ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Rhodomonas salina mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_002572	AAAT	3	808	820	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_002572	ATAA	3	3221	3232	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11466564
3	NC_002572	GCTT	3	4112	4123	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_002572	CAA	4	4859	4871	13	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
5	NC_002572	AGTT	3	6027	6038	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	11466568
6	NC_002572	TAA	4	7091	7102	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11466571
7	NC_002572	TTAAA	3	8431	8444	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	11466574
8	NC_002572	AAGA	3	9061	9072	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11466575
9	NC_002572	CT	6	10014	10024	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	11466576
10	NC_002572	TACA	3	10330	10341	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	11466576
11	NC_002572	ATT	4	11201	11212	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11466577
12	NC_002572	AAAT	3	11301	11311	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11466577
13	NC_002572	TAA	4	12235	12245	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11466577
14	NC_002572	TAA	4	12955	12966	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11466578
15	NC_002572	TAA	4	13720	13730	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11466578
16	NC_002572	AATT	3	13780	13790	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11466578
17	NC_002572	ATA	4	13836	13847	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11466578
18	NC_002572	AG	6	13949	13959	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	11466578
19	NC_002572	AAAT	3	14048	14059	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11466579
20	NC_002572	AAAAAT	3	14071	14088	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	11466579
21	NC_002572	ATTT	3	14327	14337	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11466579
22	NC_002572	TA	6	14405	14415	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11466579
23	NC_002572	ACA	4	15352	15363	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	11466579
24	NC_002572	AAC	4	15747	15757	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	11466579
25	NC_002572	GATA	3	16068	16078	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11466580
26	NC_002572	AATG	3	16294	16305	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	11466580
27	NC_002572	AAAAAT	3	16318	16335	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	11466580
28	NC_002572	GAAA	3	16499	16510	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11466581
29	NC_002572	A	12	17247	17258	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	11466583
30	NC_002572	AT	6	17986	17996	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11466583
31	NC_002572	TCAA	3	18309	18319	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	11466584
32	NC_002572	TCATA	3	18831	18846	16	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	11466585
33	NC_002572	CCCA	3	22565	22576	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
34	NC_002572	ATA	4	22634	22645	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_002572	TTA	4	23627	23638	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_002572	TGGG	3	23697	23708	12	0 %	25 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_002572	TTTG	3	25267	25278	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	11466587
38	NC_002572	CTTT	3	25306	25317	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11466587
39	NC_002572	ATT	4	26300	26312	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
40	NC_002572	GTA	4	26893	26903	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11466589
41	NC_002572	ATA	4	27228	27240	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	11466591
42	NC_002572	TAAA	3	29168	29178	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_002572	ATTT	3	29552	29563	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	11466594
44	NC_002572	T	13	29767	29779	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	11466594
45	NC_002572	A	12	29984	29995	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	11466595
46	NC_002572	TAAAA	3	31248	31262	15	80 %	20 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_002572	ATT	4	32098	32109	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_002572	TTTG	3	32154	32164	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_002572	GTTT	3	33007	33018	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	11466597
50	NC_002572	TGG	4	33037	33047	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	11466597
51	NC_002572	AAAAC	3	33541	33554	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	11466599
52	NC_002572	T	12	34337	34348	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_002572	AAAAG	3	35939	35954	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	11466601
54	NC_002572	GA	6	36236	36246	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	11466601
55	NC_002572	AAAG	3	36402	36413	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11466601
56	NC_002572	AT	9	37435	37452	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	11466601
57	NC_002572	GAAA	3	37999	38011	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	11466601
58	NC_002572	A	17	38191	38207	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	11466601
59	NC_002572	TTA	5	39050	39065	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	11466601
60	NC_002572	GGT	4	39083	39094	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	11466601
61	NC_002572	TGGT	3	42714	42725	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	11466601
62	NC_002572	TTCA	3	42739	42750	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	11466601
63	NC_002572	AAAAT	3	42786	42800	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	11466601
64	NC_002572	GTTT	3	43505	43517	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	11466605
65	NC_002572	TATT	3	43521	43531	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11466605
66	NC_002572	TTTA	3	43883	43893	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11466605
67	NC_002572	AATG	3	44727	44737	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11466606
68	NC_002572	ATT	4	45031	45042	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11466606
69	NC_002572	TTTA	4	46057	46072	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	11466607
70	NC_002572	TTTTA	4	46089	46107	19	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	11466607
71	NC_002572	TCTT	3	46296	46306	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11466607
72	NC_002572	TGAA	3	46930	46941	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Rhodomonas salina mitochondrion