ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Rhizophydium sp. 136 mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_003053	AAT	4	3516	3527	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_003053	TAA	4	4313	4324	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_003053	GAT	4	5527	5539	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_003053	TTA	4	6252	6262	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_003053	TAT	4	8180	8191	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_003053	TAA	4	11037	11047	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	15147258
7	NC_003053	ATT	4	12343	12353	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_003053	TTA	4	12797	12808	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_003053	ATT	4	13754	13764	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147261
10	NC_003053	AAT	4	15998	16009	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15147262
11	NC_003053	CAG	4	17334	17345	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	15147262
12	NC_003053	TTA	4	17813	17823	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147262
13	NC_003053	ATA	4	19429	19440	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15147262
14	NC_003053	AAT	4	19636	19647	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15147262
15	NC_003053	GCT	4	21545	21556	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	15147262
16	NC_003053	ATA	4	26053	26065	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	15147267
17	NC_003053	ATA	4	27339	27349	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	15147267
18	NC_003053	AAT	4	28258	28269	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15147267
19	NC_003053	TAT	4	30551	30562	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147267
20	NC_003053	TAA	4	31302	31312	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	15147267
21	NC_003053	TAT	4	32113	32123	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147267
22	NC_003053	ATA	4	33620	33631	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15147267
23	NC_003053	TAA	4	35957	35968	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15147267
24	NC_003053	TTA	4	36229	36239	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147267
25	NC_003053	ATA	4	36392	36402	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	15147267
26	NC_003053	AAT	4	36982	36993	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15147267
27	NC_003053	ATT	4	39078	39090	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	15147267
28	NC_003053	TAT	5	41735	41748	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	15147276
29	NC_003053	TAA	4	42492	42503	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15147277
30	NC_003053	GCT	4	42958	42969	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	15147277
31	NC_003053	AGT	4	43333	43344	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	15147277
32	NC_003053	AAT	4	43959	43969	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_003053	TTA	4	44475	44486	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_003053	ATA	4	45040	45051	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_003053	TAA	5	45170	45183	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_003053	AAT	4	45845	45856	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_003053	TAA	4	46014	46025	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_003053	TCT	4	48571	48581	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	15147279
39	NC_003053	TTA	4	49536	49547	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147280
40	NC_003053	ATT	4	50420	50430	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147281
41	NC_003053	TAT	4	51939	51949	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147282
42	NC_003053	ATT	5	52050	52063	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	15147282
43	NC_003053	TTA	4	54438	54449	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147282
44	NC_003053	TAA	4	54576	54588	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	15147282
45	NC_003053	TAT	4	54593	54603	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147282
46	NC_003053	ATA	5	56193	56207	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	15147282
47	NC_003053	ATT	4	56643	56654	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147282
48	NC_003053	ATT	4	57041	57052	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147282
49	NC_003053	ATT	4	58467	58478	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147282
50	NC_003053	TAT	5	58490	58503	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	15147282
51	NC_003053	ATT	7	58843	58863	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147285
52	NC_003053	TTA	4	59879	59890	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147286
53	NC_003053	ATT	4	59919	59930	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147286
54	NC_003053	ATC	4	60103	60114	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	15147286
55	NC_003053	ATT	4	60148	60159	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147286
56	NC_003053	GAT	4	60397	60408	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	15147286
57	NC_003053	TTA	4	60512	60523	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147286
58	NC_003053	TAT	4	62780	62790	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147287
59	NC_003053	TTA	4	62861	62872	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_003053	ATT	4	63599	63610	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	15147288
61	NC_003053	TAT	4	63713	63723	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147288
62	NC_003053	ATC	4	64320	64331	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
63	NC_003053	ATT	4	64643	64654	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147289
64	NC_003053	ATT	4	64725	64736	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147289
65	NC_003053	ATT	4	65331	65341	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147289
66	NC_003053	GCA	4	65555	65566	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	15147289
67	NC_003053	TAT	4	65720	65731	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147289
68	NC_003053	TAT	4	65955	65966	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147289
69	NC_003053	TAT	4	66198	66208	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147289
70	NC_003053	TAT	4	67961	67971	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15147289
71	NC_003053	ATT	4	68667	68678	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15147292

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Rhizophydium sp. 136 mitochondrion