ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Triticum aestivum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_002762	AAGT	3	790	800	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	14017552
2	NC_002762	TCTTT	3	2586	2600	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	126022816
3	NC_002762	AG	6	3235	3247	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_002762	A	17	3548	3564	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
5	NC_002762	AT	7	4182	4194	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_002762	AAT	4	4466	4477	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_002762	TCTCT	3	4680	4693	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	14017554
8	NC_002762	TTCT	3	5135	5145	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	14017554
9	NC_002762	ATAA	3	5399	5409	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	14017554
10	NC_002762	CTTA	3	5445	5457	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	14017554
11	NC_002762	TTTAA	3	5990	6003	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_002762	TTGAC	3	6524	6538	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
13	NC_002762	TTCT	3	7239	7249	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	14017555
14	NC_002762	T	18	7803	7820	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
15	NC_002762	TTCT	3	8125	8135	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
16	NC_002762	GAA	4	8542	8553	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_002762	CAAAT	3	8793	8807	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
18	NC_002762	GAAA	3	10456	10467	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	14017558
19	NC_002762	TTG	4	10861	10871	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	14017558
20	NC_002762	A	14	11529	11542	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_002762	AG	6	11573	11583	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_002762	CGTAG	3	12480	12493	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
23	NC_002762	AAT	4	14174	14185	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_002762	CT	6	14549	14559	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
25	NC_002762	AAAT	3	14635	14645	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_002762	T	14	14865	14878	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_002762	TC	8	14936	14951	16	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
28	NC_002762	TA	7	14959	14971	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_002762	CTTT	3	15195	15206	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
30	NC_002762	GTAT	3	15967	15977	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_002762	AAAT	3	16891	16901	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_002762	ATAGA	3	17184	17198	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_002762	TTTC	3	17234	17244	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
34	NC_002762	ATCA	3	17778	17788	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
35	NC_002762	TACCT	3	18083	18096	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
36	NC_002762	ATGA	3	18144	18155	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_002762	A	13	18337	18349	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_002762	ATA	4	19122	19132	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_002762	TTTC	3	20518	20530	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	14017562
40	NC_002762	AGA	4	20544	20555	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	14017562
41	NC_002762	CAACTT	3	20988	21005	18	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	5 %	14017562
42	NC_002762	AAC	4	23200	23211	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	14017563
43	NC_002762	AAT	5	24888	24902	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	14017563
44	NC_002762	AGAA	3	25119	25130	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	14017563
45	NC_002762	TTCA	3	27774	27784	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	14017564
46	NC_002762	A	12	29774	29785	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	14017564
47	NC_002762	TTAA	3	30024	30035	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_002762	ATT	4	30102	30114	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_002762	AGAA	3	31012	31022	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_002762	AT	6	31054	31064	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_002762	GTT	5	31788	31802	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	14017566
52	NC_002762	T	12	31955	31966	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_002762	ATTG	3	32447	32458	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_002762	TGC	4	32517	32528	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	14017567
55	NC_002762	CTTT	3	32784	32794	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
56	NC_002762	A	15	33804	33818	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	14017568
57	NC_002762	A	17	34063	34079	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	14017568
58	NC_002762	TAGTT	3	36278	36292	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
59	NC_002762	TA	6	36502	36512	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_002762	ATTG	3	38455	38465	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	14017571
61	NC_002762	AAGA	3	39702	39713	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	14017572
62	NC_002762	GACT	3	39741	39752	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	14017572
63	NC_002762	AATG	3	40101	40112	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	14017572
64	NC_002762	CTA	4	40171	40182	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	14017572
65	NC_002762	TG	6	40543	40553	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	14017572
66	NC_002762	CTAG	3	40645	40657	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	14017572
67	NC_002762	AT	7	41788	41801	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_002762	ATCA	3	42750	42760	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	14017573
69	NC_002762	AGAA	4	42904	42918	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	14017573
