ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Tetrahymena thermophila mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_003029	AAT	4	147	157	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_003029	CAG	4	1411	1421	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
3	NC_003029	CT	6	1625	1635	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
4	NC_003029	TA	6	1823	1833	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_003029	TTA	4	2204	2215	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_003029	TAA	4	2321	2333	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_003029	ATAA	3	2399	2409	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_003029	ATAAA	3	3029	3043	15	80 %	20 %	0 %	0 %	0 %	15027630
9	NC_003029	T	14	3365	3378	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	15027631
10	NC_003029	TAAAA	3	3851	3864	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	15027631
11	NC_003029	ATA	4	3867	3878	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	15027631
12	NC_003029	TAA	4	3890	3900	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	15027631
13	NC_003029	TAA	4	4776	4786	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_003029	AATT	3	4954	4965	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	15027632
15	NC_003029	TTTA	3	5153	5163	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	15027632
16	NC_003029	TAAA	3	5318	5329	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	15027632
17	NC_003029	AAATT	3	5613	5626	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	15027632
18	NC_003029	T	14	5686	5699	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	15027632
19	NC_003029	ATTT	3	5963	5974	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	15027632
20	NC_003029	TAT	4	6010	6020	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15027632
21	NC_003029	ATTT	3	6124	6135	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	15027632
22	NC_003029	T	16	6205	6220	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	15027633
23	NC_003029	T	16	6243	6258	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	15027633
24	NC_003029	T	12	6405	6416	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	15027633
25	NC_003029	TA	6	6905	6915	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	15027633
26	NC_003029	T	13	6947	6959	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	15027633
27	NC_003029	ATTTAT	3	7028	7045	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	15027634
28	NC_003029	AAT	4	7148	7159	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15027634
29	NC_003029	ATTT	3	7235	7246	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	15027634
30	NC_003029	T	17	7686	7702	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	15027635
31	NC_003029	ATTT	4	7778	7793	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	15027635
32	NC_003029	TAAA	3	8027	8039	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	15027636
33	NC_003029	TTTA	3	8040	8051	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	15027636
34	NC_003029	AAAT	3	8664	8676	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	15027637
35	NC_003029	ATT	4	8749	8761	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	15027637
36	NC_003029	TTA	4	8880	8892	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	15027637
37	NC_003029	AATT	3	8914	8925	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	15027637
38	NC_003029	T	15	9006	9020	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	15027637
39	NC_003029	TAA	4	9237	9248	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15027638
40	NC_003029	T	14	9591	9604	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	15027639
41	NC_003029	ATAG	3	10338	10348	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	15027640
42	NC_003029	AATT	4	10466	10481	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	15027640
43	NC_003029	TATG	3	10821	10832	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	15027641
44	NC_003029	AT	6	11946	11957	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	15027642
45	NC_003029	AAAAAT	3	11958	11975	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	15027642
46	NC_003029	ATA	4	12270	12281	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15027643
47	NC_003029	TAA	5	12400	12413	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	15027643
48	NC_003029	TAA	4	12469	12479	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	15027643
49	NC_003029	A	14	12505	12518	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	15027643
50	NC_003029	AAT	4	12620	12631	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15027643
51	NC_003029	TAAA	3	12996	13008	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	15027644
52	NC_003029	TTTAT	3	13386	13400	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	15027644
53	NC_003029	TTTA	3	13584	13594	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	15027644
54	NC_003029	AAT	4	13735	13746	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15027644
55	NC_003029	AT	7	13904	13917	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	15027645
56	NC_003029	ATT	4	14104	14115	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15027645
57	NC_003029	ATTTTA	3	14462	14479	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
58	NC_003029	CAA	4	14611	14621	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	15027646
59	NC_003029	ATATTT	4	15411	15434	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15027648
60	NC_003029	CAAT	3	15772	15782	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	15027651
61	NC_003029	TAAA	3	16091	16102	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	15027651
62	NC_003029	ATTG	3	16130	16142	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	15027651
63	NC_003029	AATA	4	16771	16786	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	15027651
64	NC_003029	AT	6	17072	17084	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	15027650
65	NC_003029	ATT	4	17524	17534	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15027650
66	NC_003029	T	12	17797	17808	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	15027652
67	NC_003029	TA	6	18139	18150	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	15027653
68	NC_003029	TGAT	3	18292	18302	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	15027653
69	NC_003029	TA	7	18314	18327	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	15027653
70	NC_003029	TTAA	3	18331	18341	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	15027653
71	NC_003029	TATAA	3	18571	18585	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	15027653
72	NC_003029	AATA	3	18629	18640	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	15027653
