ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Lotus japonicus chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_002694	TAAAA	4	206	225	20	80 %	20 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
2	NC_002694	CATT	3	2811	2822	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	13518419
3	NC_002694	GAA	4	3071	3082	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	13518419
4	NC_002694	TCTA	3	3786	3796	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
5	NC_002694	T	12	3935	3946	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_002694	GATG	3	4388	4400	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_002694	TAAA	3	4494	4506	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_002694	TA	12	5036	5057	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_002694	TGTA	3	5067	5077	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_002694	A	12	7413	7424	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	13518421
11	NC_002694	ATTG	3	9746	9758	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_002694	TAAT	4	10106	10121	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
13	NC_002694	ATTACT	3	10378	10395	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
14	NC_002694	TAGTAC	3	10431	10448	18	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
15	NC_002694	AAAT	3	11922	11933	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	13518425
16	NC_002694	TATT	3	12543	12553	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_002694	TAT	5	12560	12573	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_002694	AAAT	5	12583	12602	20	75 %	25 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
19	NC_002694	TAT	5	13974	13989	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
20	NC_002694	TA	7	14620	14633	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_002694	AT	13	14650	14674	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_002694	AT	7	14677	14690	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_002694	AAAT	3	14691	14702	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_002694	T	12	14704	14715	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_002694	AT	6	14731	14743	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_002694	TAT	7	15044	15064	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_002694	TAT	5	15067	15082	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
28	NC_002694	AATT	3	15788	15799	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	13518426
29	NC_002694	ATTTT	3	16016	16030	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
30	NC_002694	CTT	4	16538	16549	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	157011997
31	NC_002694	GAAA	4	16589	16603	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	157011997
32	NC_002694	AATT	3	16641	16652	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	157011997
33	NC_002694	T	18	18335	18352	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
34	NC_002694	TATATT	3	18955	18973	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
35	NC_002694	TTGG	3	19498	19509	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	13518428
36	NC_002694	CAT	4	19891	19901	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	13518428
37	NC_002694	TGC	4	20216	20227	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	13518428
38	NC_002694	TCTT	3	21020	21031	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	13518428
39	NC_002694	ACT	4	22385	22395	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	13518429
40	NC_002694	AAG	4	24191	24201	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_002694	ATA	5	24438	24452	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_002694	ATA	4	24467	24478	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_002694	A	14	24506	24519	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_002694	T	12	25535	25546	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_002694	TA	11	25582	25603	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_002694	CT	6	25806	25816	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
47	NC_002694	AAGC	3	26575	26585	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	13518432
48	NC_002694	TA	6	26879	26889	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	13518432
49	NC_002694	TA	6	29558	29568	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_002694	ATT	4	29566	29577	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
51	NC_002694	T	12	29622	29633	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_002694	T	12	30074	30085	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_002694	T	14	30245	30258	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
54	NC_002694	TA	6	30273	30283	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_002694	AATT	3	31365	31376	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_002694	TTCATA	3	31898	31914	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
57	NC_002694	ATA	4	32628	32638	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_002694	AATCT	3	33188	33201	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
59	NC_002694	A	13	33678	33690	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_002694	T	12	33855	33866	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_002694	ATCATA	3	34059	34076	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
62	NC_002694	T	15	34093	34107	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_002694	A	14	34281	34294	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
64	NC_002694	ATGA	3	34328	34338	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_002694	TTTC	3	34992	35004	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	13518436
66	NC_002694	GAA	4	35017	35027	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	13518436
67	NC_002694	TGA	4	35292	35302	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	13518436
68	NC_002694	AT	7	36797	36809	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	13518436
69	NC_002694	AAC	4	37639	37650	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	13518437
70	NC_002694	ATT	4	38071	38081	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	13518437
71	NC_002694	ATTC	3	38510	38520	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	13518437
72	NC_002694	GAA	4	39098	39110	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	13518437
73	NC_002694	CAT	4	40883	40894	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	13518438
