ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Ochromonas danica mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_002571	GTA	4	6	16	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_002571	TAG	4	312	322	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_002571	TAA	4	1252	1262	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_002571	CTT	4	1398	1409	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11465906
5	NC_002571	ATA	4	3292	3302	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465863
6	NC_002571	ATT	4	4270	4281	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465864
7	NC_002571	TAA	4	4408	4418	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465864
8	NC_002571	TAA	4	4501	4514	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	11465864
9	NC_002571	CAG	4	5670	5681	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11465865
10	NC_002571	TAA	4	7898	7909	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465866
11	NC_002571	AAT	4	9055	9066	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465867
12	NC_002571	ATA	4	9472	9482	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465868
13	NC_002571	ATA	4	9698	9709	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465868
14	NC_002571	ATA	4	10395	10406	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465868
15	NC_002571	ACA	4	10418	10429	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	11465868
16	NC_002571	TAA	4	12522	12532	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465871
17	NC_002571	TAA	4	12991	13002	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465871
18	NC_002571	CCT	4	20462	20472	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	11465881
19	NC_002571	AGA	4	21115	21127	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_002571	ATA	4	21998	22009	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465884
21	NC_002571	TTA	4	23664	23674	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_002571	CAA	4	25585	25595	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	11465889
23	NC_002571	AAT	4	25830	25840	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_002571	ATA	4	26028	26038	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465890
25	NC_002571	TAT	4	26876	26886	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11465891
26	NC_002571	TAT	4	26890	26901	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465891
27	NC_002571	TTA	4	27346	27356	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11465891
28	NC_002571	TAT	4	27723	27734	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465892
29	NC_002571	AGA	4	27765	27776	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11465892
30	NC_002571	GAG	4	29085	29096	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	11465895
31	NC_002571	AGT	4	29212	29223	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	11465895
32	NC_002571	TAA	4	29559	29570	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465896
33	NC_002571	ATT	4	30839	30851	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	11465898
34	NC_002571	AAG	4	33168	33179	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_002571	TTG	4	35391	35401	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_002571	TAT	4	36325	36335	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_002571	ATT	7	36973	36993	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11465901
38	NC_002571	GGT	4	37322	37333	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	11465901
39	NC_002571	CTA	4	40714	40724	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
40	NC_002571	ACT	4	41018	41028	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Ochromonas danica mitochondrion