73	NC_003029	ATA	4	18682	18692	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	15027653
74	NC_003029	TAAAA	3	18768	18782	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	15027653
75	NC_003029	AT	6	18949	18961	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	15027653
76	NC_003029	TAT	4	19181	19191	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15027653
77	NC_003029	ATA	7	19470	19490	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	15027653
78	NC_003029	TAA	4	19497	19508	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15027653
79	NC_003029	T	13	19643	19655	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	15027654
80	NC_003029	ATT	4	20048	20062	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	15027654
81	NC_003029	GTT	4	20683	20693	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	15027655
82	NC_003029	TTA	4	21242	21254	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	15027657
83	NC_003029	TA	6	21285	21295	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	15027657
84	NC_003029	AAT	5	21832	21846	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	15027658
85	NC_003029	AAT	4	22452	22463	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15027659
86	NC_003029	ATTAAT	3	22935	22952	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	15027660
87	NC_003029	TATTT	3	23021	23034	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	15027660
88	NC_003029	ATC	5	23120	23134	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	15027660
89	NC_003029	A	12	23243	23254	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	15027660
90	NC_003029	TA	6	23803	23813	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	15027660
91	NC_003029	TAT	4	24041	24053	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	15027660
92	NC_003029	TTA	4	24061	24071	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15027660
93	NC_003029	TA	6	24316	24326	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	15027660
94	NC_003029	TTA	4	24370	24380	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15027660
95	NC_003029	AATAT	3	24621	24635	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	15027660
96	NC_003029	TTTAAT	4	24762	24785	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15027660
97	NC_003029	T	32	24811	24842	32	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	15027660
98	NC_003029	TA	6	25049	25060	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	15027660
99	NC_003029	TA	6	25210	25221	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	15027660
100	NC_003029	ATTTTT	3	25290	25307	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	15027660
101	NC_003029	TA	6	25484	25494	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	15027660
102	NC_003029	TA	8	25615	25631	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	15027660
103	NC_003029	TAT	4	25690	25700	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15027660
104	NC_003029	ATT	4	25709	25720	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15027660
105	NC_003029	TAT	5	25729	25743	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	15027660
106	NC_003029	AT	9	25786	25803	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	15027660
107	NC_003029	ATT	4	25811	25822	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15027660
108	NC_003029	TTATT	4	26190	26209	20	20 %	80 %	0 %	0 %	10 %	15027660
109	NC_003029	TA	8	26209	26224	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	15027660
110	NC_003029	T	18	26343	26360	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	15027660
111	NC_003029	TAATA	3	26603	26616	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	15027660
112	NC_003029	T	14	26898	26911	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_003029	AATA	4	26934	26949	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
114	NC_003029	ATA	4	27150	27161	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_003029	TA	7	27192	27204	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
116	NC_003029	AGA	5	27438	27451	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	15027661
117	NC_003029	AAT	4	27947	27958	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	15027661
118	NC_003029	TTTAT	3	28158	28172	15	20 %	80 %	0 %	0 %	0 %	15027661
119	NC_003029	TAAA	3	28510	28521	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	15027661
120	NC_003029	ATTT	3	28527	28537	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	15027662
121	NC_003029	TTAAA	3	28779	28792	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	15027662
122	NC_003029	TTAT	3	28971	28982	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	15027662
123	NC_003029	TAT	4	29048	29058	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15027662
124	NC_003029	ATT	4	29209	29220	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	15027662
125	NC_003029	TA	6	29338	29349	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	15027662
126	NC_003029	TCTT	3	29490	29501	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	15027662
127	NC_003029	T	13	29720	29732	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	15027662
128	NC_003029	GTTAGA	3	31144	31161	18	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	5 %	15027663
129	NC_003029	AAT	4	31783	31793	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	15027663
130	NC_003029	ATA	4	31915	31927	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	15027663
131	NC_003029	CAT	4	32470	32480	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	15027663
132	NC_003029	TA	6	32830	32840	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
133	NC_003029	TCTA	3	32841	32852	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
134	NC_003029	TTC	4	34507	34517	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	15027664
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136	NC_003029	TAT	4	34740	34750	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	15027665
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139	NC_003029	AT	7	36033	36046	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
140	NC_003029	AAAT	4	36234	36250	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	15027666
141	NC_003029	ATTT	3	36707	36719	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	15027666
142	NC_003029	TGA	4	37386	37397	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	15027666
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166	NC_003029	TTA	4	45261	45273	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
167	NC_003029	TAA	4	45379	45390	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
168	NC_003029	AG	6	45959	45969	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
169	NC_003029	TAAT	3	47310	47321	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Tetrahymena thermophila mitochondrion