	60114	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	15147286
131	NC_003053	ATT	4	60148	60159	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147286
132	NC_003053	AATTT	3	60275	60288	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	15147286
133	NC_003053	GAT	4	60397	60408	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	15147286
134	NC_003053	TTA	4	60512	60523	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147286
135	NC_003053	TTTA	3	61224	61234	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
136	NC_003053	TATT	3	61514	61525	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
137	NC_003053	TTAA	4	61705	61720	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
138	NC_003053	AAAT	3	61773	61784	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
139	NC_003053	TATT	3	62159	62173	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	15147287
140	NC_003053	AAAT	3	62357	62369	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	15147287
141	NC_003053	ATTAA	3	62402	62416	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	15147287
142	NC_003053	ATTT	3	62702	62713	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	15147287
143	NC_003053	TAT	4	62780	62790	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147287
144	NC_003053	TTA	4	62861	62872	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
145	NC_003053	TTAAT	4	63433	63452	20	40 %	60 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
146	NC_003053	AATT	3	63479	63489	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	15147288
147	NC_003053	ATT	4	63599	63610	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	15147288
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149	NC_003053	ATC	4	64320	64331	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
150	NC_003053	TTTA	3	64574	64584	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	15147289
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160	NC_003053	TAAA	3	66533	66544	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	15147289
161	NC_003053	AAAATA	3	66985	67002	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	15147289
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163	NC_003053	TTTAA	3	68049	68062	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	15147289
164	NC_003053	ATT	4	68667	68678	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147292

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Rhizophydium sp. 136 mitochondrion