70	NC_002762	AGT	4	43115	43125	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	14017573
71	NC_002762	TCCT	3	43164	43175	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	14017573
72	NC_002762	T	14	43264	43277	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	14017573
73	NC_002762	CCATA	3	44040	44054	15	40 %	20 %	0 %	40 %	0 %	14017573
74	NC_002762	TTCA	3	44439	44450	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
75	NC_002762	TTTAT	3	44785	44799	15	20 %	80 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_002762	AAT	4	45190	45200	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_002762	ATCTT	3	45201	45215	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
78	NC_002762	GAAA	3	45284	45294	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_002762	GGGGAA	3	45383	45401	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
80	NC_002762	TA	6	46212	46222	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_002762	AAAT	3	46539	46550	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_002762	TAAA	3	46603	46613	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_002762	AGAA	3	46739	46750	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_002762	TTGA	3	47062	47074	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_002762	ATA	4	47387	47398	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_002762	TAT	5	47730	47745	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_002762	A	17	48132	48148	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
88	NC_002762	TTATCT	3	48267	48283	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
89	NC_002762	CAGA	3	48748	48758	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	14017575
90	NC_002762	AGAA	3	50550	50560	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_002762	TAA	6	50585	50601	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
92	NC_002762	AAACT	3	51096	51110	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
93	NC_002762	AATT	3	54233	54244	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_002762	TGCA	3	55794	55806	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	14017580
95	NC_002762	GATCAT	3	56511	56527	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
96	NC_002762	AT	6	56570	56580	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_002762	AATA	3	56593	56604	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_002762	TTTTA	4	57478	57496	19	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
99	NC_002762	GAA	4	58266	58276	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_002762	ACTA	3	58522	58532	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
101	NC_002762	TTTA	3	61124	61134	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_002762	GAATC	3	61272	61286	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
103	NC_002762	T	23	62381	62403	23	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_002762	TTGT	3	62645	62657	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_002762	TTA	4	63103	63114	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_002762	A	14	63310	63323	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
107	NC_002762	TTCA	3	63925	63936	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_002762	AAAG	3	64042	64052	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_002762	TCT	4	64222	64234	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
110	NC_002762	AAAGA	3	64718	64731	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
111	NC_002762	TATT	3	64935	64945	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_002762	TTC	5	64985	64999	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
113	NC_002762	GAAA	3	65259	65270	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	14017592
114	NC_002762	TAAA	3	65482	65493	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_002762	TA	7	66086	66098	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
116	NC_002762	TAA	4	66772	66783	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_002762	ATGT	3	67384	67394	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	14017595
118	NC_002762	AGAA	3	68245	68256	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	14017595
119	NC_002762	ACTT	3	70513	70523	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	14017595
120	NC_002762	GAAA	4	71625	71640	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	14017595
121	NC_002762	AGA	4	74095	74106	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	14017595
122	NC_002762	TAT	5	75152	75165	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	14017595
123	NC_002762	A	16	76043	76058	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	14017595
124	NC_002762	T	12	76367	76378	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	14017595
125	NC_002762	T	12	76385	76396	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	14017595
126	NC_002762	T	12	76944	76955	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	14017595
127	NC_002762	T	12	77484	77495	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	14017595
128	NC_002762	TTAT	3	79715	79726	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	14017595
129	NC_002762	CTT	5	80268	80281	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	14017595
130	NC_002762	AGAAT	3	80754	80767	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	14017595
131	NC_002762	GAAA	3	80779	80789	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	14017595
132	NC_002762	TTC	4	81383	81393	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	14017595
133	NC_002762	TTA	4	84285	84295	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	14017595
134	NC_002762	TTTGTT	3	88007	88025	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	14017595
135	NC_002762	TTCT	3	88146	88156	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	14017595
136	NC_002762	TAC	4	88899	88910	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	14017595
137	NC_002762	AAAC	3	93024	93036	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	14017595
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169	NC_002762	ATTCT	3	134127	134140	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Triticum aestivum chloroplast