ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Trichinella spiralis mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_002681	CA	6	478	488	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	13195736
2	NC_002681	AAC	4	1018	1029	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	13195737
3	NC_002681	CAA	4	2385	2396	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	13195737
4	NC_002681	AAAC	3	2886	2898	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	13195738
5	NC_002681	ACA	4	3741	3751	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	13195738
6	NC_002681	CAAC	3	3818	3829	12	50 %	0 %	0 %	50 %	0 %	13195738
7	NC_002681	CAA	4	4091	4101	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	13195739
8	NC_002681	ATA	4	4338	4348	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_002681	ACA	4	4663	4675	13	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	13195740
10	NC_002681	CTA	4	5500	5511	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	13195741
11	NC_002681	ATAG	3	6902	6913	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_002681	AAT	4	7065	7075	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_002681	AAAT	3	7261	7272	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_002681	AACCA	3	7818	7833	16	60 %	0 %	0 %	40 %	6 %	13195742
15	NC_002681	AAT	4	8307	8318	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	13195742
16	NC_002681	ACA	4	8796	8806	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	13195743
17	NC_002681	TTC	4	8876	8887	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	13195743
18	NC_002681	ATA	4	9653	9663	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_002681	ATT	4	9737	9748	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_002681	CTA	4	10839	10849	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	13195746
21	NC_002681	AGG	4	11293	11304	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	13195746
22	NC_002681	TAA	4	12251	12262	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	13195747
23	NC_002681	CTA	4	12838	12848	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	13195747
24	NC_002681	TCA	4	12941	12951	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
25	NC_002681	TCTA	3	13047	13057	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	13195748
26	NC_002681	ATA	4	13462	13473	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	13195748
27	NC_002681	CTC	4	13759	13770	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	13195748
28	NC_002681	ATC	4	13777	13787	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	13195748
29	NC_002681	TA	6	14225	14236	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_002681	AAT	4	14313	14323	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_002681	AAT	4	14502	14513	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_002681	AT	6	14542	14552	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_002681	TATAA	4	14758	14778	21	60 %	40 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_002681	AT	6	14836	14846	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_002681	TA	6	14852	14862	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_002681	TAT	4	14861	14873	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
37	NC_002681	ATA	5	14886	14901	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
38	NC_002681	AATA	3	14948	14960	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_002681	A	14	15153	15166	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
40	NC_002681	N	50	15167	15216	50	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_002681	A	14	15219	15232	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
42	NC_002681	TA	6	15647	15658	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_002681	AAT	4	15735	15745	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_002681	AAT	4	15924	15935	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_002681	AT	6	15964	15974	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_002681	TATAA	4	16180	16200	21	60 %	40 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_002681	AT	6	16258	16268	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_002681	TA	6	16274	16284	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_002681	TAT	4	16283	16295	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
50	NC_002681	ATA	5	16308	16323	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
51	NC_002681	AATA	3	16370	16382	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_002681	ACCAAA	3	16559	16576	18	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
53	NC_002681	AAGCC	3	16595	16609	15	40 %	0 %	20 %	40 %	6 %	Non-Coding
54	NC_002681	ACA	4	16649	16660	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Trichinella spiralis mitochondrion