74	NC_002694	AT	6	41385	41396	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	13518438
75	NC_002694	A	12	42790	42801	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	13518438
76	NC_002694	TA	6	42897	42907	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	13518438
77	NC_002694	AATT	3	43447	43458	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	13518438
78	NC_002694	A	13	44795	44807	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_002694	T	12	44903	44914	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_002694	T	12	44918	44929	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_002694	A	13	44931	44943	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_002694	TAA	5	45668	45681	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_002694	ACTT	3	45943	45953	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	13518440
84	NC_002694	TAG	4	46422	46433	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	13518440
85	NC_002694	A	14	46678	46691	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_002694	TA	8	46858	46872	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_002694	TA	7	46879	46894	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
88	NC_002694	T	13	47503	47515	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_002694	AT	6	47747	47760	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_002694	TTA	4	47768	47779	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_002694	TA	6	47838	47849	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_002694	TA	6	47854	47865	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_002694	A	15	47905	47919	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
94	NC_002694	TA	9	48537	48554	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	13518442
95	NC_002694	A	14	48631	48644	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	13518442
96	NC_002694	AATT	3	49061	49073	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	13518442
97	NC_002694	AT	6	51160	51171	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_002694	TACCTT	3	51265	51282	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
99	NC_002694	AT	11	51324	51349	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_002694	AAAT	4	51878	51893	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
101	NC_002694	ATAA	3	52296	52307	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_002694	AAAAC	3	52669	52682	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
103	NC_002694	TTA	4	53497	53508	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_002694	TGTT	3	53650	53661	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_002694	CTTAT	3	53711	53725	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
106	NC_002694	AAAG	3	53839	53849	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	13518445
107	NC_002694	TAA	4	53980	53991	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	13518445
108	NC_002694	A	15	54098	54112	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
109	NC_002694	ATTT	3	54234	54245	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_002694	AT	7	54634	54647	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
111	NC_002694	TA	6	54719	54729	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_002694	AT	6	54741	54751	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_002694	ATT	4	54961	54973	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
114	NC_002694	AATA	3	55692	55704	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	13518446
115	NC_002694	TCTT	3	56254	56265	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
116	NC_002694	TTG	4	56306	56317	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_002694	ATC	4	56584	56595	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
118	NC_002694	ATTT	3	56657	56668	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_002694	AT	6	58363	58375	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
120	NC_002694	AATA	3	58441	58452	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_002694	A	13	58797	58809	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
122	NC_002694	TTTG	3	59091	59102	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	13518449
123	NC_002694	ATTT	3	59543	59554	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_002694	TA	11	60449	60471	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_002694	T	19	60495	60513	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
126	NC_002694	T	14	63472	63485	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
127	NC_002694	T	16	63685	63700	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
128	NC_002694	AT	6	63773	63783	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
129	NC_002694	AT	6	64004	64016	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
130	NC_002694	TTTA	3	64067	64078	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
131	NC_002694	AT	7	64093	64105	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
132	NC_002694	A	13	64206	64218	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
133	NC_002694	ATA	4	64349	64359	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
134	NC_002694	TAT	4	64368	64378	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
135	NC_002694	AT	6	65415	65425	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
136	NC_002694	AACA	3	65441	65452	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
137	NC_002694	GTT	4	65918	65928	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
138	NC_002694	AAGA	3	65931	65941	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
139	NC_002694	TCT	4	65944	65955	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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249	NC_002694	CGAT	3	145782	145794	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	13518498
250	NC_002694	ATTG	3	146166	146177	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	13518498
251	NC_002694	TCTT	3	147595	147606	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	13518498
252	NC_002694	ATC	4	148536	148546	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
253	NC_002694	ATC	4	149929	149939	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	13518500
254	NC_002694	GAA	5	150395	150409	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	13518500

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Lotus japonicus chloroplast