ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cochliomyia hominivorax mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_002660	AATT	3	111	123	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_002660	ATA	4	138	148	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_002660	TAATTA	3	230	246	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
4	NC_002660	TTA	4	260	271	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_002660	AAAT	3	365	376	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_002660	TAA	4	435	445	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_002660	AT	9	465	481	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
8	NC_002660	T	29	533	561	29	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
9	NC_002660	ATT	4	801	812	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_002660	AATATA	3	942	959	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_002660	AAT	4	962	972	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_002660	TA	11	980	1000	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_002660	ATTAAA	3	1062	1079	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
14	NC_002660	A	25	1127	1151	25	100 %	0 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
15	NC_002660	TTA	4	1841	1853	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	12711808
16	NC_002660	AGG	4	3272	3283	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	12718945
17	NC_002660	ATT	5	4424	4437	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	12711807
18	NC_002660	TTTAAC	4	5492	5515	24	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	8 %	12711804
19	NC_002660	TTTAT	3	6127	6140	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	12711803
20	NC_002660	ATT	4	6910	6921	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	12711805
21	NC_002660	CTTT	3	7328	7338	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
22	NC_002660	ATTA	3	7440	7451	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_002660	ATT	4	7585	7595	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	12711802
24	NC_002660	AAT	4	7713	7725	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	12711802
25	NC_002660	AAAC	3	7810	7821	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	12711802
26	NC_002660	ACAA	3	7853	7865	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	12711802
27	NC_002660	ACT	4	7898	7908	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	12711802
28	NC_002660	AATC	3	7960	7970	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	12711802
29	NC_002660	AGAAAA	3	8092	8110	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	12711802
30	NC_002660	AAG	4	8220	8231	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	12711802
31	NC_002660	TTA	4	8391	8402	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	12711802
32	NC_002660	AAT	5	8498	8513	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	12711802
33	NC_002660	ATT	4	8699	8710	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	12711802
34	NC_002660	AAAT	3	8735	8745	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	12711802
35	NC_002660	ATCC	3	8895	8907	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	12711802
36	NC_002660	TAA	4	8934	8946	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	12711802
37	NC_002660	GTAAAA	3	9376	9393	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	12711801
38	NC_002660	AAT	4	10105	10115	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	12711801
39	NC_002660	TAA	5	10367	10380	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	12711801
40	NC_002660	TAA	4	10565	10576	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	12711801
41	NC_002660	TAAA	5	10798	10816	19	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	12711800
42	NC_002660	TTTTAT	4	11112	11135	24	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	8 %	12711799
43	NC_002660	TTTA	3	11274	11285	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	12711799
44	NC_002660	TTTA	3	11376	11386	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	12711799
45	NC_002660	TAT	4	11716	11727	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	12711798
46	NC_002660	ATT	4	11961	11971	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	12711798
47	NC_002660	TAAA	3	13284	13295	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	12711797
48	NC_002660	TAA	4	13299	13310	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	12711797
49	NC_002660	TAA	4	13721	13733	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	12711797
50	NC_002660	TAA	5	13739	13754	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	12711797
51	NC_002660	TAAA	3	14303	14313	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_002660	ATTT	3	14577	14588	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_002660	ATTT	4	14704	14719	16	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_002660	AATT	5	14759	14778	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
55	NC_002660	TAC	4	15047	15057	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
56	NC_002660	AAAT	3	15143	15154	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_002660	ACT	4	15634	15645	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
58	NC_002660	TAAA	3	15942	15953	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_002660	TAAAT	4	15976	15996	21	60 %	40 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Cochliomyia hominivorax mitochondrion